CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroMel_CAF1_left   TCTCAC-----TC----C--AGTTTCT-------------------------CTC-GCCTCTCCCTCTTTA---TATTTGTT-GTTACGG--C----CTGG---TAAACCAACTGACCGT
DroYak_CAF1_left   CTGTTC---TCACCTAGC--AAATGTTCTCAT----------CCCACATTCTCTC-AGCCCTCCCTCTTTA---TGTTTCTT-GTTATGG--C----GCCG---TAAATCAACTGACCGT
DroSim_CAF1_left   TGGGGTGTCTTAT-ATGCGGTTATGACTTCTTTCCTTTTGTATCCTTTTATGCTCGAGTCCCTACTCAGCTGGTTGC---TTTTGTTGGCAACTTAAGCCACGTTTAAACAACTGACCGT

DroMel_CAF1_left   GTGGCCTAATGGATAAGGCGTCGGACTTCGGATCCGAAGATTGCAGGTTCGAGTCCTGTCACGGTCGACCGTTCTATGCTTTT-TTTTAATATTCATATTTTTCCTTGAGCTATGAATAT
DroYak_CAF1_left   GTGGCCTAATGGATAAGGCGTCGGACTTCGGATCCGAAGATTGCAGGTTCGAGTCCTGTCACGGTCGAAAGTTTAACACTTTTTTTTTAAGTGTTTATATTTTGCTTGAGCTCAGAATAT
DroSim_CAF1_left   GTGGCCTAATGGATAAGGCGTCGGACTTCGGATCCGAAGATTGCAGGTTCGAGTCCTGTCACGGTCGATCCTTCTATACTTTT-TTTCAATATTAATATTTTTCCTTGAGCTATGAATAT

DroMel_CAF1_left   TACAGCTTTCATTAATTGGCCAAGTCAATTGCTGAA-AAAAATATTTATTAGTTCTTTAAGGAACTAGAAGCTTAAATAGTGTATTGGGCTTGCGTAAGGACAAGTAGCAGTCGTGGCCG
DroYak_CAF1_left   TACAGATTTTATTAATTGGTCAAGCCTATTGCTGCTAAAAAAGAGAGTTATGTTCGCTGAGAAGCAAGAATCTTAACTAGCGTATTGGGCGCCTATAATAATATGCAGCAGTCGTGGCCG
DroSim_CAF1_left   TACAGCTTTTTTTAATTGGCCAAGTCAATTGTTGCC-ACAAATATTTATAAGTTCTTTAAGGAACTAGAAGCCTAAATAGTGTATTGGGCTTGCCAAATAACAAGTAGCAGTCGTGGCCG

DroMel_CAF1_left   AGTGGTTAAGGCGTCTGACTCGAAATCAGATTCCCTCTGGGAGCGTAGGTTCGAATCCTACCGGCTGCGAATGAGAATGTATATTTTATTTCATATGTTTTTATTTTCTGAAAT-TAAAT
DroYak_CAF1_left   AGTGGTTAAGGCGTCTGACTCGAAATCAGATTCCCTCTGGGAGCGTAGGTTCGAATCCTACCGGCTGCGAATGATATCATTTATTTTACTTAAAACTATTTATGATGTTTTTAT-TTTAG
DroSim_CAF1_left   AGTGGTTAAGGCGTCTGACTCGAAATCAGATTCCCTCTGGGAGCGTAGGTTCGAATCCTACCGGCTGCGGATGAAATTATCTTTTATTGTTTTTAT-TTTCTGAAATTAAAATAAATTTA

DroMel_CAF1_left   AA
DroYak_CAF1_left   CC
DroSim_CAF1_left   TT