CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroAna_CAF1_left   CGGCAACCGGGCAGCCGT----TTGCTTCTATAGCACATTT-TGTCGACGTCGCCCAACAAGTCAGGTTGGCCGAGCGGTCTAAGGCGCCAGATTTAAGCTCTGGTTCTCGAAAGAGAGC
DroGri_CAF1_left   AATGCCTGCCAGCTAGTG----TTGCTTATGTAGCACATTT-GAACACACTCGTCCAACAAGTCAGGTTGGCCGAGCGGTCTAAGGCGCCAGATTTAAGCTCTGGTTCTCGAGAGAGAGC
DroMel_CAF1_left   AACGAAAATGGCAGCCCCGTTTGGTTTTATAGCT--TTTT--TGGCGACGAT-TCTGCACAGTCAGGTTGGCCGAGCGGTCTAAGGCGCCAGATTTAAGCTCTGGTTCTCGAGAGGGAGC
DroMoj_CAF1_left   CGGGCAATGTCGACACTG----CTGCTTATGTAGCACGTTT-AGACAGACCCGTTCAACAAGTCAGGTTGGCCGAGCGGTCTAAGGCGCCAGATTTAAGCTCTGGTTCTCGAGAGAGAGC
DroSec_CAF1_left   TGGCTGCCAGGCAGCCCC----GTTCGCTTTTATAGCTCTTTTGTCGGCGAT-TCTGCACAGTCAGGTTGGCCGAGCGGTCTAAGGCGCCAGATTTAAGCTCTGGTTCTCGAGAGGGAGC
DroWil_CAF1_left   ATATTGACTGAGAATGAA----ATATTCATGTAGCACATTC-GGAGCACAGGCAGACACAAGTCAGGTTGGCCGAGCGGTCTAAGGCGCCAGATTTAAGCTCTGGTTCTCGAGAGAGAGC
DroYak_CAF1_left   ACTGGCTGCCAGGCAGCC----GTTCGCTTAAACAGTTCTT-TTGTCGGCGATTCTGCACAGTCAGGTTGGCCGAGCGGTCTAAGGCGCCAGATTTAAGCTCTGGTTCCCGAGAGGGAGC
DroSim_CAF1_left   TGGCTGCCAGGCAGCCCCGT--TCGCTTTTATAGCTCTTT--TGGCGGCGAT-TCTGCACAGTCAGGTTGGCCGAGCGGTCTAAGGCGCCAGATTTAAGCTCTGGTTCTCGAGAGGGAGC

DroAna_CAF1_left   GTGGGTTCGAACCCCACACCTGACAAAGGGTTCTAAACTTTTT-----TTTGTTGTTTTTATTATTTTATTTTATTTATTTTTTATTATCACACATCCCCTTATGGTTTTCGAGTGTTTC
DroGri_CAF1_left   GTGGGTTCGAACCCCACACCTGACAATCGATGGAAGATTTCTTTTTTTTCTTTTCTAATTCTTAACAATTTTAATAAATTATTTTTAACAACATAC-------ACAACTATTTTAAGGTA
DroMel_CAF1_left   GTGGGTTCGAACCCCACACCTGACAATTGTTGAGTTCCTTTTT-----TAGTTACTT-ATTTTATTTG-TTTGCTAATTAGTTCCACACGCCCTTT-------ACTCGT-ACAAGTTGAT
DroMoj_CAF1_left   GTGGGTTCGAACCCCACACCTGACAAGTTGGGAAAATCACTTT-----TTTTTATTTTATTTTTTTT--TAATTTATTATTTAAATTAAAAAACAA-------GAAAATTATTATGCCCT
DroSec_CAF1_left   GTGGGTTCGAACCCCACACCTGACAATTGTTGAGTTCTTTTTT-----ACTGACCTAATTTTATTTG--TTTGCTAATTAATTTTACACGAATTTT-------ACTCTT-ACAAGTTGAT
DroWil_CAF1_left   GTGGGTTCGAACCCCACACCTGACAAG-TCAA-AAGTGAAATG-----TAATTTTTTTTTTTATTTTTAATAGAAAAATAAATAAACAATTTTTTTCTCAA--AATCATTCTATCTATAT
DroYak_CAF1_left   GTGGGTTCGAACCCCACACCTGACAATGCTTTCAATTCTTTTT-----TGTTTCTCACTTTTTCTTG--TTTATTAATTATTTTTACACACCTATT-------ACTTGCAACATTTTATT
DroSim_CAF1_left   GTGGGTTCGAACCCCACACCTGACAATTGTTGAGTTCTTTTTT-----AGTGACTTAATTTTATTAA--TTAC----TTAGTTTTACACGAATTTT-------ACTCGT-ACAAGTTGAT

DroAna_CAF1_left   --AAGGGCTTGTAATCAAG---T--GGGTTAAGAGATAA-GGCTATGTA-ACTACAAGT-GTTCTAAGTTTGTTTGATTTT
DroGri_CAF1_left   --TATTAGCGATAGTATATATT---AATAAGGCAATTATAAGTAAATAATATAATAAAA-ACACAGTTTACATAGAA-GCA
DroMel_CAF1_left   --TATGCCCTAGTTAGTAGTTTAACATTCGGGATTTAA-GAAGATTACA-TCTAAAAGT--TGCTTGTCTTGCTTCA-AAT
DroMoj_CAF1_left   --GGTAGTTAAAATTTTTATTTA--A-ATCAGCTATAAT-TTAAATACT-TTGT-ATTATGTTGTGTGAATTATGCA-TGT
DroSec_CAF1_left   --TATGCCCTAGTTAGTAGTTTTACATTCGGGATATTAG-AAGTTTACA-TCTAAAAGT--TGTTAGTGGAAACGGC-TTG
DroWil_CAF1_left   --TTTGT-TAACAATTTCG---T--AGCTTAAGGAAATT-TTAAAATTA-ATTTTTCTA--TTTTACTTTTATTAGA-TCA
DroYak_CAF1_left   --TATAACCTTTTTAGTAGTAGA--A-ATTTTGGTAAAT-TGAAAGTTT-ACTTCTAAAAGTTCTTAGTGGAAACGA-CTT
DroSim_CAF1_left   TAAATGGCCTAGTTAGTAGTTTAACATTCGGGATATTA-GAAGTTTACA-TCTAAAAGT--TCTTAGTGGAAACGG---CT