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- a -

• Automorphism : NeighborVector.hh
• AutomorphismVec : NeighborVector.hh

- d -

• DblPoint : Point.hh
• DPointSet : Point.hh
• DPointVec : Point.hh

- e -

• EnergyMatrix : ContactEnergyFunction.hh

- g -

• gsl_error_handler_t : gsl_errno.h
• gsl_stream_handler_t : gsl_errno.h

- i -

• IndexSet : LatticeFrame.hh
• IndexVec : LatticeFrame.hh
• IntPoint : Point.hh
• IPointSet : Point.hh
• IPointVec : Point.hh

- m -

• mapInt : Util.h
• mapIntVecInt : Util.h
• Move : NeighborVector.hh
• MoveAlphabet : NeighborVector.hh
• MoveSequence : NeighborVector.hh

- n -

• NeighSet : NeighborVector.hh

- o -

• OptionMap : OptionParser.hh
• OptionMapIt : OptionParser.hh

- p -

• pairII : Util.h

- r -

• RNF : RandomNumberFactory.hh

- s -

• Sequence : BioMolecule.hh
• setInt : Util.h
• Structure : BioMolecule.hh

- v -

• vecDbl : Util.h
• vecInt : Util.h
• vecSetInt : Util.h
• vecStr : Util.h
• vecVecInt : Util.h