- a -

• a2s() : LocARNA::McC_ali_matrices_t
• add() : LocARNA::EPM , LocARNA::PatternPairMap
• add_am() : LocARNA::EPM
• add_basepairA() : LocARNA::Alignment
• add_basepairB() : LocARNA::Alignment
• add_deleted_basepairA() : LocARNA::Alignment
• add_deleted_basepairB() : LocARNA::Alignment
• addInsideBounds() : LocARNA::PatternPair
• addr() : LocARNA::Matrix< T > , LocARNA::OMatrix< elem_t > , LocARNA::RMatrix< elem_t > , LocARNA::RotMatrix< elem_t >
• AliColumn() : LocARNA::MultipleAlignment::AliColumn
• align() : LocARNA::Aligner , LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerN
• align_D() : LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP
• align_Dprime() : LocARNA::AlignerP
• align_in_arcmatch() : LocARNA::AlignerImpl
• align_inside() : LocARNA::AlignerP
• align_inside_arcmatch() : LocARNA::AlignerP
• align_noex() : LocARNA::AlignerImpl
• align_outside() : LocARNA::AlignerP
• align_outside_arcmatch() : LocARNA::AlignerP
• align_reverse() : LocARNA::AlignerP
• align_top_level_free_endgaps() : LocARNA::AlignerImpl
• align_top_level_locally() : LocARNA::AlignerImpl
• aligned_in_a() : LocARNA::AnchorConstraints
• aligned_in_b() : LocARNA::AnchorConstraints
• Aligner() : LocARNA::Aligner
• AlignerImpl() : LocARNA::AlignerImpl
• AlignerN() : LocARNA::AlignerN
• AlignerNParams() : LocARNA::AlignerNParams
• AlignerP() : LocARNA::AlignerP
• AlignerParams() : LocARNA::AlignerParams
• AlignerPParams() : LocARNA::AlignerPParams
• AlignerRestriction() : LocARNA::AlignerRestriction
• Alignment() : LocARNA::Alignment
• alignment_edges() : LocARNA::Alignment
• AlignmentEdges() : LocARNA::AlignmentEdges
• AlignmentImpl() : LocARNA::AlignmentImpl
• alistr_to_edge_ends() : LocARNA::Alignment
• alloc_inside_matrices() : LocARNA::AlignerP
• alloc_outside_matrices() : LocARNA::AlignerP
• allow_left_1() : LocARNA::FreeEndgapsDescription
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• allow_right_1() : LocARNA::FreeEndgapsDescription
• allow_right_2() : LocARNA::FreeEndgapsDescription
• allowed_edge() : LocARNA::AnchorConstraints
• alpha() : LocARNA::StralScore
• Alphabet() : LocARNA::Alphabet< T >
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• am_end() : LocARNA::EPM
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• anchor_annotation() : LocARNA::LCSEPM
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• annotation() : LocARNA::MultipleAlignment
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• arcmatch() : LocARNA::ArcMatches , LocARNA::Scoring
• arcmatch_prob() : LocARNA::RibosumFreq
• arcmatch_score() : LocARNA::Ribofit , LocARNA::Ribofit_will2014 , LocARNA::Ribosum
• arcmatch_stacked() : LocARNA::Scoring
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• as_sequence() : LocARNA::MultipleAlignment
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