- b -
- beta : ell::SA_Metropolis , ell::WalkMC
- c -
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- close : ell::S_RNAfe_SingleM
- COMMON_ALPHABET : ell::RNAFreeEnergy
- COMMON_BPAIRS : ell::RNAFreeEnergy
- d -
- deltaE : ell::Basin
- e -
- E : ell::util::PriorityQueue< QV >::QueueKey
- energy : ell::RNAFreeEnergy
- ENERGY_INF : ell::RNAFreeEnergy
- i -
- idx : ell::SuccessiveNeighborList::ItState
- idx2apply : ell::RandomNeighborList
- INVALID_INDEX : ell::LandscapeTopology
- isDeg : ell::WalkAdaptive , ell::WalkGradient
- l -
- lastAdded : ell::SC_Counting
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- none : ell::S_RNAfe_SingleM
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- open : ell::S_RNAfe_SingleM
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- r -
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- s : ell::util::PriorityQueue< QV >::QueueKey
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