Here is a list of all functions, variables, defines, enums, and typedefs with links to the files they belong to:
- _ -
- __BEGIN_DECLS : gsl_errno.h , gsl_qrng.h
 - __END_DECLS : gsl_qrng.h , gsl_errno.h
 
- a -
- assertbiu : assertbiu.hh
 - Automorphism : NeighborVector.hh
 - AutomorphismVec : NeighborVector.hh
 
- d -
- e -
- EnergyMatrix : DistanceEnergyFunction.hh
 
- f -
- findQueryString() : biu-string.cpp
 
- g -
- GSL_CONTINUE : gsl_errno.h
 - GSL_EBADFUNC : gsl_errno.h
 - GSL_EBADLEN : gsl_errno.h
 - GSL_EBADTOL : gsl_errno.h
 - GSL_ECACHE : gsl_errno.h
 - GSL_EDIVERGE : gsl_errno.h
 - GSL_EDOM : gsl_errno.h
 - GSL_EFACTOR : gsl_errno.h
 - GSL_EFAILED : gsl_errno.h
 - GSL_EFAULT : gsl_errno.h
 - GSL_EINVAL : gsl_errno.h
 - GSL_ELOSS : gsl_errno.h
 - GSL_EMAXITER : gsl_errno.h
 - GSL_ENOMEM : gsl_errno.h
 - GSL_ENOPROG : gsl_errno.h
 - GSL_ENOPROGJ : gsl_errno.h
 - GSL_ENOTSQR : gsl_errno.h
 - GSL_EOF : gsl_errno.h
 - GSL_EOVRFLW : gsl_errno.h
 - GSL_ERANGE : gsl_errno.h
 - GSL_EROUND : gsl_errno.h
 - gsl_error() : gsl_errno.h
 - GSL_ERROR : gsl_errno.h
 - gsl_error_handler_t : gsl_errno.h
 - GSL_ERROR_NULL : gsl_errno.h
 - GSL_ERROR_SELECT_2 : gsl_errno.h
 - GSL_ERROR_SELECT_3 : gsl_errno.h
 - GSL_ERROR_SELECT_4 : gsl_errno.h
 - GSL_ERROR_SELECT_5 : gsl_errno.h
 - GSL_ERROR_VAL : gsl_errno.h
 - GSL_ERROR_VOID : gsl_errno.h
 - GSL_ERUNAWAY : gsl_errno.h
 - GSL_ESANITY : gsl_errno.h
 - GSL_ESING : gsl_errno.h
 - GSL_ETABLE : gsl_errno.h
 - GSL_ETOL : gsl_errno.h
 - GSL_ETOLF : gsl_errno.h
 - GSL_ETOLG : gsl_errno.h
 - GSL_ETOLX : gsl_errno.h
 - GSL_EUNDRFLW : gsl_errno.h
 - GSL_EUNIMPL : gsl_errno.h
 - GSL_EUNSUP : gsl_errno.h
 - GSL_EZERODIV : gsl_errno.h
 - GSL_FAILURE : gsl_errno.h
 - gsl_qrng_alloc() : gsl_qrng.h
 - gsl_qrng_clone() : gsl_qrng.h
 - gsl_qrng_free() : gsl_qrng.h
 - gsl_qrng_get() : gsl_qrng.h
 - gsl_qrng_init() : gsl_qrng.h
 - gsl_qrng_memcpy() : gsl_qrng.h
 - gsl_qrng_name() : gsl_qrng.h
 - gsl_qrng_niederreiter_2 : gsl_qrng.h
 - gsl_qrng_size() : gsl_qrng.h
 - gsl_qrng_sobol : gsl_qrng.h
 - gsl_qrng_state() : gsl_qrng.h
 - gsl_set_error_handler() : gsl_errno.h
 - gsl_set_error_handler_off() : gsl_errno.h
 - gsl_set_stream() : gsl_errno.h
 - gsl_set_stream_handler() : gsl_errno.h
 - GSL_STATUS_UPDATE : gsl_errno.h
 - gsl_stream_handler_t : gsl_errno.h
 - gsl_stream_printf() : gsl_errno.h
 - gsl_strerror() : gsl_errno.h
 - GSL_SUCCESS : gsl_errno.h
 - GSL_VAR : gsl_types.h
 
- h -
- HAVE_GNU_HASH_MAP : HashMap.hh
 
- i -
- IndexSet : LatticeFrame.hh
 - IndexVec : LatticeFrame.hh
 - IntPoint : Point.hh
 - IPointSet : Point.hh
 - IPointVec : Point.hh
 - isSubset() : point.hh
 - IT_OPTIONPARSER_H__INCLUDED : OptionParser.hh
 - IT_UTIL_H__INCLUDED : Util.h
 - IT_UTIL_STRING_H__INCLUDED : Util_String.h
 
- m -
- mapInt : Util.h
 - mapIntVecInt : Util.h
 - Move : NeighborVector.hh
 - MoveAlphabet : NeighborVector.hh
 - MoveSequence : NeighborVector.hh
 
- n -
- NeighSet : NeighborVector.hh
 
- o -
- operator<<() : LatticeFrame.cc , Util.cpp , LatticeFrame.cc , Util.cpp , Matrix.hh , Util.cpp , point.hh , LatticeFrame.cc , Util.cpp , point.hh , LatticeFrame.cc
 - operator>>() : Matrix.hh
 - OptionMap : OptionParser.hh
 - OptionMapIt : OptionParser.hh
 
- p -
- pairII : Util.h
 
- r -
- RNF : RandomNumberFactory.hh
 
- s -
- Sequence : BioMolecule.hh
 - setInt : Util.h
 - Structure : BioMolecule.hh
 
