CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroEre_CAF1_left   GTGCATCTCCTTAAATTGTTAAGCTCGGATTTTCAAAACAGCGATCTAAAACTTGTTAGTCATCGGACAGAT-------TACGTTTGTTCCATAATTGCAGGGCTTACTTATTTAGAAGC
DroMel_CAF1_left   GTACACCTCCTTAAATTGTTAAGCTCGGATTATTAAGAAAGCGATCAAAAACTTTTTAGTCATCGGACAGAT-------TGCTTTAGTTCCATAAATACGGAGCTTACTTATTTAGACGC
DroSec_CAF1_left   GTACACCTCCTTAAATTGTAAAGCTCGGATTATCAAGAAAGCGATCGAAAACTAGTTAGTCATCGGACAGAT-------TGCTTTAGTTCCACAAATACGCGGCTTACTTATTTAGA---
DroSim_CAF1_left   GTACACCTCCTTAAATTGCTAAGCTCGGATTATCAAGAAAGCGATCGAAAACTAGTTAGTCATCGGACGGAT-------TGCTTTAGTTCCATAAATACGCGGCTTACTTATTTAGACGC
DroYak_CAF1_left   T-------CCTTAAATTGTTAAGCTCGTATTTTCGAAACAGCGGCCTAAAACTTGTTAGTCATCGGGCACATTACGCATTACGTTTGTTCCATAAATTCAGGCTGTACTTATTTAGAATC

DroEre_CAF1_left   AC-TAAAAACACTGTAAAAAAAA--ATTTGCCAGGTGTGGGGTTCGAACCCACGCTCTCTCACGAGAACCAGAGCTTAAATCTGGCGCCTTAGACCGCTCGGCCAACCTGGCTATGTGTT
DroMel_CAF1_left   AC-TAAAGACACTGTAAAAAAAACTTTTTGCCAGGTGTGGGGTTCGAACCCACGCTCTCTCACGAGAACCAGAGCTTAAATCTGGCGCCTTAGACCGCTCGGCCAACCTGGCTATGTGTT
DroSec_CAF1_left   ---------CACTGCAAAAAAAACTTTTTGCCAGGTGTGGGGTTCGAACCCACGCTCTCTCACGAGAACCAGAGCTTAAATCTGGCGCCTTAGACCGCTCGGCCAACCTGGCTATGTGTT
DroSim_CAF1_left   ACCTAAAGACACTGTAAAAAAAACTTTTTGCCAGGTGTGGGGTTCGAACCCACGCTCTCTCACGAGAACCAGAGCTTAAATCTGGCGCCTTAGACCGCTCGGCCAACCTGGCTATGTGTT
DroYak_CAF1_left   AC-TAAAAACACTGTTAAAAAAACTT--TGCCAGGTGTGGGGTTCGAACCCACGCTCTCTCACGAGAACCAGAGCTTAAATCTGGCGCCTTAGACCGCTCGGCCAACCTGGCTATGTGTT

DroEre_CAF1_left   TTCCCTAATTCTAAGTACAATATATACAAAAACGAAATAAAATTGTATTTATATTCAGTTCTTTTAACCTTTT-AACCTC-GTTTT-CATGTGCTCAAAAAGTGTATAAT--GACTTCTT
DroMel_CAF1_left   TTCCTTAATTCTAAGTACAATATACACAGAAAGGAAATAAAATTGTATA-TTATTCAGTGGTTTTAACCTTTTGAACCCCTGTTTT-TATGTGCTCAAAAAGTGTATAAT--GACTGTTT
DroSec_CAF1_left   TTCCTTAATTCGAAGTACAATATACACAGAAAGGAAATAAAATTGTATA-TTATTCAGTGCTTTTAACCTTTTGAACCCCGGTTTT-TATGTGCTCAAAAAGTGTATAAT--GACTGTTC
DroSim_CAF1_left   TTCCTTAATTCGAAGTACAATATACACAGAAAGGAAATAAAATTGTATA-TTATTCAGTGCTTTTAACCTTTTGAACCCCGGTTTT-TATGTGCTCAAAAAGTGTATAAT--GACTGTTT
DroYak_CAF1_left   TTCACTAATTCTAAGTACTTTATACCCAGAAAGGAAATACGATTGTA----TATTCAGTACTTATAACCTTTTGAACCTCGTTTTAAGCACTGCTTCCCTCCTAGAAATTGATTTCGTGA

DroEre_CAF1_left   CCCTCCTAG
DroMel_CAF1_left   CCCTTCT-A
DroSec_CAF1_left   CCTCCTA-G
DroSim_CAF1_left   CCCTCCT-A
DroYak_CAF1_left   TGTGTAT-A