- a -

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• add() : LocARNA::PatternPairMap , LocARNA::EPM , LocARNA::PatternPairMap
• add_am() : LocARNA::EPM
• add_basepairA() : LocARNA::Alignment
• add_basepairB() : LocARNA::Alignment
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• add_deleted_basepairB() : LocARNA::Alignment
• addInsideBounds() : LocARNA::PatternPair
• addr() : LocARNA::RMatrix< elem_t > , LocARNA::OMatrix< elem_t > , LocARNA::RotMatrix< elem_t > , LocARNA::Matrix< T >
• AliColumn() : LocARNA::MultipleAlignment::AliColumn
• align() : LocARNA::Aligner , LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerN
• align_D() : LocARNA::AlignerImpl , LocARNA::AlignerN , LocARNA::AlignerP
• align_Dprime() : LocARNA::AlignerP
• align_in_arcmatch() : LocARNA::AlignerImpl
• align_inside() : LocARNA::AlignerP
• align_inside_arcmatch() : LocARNA::AlignerP
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• Alignment() : LocARNA::Alignment
• alignment_edges() : LocARNA::Alignment
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