- a -

• alphabet_type : LocARNA::Ribosum
• Arc : LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerP , LocARNA::EPM , LocARNA::Scoring , LocARNA::ArcMatch , LocARNA::SparsificationMapper , LocARNA::AlignerN , LocARNA::ArcMatches , LocARNA::BasePairs
• arc_matrix_t : LocARNA::BasePairs
• arc_prob_matrix_matrix_t : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• arc_prob_matrix_t : LocARNA::RnaDataImpl , LocARNA::ExtRnaDataImpl , LocARNA::RnaData
• arc_prob_vector_matrix_t : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• arc_prob_vector_t : LocARNA::ExtRnaDataImpl
• arc_probs_const_iterator : LocARNA::RnaData
• arc_vec_t : LocARNA::BasePairs
• ArcIdx : LocARNA::SparsificationMapper , LocARNA::EPM , LocARNA::AlignerN
• ArcIdxVec : LocARNA::AlignerN , LocARNA::SparsificationMapper

- b -

• base_type : LocARNA::TaintedInftyInt
• bp_t : LocARNA::RnaStructure
• bpair_set_t : LocARNA::BasePairs
• bpair_t : LocARNA::BasePairs
• bps_t : LocARNA::RnaStructure

- c -

• const_iterator : LocARNA::Alphabet< T > , LocARNA::SparseVector< T > , LocARNA::SparseMatrix< T > , LocARNA::RnaStructure , LocARNA::MultipleAlignment , LocARNA::ArcMatches

- e -

• edge_end_t : LocARNA::Alignment
• edge_ends_t : LocARNA::Alignment
• edges_t : LocARNA::Alignment
• el_pat_vec : LocARNA::EPM
• elem_t : LocARNA::Matrix< T >
• elem_type : LocARNA::Alphabet< T >
• elem_vector_type : LocARNA::Alphabet< T >

- i -

• idx_type : LocARNA::ArcMatch
• index_t : LocARNA::AlignerN , LocARNA::SparsificationMapper
• index_type : LocARNA::Alphabet< T >
• InfoForPosVec : LocARNA::SparsificationMapper
• iterator : LocARNA::Alphabet< T >

- k -

• key_t : LocARNA::SparseMatrix< T > , LocARNA::SparseVector< T >

- l -

• LeftAdjList : LocARNA::BasePairs

- m -

• M_matrix_t : LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerN
• map_t : LocARNA::SparseVector< T > , LocARNA::SparseMatrix< T >
• matidx_t : LocARNA::AlignerN , LocARNA::SparsificationMapper
• matpos_t : LocARNA::SparseTraceController , LocARNA::EPM
• matrix_t : LocARNA::Ribosum , LocARNA::Ribofit

- o -

• orderedMapCITER : LocARNA::PatternPairMap
• orderedMapITER : LocARNA::PatternPairMap
• orderedMapTYPE : LocARNA::PatternPairMap

- p -

• pair_seqpos_t : LocARNA::SparseTraceController , LocARNA::EPM
• PairArcIdx : LocARNA::EPM
• PairArcIdxVec : LocARNA::EPM
• pat_vec_t : LocARNA::EPM
• patListCITER : LocARNA::PatternPairMap
• patListITER : LocARNA::PatternPairMap
• patListTYPE : LocARNA::PatternPairMap
• PatternIdMapTYPE : LocARNA::PatternPairMap
• pos_pair_t : LocARNA::MultipleAlignment::SeqEntry

- r -

• range_t : LocARNA::AnchorConstraints
• RightAdjList : LocARNA::BasePairs

- s -

• SelfValuePTR : LocARNA::PatternPairMap
• selfValueTYPE : LocARNA::PatternPairMap
• seq_pos_t : LocARNA::SparsificationMapper , LocARNA::AlignerN
• SeqEntry : LocARNA::TraceRange
• seqentry_pair_t : LocARNA::TraceRange
• seqpos_t : LocARNA::EPM
• size_pair : LocARNA::AlignerP
• size_pair_t : LocARNA::AnchorConstraints
• size_pair_type : LocARNA::Matrix< T >
• size_type : LocARNA::ArcMatches , LocARNA::ArcMatch , LocARNA::AnchorConstraints , LocARNA::Alphabet< T > , LocARNA::AlignerP , LocARNA::SparseMatrix< T > , LocARNA::MultipleAlignment::SeqEntry , LocARNA::SparseVector< T > , LocARNA::MultipleAlignment , LocARNA::RnaData , LocARNA::BasePairs , LocARNA::MatchProbs , LocARNA::Matrix< T > , LocARNA::ArcMatches::tuple5

- v -

• value_t : LocARNA::SparseMatrix< T > , LocARNA::SparseVector< T >