CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroSim_CAF1_left   ATTATCTCATTTAACGATCAATTTATATTTATAATGTAGTGAATTAAACTTTT-TTTAATTGTGTTATAGAATTATGATATTTAACGATCAAACTATACTTAAAAGTAAAATAAAAATAG
DroYak_CAF1_left   TTT-GTC----------CTATT---GAAATAC-AGTGTTCTGCATAAAAGCAC-AAGTGAACATTAGTCGTTTTAAAGCACATTTTTTATTGTTATTTTAAGATCAAAGTATAGTCATAC
DroMel_CAF1_left   TTA-TCCTATTTAACGATCAATTTATATTTATAAGGTAGAGAATTAACCTTTTTTTTAATTGTCTTATAGAATTATCCTATTTAACGATCAAACTATATTTAAAAG-TATAA-AAAATAG

DroSim_CAF1_left   TAGGAAACGTAGTAAATTAACCTTTGGCCCTGTAATATGCATAAACTCCGAAAGATTGTTGGGACTTGATCAACAACAAGCAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAGGCGTCTGACTCGAAATCA
DroYak_CAF1_left   GACATAAGCTATTCGGTTAACCTTTGAACTTGTAATTTGCAAAAACTGCGGAAGATTGTTGGGATCCGATCGGCAAGAAGCAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAGGCGTCTGACTCGAAATCA
DroMel_CAF1_left   TAGGAAACGTAGGAAATTAACCTTTGGCCCTGTAATATGCATAAACTCCGGAAGATTGTTGGGATTTGATCAAAAATAAGCAGTCGTGGCCGAGTGGTTAAGGCGTCTGACTCGAAATCA

DroSim_CAF1_left   GATTCCCTCTGGGAGCGTAGGTTCGAATCCTACCGGCTGCGAAGAGTACTTTA--TATTTTATATTTTTTAATTTTTAAACGG
DroYak_CAF1_left   GATTCCCTCTGGGAGCGTAGGTTCGAATCCTACCGGCTGCGAAGTGTATGAAC--TATTTTATTTATTTATTTTAATTTAAAC
DroMel_CAF1_left   GATTCCCTCTGGGAGCGTAGGTTCGAATCCTACCGGCTGCGGAAGGGTAGTCCTATATTTTTTATGTTTTAATTTTTAAA--A