Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- a -

• a2s() : LocARNA::McC_ali_matrices_t
• a_ : LocARNA::AlignmentImpl
• add() : LocARNA::EPM , LocARNA::PatternPairMap
• add_am() : LocARNA::EPM
• add_basepairA() : LocARNA::Alignment
• add_basepairB() : LocARNA::Alignment
• add_deleted_basepairA() : LocARNA::Alignment
• add_deleted_basepairB() : LocARNA::Alignment
• addInsideBounds() : LocARNA::PatternPair
• addr() : LocARNA::Matrix< T > , LocARNA::OMatrix< elem_t > , LocARNA::RMatrix< elem_t > , LocARNA::RotMatrix< elem_t >
• AliColumn() : LocARNA::MultipleAlignment::AliColumn
• align() : LocARNA::Aligner , LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerN
• align_D() : LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP
• align_Dprime() : LocARNA::AlignerP
• align_in_arcmatch() : LocARNA::AlignerImpl
• align_inside() : LocARNA::AlignerP
• align_inside_arcmatch() : LocARNA::AlignerP
• align_noex() : LocARNA::AlignerImpl
• align_outside() : LocARNA::AlignerP
• align_outside_arcmatch() : LocARNA::AlignerP
• align_reverse() : LocARNA::AlignerP
• align_top_level_free_endgaps() : LocARNA::AlignerImpl
• align_top_level_locally() : LocARNA::AlignerImpl
• aligned_in_a() : LocARNA::AnchorConstraints
• aligned_in_b() : LocARNA::AnchorConstraints
• Aligner() : LocARNA::Aligner
• AlignerImpl() : LocARNA::AlignerImpl
• AlignerN() : LocARNA::AlignerN
• alignerN_ : LocARNA::AlignerN::ModifiedScoringViewN , LocARNA::AlignerN::UnmodifiedScoringViewN
• AlignerNParams() : LocARNA::AlignerNParams
• AlignerP() : LocARNA::AlignerP
• AlignerParams() : LocARNA::AlignerParams
• AlignerPParams() : LocARNA::AlignerPParams
• AlignerRestriction() : LocARNA::AlignerRestriction
• alignment : LocARNA::AlignerN
• Alignment() : LocARNA::Alignment
• alignment_ : LocARNA::AlignerImpl
• alignment_edges() : LocARNA::Alignment
• AlignmentEdges() : LocARNA::AlignmentEdges
• AlignmentImpl() : LocARNA::AlignmentImpl
• alistr_to_edge_ends() : LocARNA::Alignment
• alloc_inside_matrices() : LocARNA::AlignerP
• alloc_outside_matrices() : LocARNA::AlignerP
• allow_left_1() : LocARNA::FreeEndgapsDescription
• allow_left_2() : LocARNA::FreeEndgapsDescription
• allow_right_1() : LocARNA::FreeEndgapsDescription
• allow_right_2() : LocARNA::FreeEndgapsDescription
• allowed_edge() : LocARNA::AnchorConstraints
• alpha() : LocARNA::StralScore
• alpha_factor : LocARNA::ScoringParams
• Alphabet() : LocARNA::Alphabet< T >
• alphabet() : LocARNA::Ribosum
• alphabet_ : LocARNA::Ribofit
• alphabet_type : LocARNA::Ribosum
• am : LocARNA::Ribosum
• am_begin() : LocARNA::EPM
• am_end() : LocARNA::EPM
• am_index() : LocARNA::ArcMatchesIndexed
• am_prob : LocARNA::AlignerP
• anchor_annotation() : LocARNA::LCSEPM
• AnchorConstraints() : LocARNA::AnchorConstraints
• anchors : LocARNA::MultipleAlignment::AnnoType
• annotation() : LocARNA::MultipleAlignment
• annotation_string() : LocARNA::SequenceAnnotation
• append() : LocARNA::Alignment , LocARNA::MultipleAlignment
• apply_unpaired_penalty() : LocARNA::Scoring
• Arc : LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP , LocARNA::ArcMatch , LocARNA::ArcMatches , LocARNA::BasePairs
• arc() : LocARNA::BasePairs
• Arc : LocARNA::EPM , LocARNA::Scoring , LocARNA::SparsificationMapper
• arc_2_prob() : LocARNA::RnaEnsemble
• arc_2_prob_ali() : LocARNA::RnaEnsembleImpl
• arc_2_prob_noali() : LocARNA::RnaEnsembleImpl
• arc_2_probs_ : LocARNA::RnaDataImpl
• arc_cutoff_prob() : LocARNA::RnaData
• arc_external_prob() : LocARNA::ExtRnaData , LocARNA::RnaEnsemble
• arc_in_loop_cutoff_prob() : LocARNA::ExtRnaData
• arc_in_loop_prob() : LocARNA::ExtRnaData , LocARNA::RnaEnsemble
• arc_in_loop_prob_ali() : LocARNA::RnaEnsembleImpl
• arc_in_loop_prob_noali() : LocARNA::RnaEnsembleImpl
• arc_in_loop_probs_ : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• arc_length() : LocARNA::AlignerN::ModifiedScoringViewN
• arc_matches : LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP , LocARNA::AlignerParams
• arc_matches_ : LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerParams
• arc_matches_vec : LocARNA::ArcMatches
• arc_matrix_t : LocARNA::BasePairs
• arc_prob() : LocARNA::RnaData , LocARNA::RnaEnsemble
• arc_prob_matrix_matrix_t : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• arc_prob_matrix_t : LocARNA::ExtRnaDataImpl , LocARNA::RnaData , LocARNA::RnaDataImpl
• arc_prob_vector_matrix_t : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• arc_prob_vector_t : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• arc_probs_ : LocARNA::RnaDataImpl
• arc_probs_begin() : LocARNA::RnaData
• arc_probs_const_iterator : LocARNA::RnaData
• arc_probs_end() : LocARNA::RnaData
• arc_stack_prob() : LocARNA::RnaEnsemble
• arc_vec_t : LocARNA::BasePairs
• arcA() : LocARNA::ArcMatch
• arcB() : LocARNA::ArcMatch
• arcDel() : LocARNA::Scoring
• ArcIdx : LocARNA::AlignerN , LocARNA::EPM , LocARNA::SparsificationMapper
• ArcIdxVec : LocARNA::AlignerN , LocARNA::SparsificationMapper
• ArcMatch() : LocARNA::ArcMatch
• arcmatch() : LocARNA::ArcMatches , LocARNA::Scoring
• arcmatch_prob() : LocARNA::RibosumFreq
• arcmatch_probs_ : LocARNA::RibosumFreq
• arcmatch_score() : LocARNA::Ribofit , LocARNA::Ribofit_will2014 , LocARNA::Ribosum
• arcmatch_stacked() : LocARNA::Scoring
• ArcMatches() : LocARNA::ArcMatches
• ArcMatchesIndexed() : LocARNA::ArcMatchesIndexed
• arcname_alphabet : LocARNA::Ribosum
• arg_type : LocARNA::option_def
• argname : LocARNA::option_def
• argument : LocARNA::option_def
• as_sequence() : LocARNA::MultipleAlignment
• avg_deviation_score() : LocARNA::MultipleAlignment