CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA DroAna_CAF1_left G--CAATA--------TTTAAAGTTTT--AAAAT--C-----AAATCTAACGACTAAGTAGCTCGTAAA-ACTAACAAGAAAT---GAAAATAAATTAATAAACCTTAAAAAA---TATT DroEre_CAF1_left ACATTTAG--------TATTATTTACC--AAGTT--CGATTTTTAATTTGAAAAGAAAGAAGCTGATG--ATAGATTACCTTG---CTTCAATAATTATGAAGAAATAGTGAAAA-TAAT DroMel_CAF1_left A--GATAATTGTATATATTATTTGGGG--TTCTT-------TATTTGTTCTTATAATTGAAATTAAAGT-ACTAGAAAAATAC---ATGAATACATGCTATAATCTAAGGAAA---TAGT DroPer_CAF1_left T--GAATT--------ATAAAAGCCAA--AAACCAATCT--ATCTAATTTCCAGA-----T-TATATGC-AATAAAGCCGTACTTGAGACACGTTTGTAATAATTAAATAATA---TTT- DroPse_CAF1_left T--TGAAT--------TATGAAAAGCC--AAAAA--C-----CAATCCATCCAATTTCCAGCTTAAAGC-AATAACACGATAC---TTGAAAACTTTTGTAATATGTAAATAA---TATT DroSec_CAF1_left T--TATAT--------ATTGCTTAGGG--TTCTT-------TATTTGTTCTTATAATTGAAATCAAATT-ACTATAAATGTAC---ATAAATATACTTTTTATGCTTAATATCTA-TTGA DroWil_CAF1_left A--ATATA--------CATACAATTCTGGAATTA--T-----TATCATATCTTATCTGCAT-AATTATCAACTTTATATTTTG---TTGCATGTGAACCAAATCATTTTGATCTAGAAAA DroYak_CAF1_left A--GGTTG--------ATCTTAATTTG--AAAAG--CCCATAAAATGTTTAAATAAGGTCACCAAATGGAACAGGTAATCTAC---CAGCTCTAATTTTTACGACTTAGTAAAAA-TAAT DroMoj_CAF1_left T--TTAAT--------TTGCATTCAGT--TAGAC--------TTATATTATTGCACCT-ATTCTA-----ATTTATTAGTAACGCAACGCT--TACTCTAATTAATTATTTAT---TT-C DroVir_CAF1_left T--ATTTT--------TA--ATGCTTT--ACTAT--------TAGATTAATTTTA-TT-GCTATT-----TAATATTATCAATAAAAGACA--TTTCCGCTTTTCTTTTCAAC---TACC DroAna_CAF1_left TAAAA-AA-AACTTAAAACTATCAAAAAAAAGTTAGTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCACTCGGCCACCTCGTCC DroEre_CAF1_left TATTAAATACTTTCATTATAAAAATAAAAAAGTATGTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCACTCGGCCACCTCGTCC DroMel_CAF1_left AAATA-AAACTATCATTACAAAACAAAAAAAAGAAGTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCACTCGGCCACCTCGTCA DroPer_CAF1_left -AATA-AAGTAAGAAAAATAACTGCAAAAAGTTTCTTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCACTCGGCCACCTCGTCC DroPse_CAF1_left TAATA-AAAC-AGAAAATTAACTGCAAAAAGTTTCTTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCACTCGGCCACCTCGTCC DroSec_CAF1_left AAAAG-TAAATAAAAATAAAAGAAGAAAAAAAGGAGTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCACTCGGCCACCTCGTCA DroWil_CAF1_left AATAA-AATCAATAATTTTACAAACAAAAAAAACCTCCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCATAACCACTCGGCCACCTCGTCT DroYak_CAF1_left TATTA-AATCTTTCATTGCAAAAATAAAAAATTAAGTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCACTCGGCCACCTCGTCC DroMoj_CAF1_left AATGT-TTTA-G-CTT-CATATAAAAAAAATAGAGATCGACGCGGATGGGATTACAACCCACGCGTGCTGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCA DroVir_CAF1_left TTACT-AATT-T-GAT-TTGAAATTAAAAAAAAAACTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCA DroAna_CAF1_left AGTGACGAGGGTAGGTCCATGTGCGCTCTAGTC--ATTAGTGGC-GCAAA----TTGAACCGTGTTAT-CGACTGTAAGCAGTGTACTCTGTTA-GAACTAT---G DroEre_CAF1_left AGTAATAGCGTTAGGCCCAACGGTGCATTCATC--CTGAGC-GGGTCAGCA---ATACACATTGTTAT-CGACAGCAAGCAGTTCAATGCAAGT-TTAG-AA---C DroMel_CAF1_left AGTAATTTAGTTGGGCCCAACAGTCCTCTCATT--TTAAGC-GG-GCAGCA---ATT--CGTTGTTAT-CGACAGCAAGCTGTACATATAAGCA-TTAG-AACAGA DroPer_CAF1_left CTTGCCCAGGTTAGGTCCAACT-CTCAGCTTGT--CGAGT--GA-GCAGTGGACATGCACATTATTAT-CGATAGCAAGCAGTGCGTGCAGACA-TTAG-AA---T DroPse_CAF1_left CTTGCCCAGGTTAGGTCCAACTCACAGCTTGTCGAGTGAGC-AG-TGGAC----ATGCACATTATTAT-CGATAGCAAGCAGTGCGTGCAGACA-TTAG-AA---T DroSec_CAF1_left TGTAATTTAGTTGGGCCCAACAGTCCACTCATT--CTGAGC-GG-ACAGCA---ATTTGCGTTGTTAT-CGACAGCAAGCTGTATATATCAGCA-TTAG-AAC--A DroWil_CAF1_left TCTGTATCATCATGGACCAAATGACCTTGGTGA--GGCTTT-CGTGAAATG---TTCTACTAGTTGTTCTTTTTGCAAATGTCATAAATTTGC--TCAC-TA---A DroYak_CAF1_left AGTAACATTGTTACGCCCAACAATGCACTCATC--CTGAGC-AGAGCAGCA---TATCACTTTGTTAT-CGACAGCAAGCAGTATTTTTCACCA-TTAG-AA---C DroMoj_CAF1_left TATGCGACCTTCGCGACCAGTTCA-TTACTTGATGCACAGC-TT-G-ATCA---AATAGGAAGCAGTG-CAATGTTTATGTGTTAGCAATAATATCCCA-TA---T DroVir_CAF1_left TATGCGACCTTGGCACCCAGTTGC-TCTTTTCATGTACAGC-TT-A-GTTG---ATACGCAAGCAGTG-CGAAAATTTAAAATGTATATATTTCTATTA-GG---A