- a -
- absMovesToPoints() : biu::LatticeModel
- absMovesToRelMoves() : biu::LatticeModel
- add() : biu::PullMoveSet::RelativeInt::Operators , biu::PullMoveSet::RelativeInt::StdOps , biu::PullMoveSet::RelativeInt::InvOps
- addEdge() : biu::Graph_UD
- addInterval() : biu::IntervalEnergyFunction
- adjNodes() : biu::Graph_UD
- allowedBasePair() : biu::AllowedBasePairs
- AllowedBasePairs() : biu::AllowedBasePairs
- Alphabet() : biu::Alphabet
- applyAbsMove() : biu::LatticeModel
- applyMove() : biu::LatticeMoveSet , biu::PivotMoveSet , biu::PullMoveSet
- applyMoveInPlace() : biu::LatticeMoveSet , biu::PivotMoveSet , biu::PullMoveSet
- approximateToLattice() : biu::OffLatticeProtein
- areNeighbored() : biu::LatticeDescriptor , biu::LatticeDescriptorCUB , biu::LatticeDescriptorFCC , biu::LatticeDescriptorSQR , biu::LatticeModel
- areOnSameLevel() : biu::RNAStructure_TB
- argExist() : biu::COptionParser
- at() : biu::Matrix< T > , SquareMatrix< T, matrixDim > , biu::Matrix< T > , Matrix< T > , biu::Matrix< T >