CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroAna_CAF1_left   TTATAT--TTAAGAAAAATAATT--AAATAATATATATAATGCACAAAACAAAAAGCT-ATT---TA-TAATTTTTCAGCTATATCACAAATATGGATCTTTATATAGTCTCGCCAAAAA
DroEre_CAF1_left   TCTGTT--TTATTTGAAAAATGTAGATCTATTATCTCTATTAGATATATTCTTTTATT-TAA---CTTAA-C--TCTTTAATACTTTAATTTATAGACACATCTGATTTCCTTGCAAAAA
DroMel_CAF1_left   TACATTTGGTATTTAAAAAAAAA--TTTGGTCCTAATTGATAAAATGTTTTTTTTTTTTAAC---TG-AA---TGTATGAATGTATTAATTTACAAACACATGTGAAATCGGTGAGAAAG
DroSec_CAF1_left   AA--A---AAATGGGTCTTAATT--GATAAAATGTTTTTTTTTTTTTGACTAAACTCT-TTTATGCT-GTCTCTTAATGAAAGTATTAATTTACCAACACATGTGAAATCGGTGCAAAAA
DroSim_CAF1_left   TG--GCGGCGTATTTAAAAAAAA--TTGTGTCTTAATTGATAAAATGTTTTTTTTTTT-ATG---CT-GTCTCCTAATGAAAGTATTAATTTACCAACACATGTGAAATCGGTGCAAAAA
DroYak_CAF1_left   AAACAT--GTAATACCAATATCTT-AGTTGATTAAATATTCTGTATTTTG-CTTTTTT-TTT---TT-ACTATTTTATGCTAAATTTAAAACAAAAACAAATGCGAATTCGATGTGAAAA

DroAna_CAF1_left   CGTGGCGTCGGTGGTGTAATGGTTAGCATAGTTGCCTTCCAAGCAGTTGACCCGGGTTCGATTCCCGGCCGACGCATGGTAGCTTTTTTTGTTAAAAAA--TATT------ATTTTTCAT
DroEre_CAF1_left   TGTGGCGTCGGTGGTGTAATGGTTAGCATAGTTGCCTTCCAAGCAGTTGACCCGGGTTCGATTCCCGGCCGACGCACATTCAATTTTTTTAA-A--CTCCAAATC-AAATGTTTTCAATG
DroMel_CAF1_left   TGTGGCGTCGGTGGTGTAATGGTTAGCATAGTTGCCTTCCAAGCAGTTGACCCGGGTTCGATTCCCGGCCGACGCACATTAAGTTTTTTTTA---ACTCTAAAAC-AAAGTAATAAA--T
DroSec_CAF1_left   TGTGGCGTCGGTGGTGTAATGGTTAGCATAGTTGCCTTCCAAGCAGTTGACCCGGGTTCGATTCCCGGCCGACGCACATTAAATATTTTTTATATACTCTAAAAC-AAAGTAATAAA--T
DroSim_CAF1_left   TGTGGCGTCGGTGGTGTAATGGTTAGCATAGTTGCCTTCCAAGCAGTTGACCCGGGTTCGATTCCCGGCCGACGCACATTAAATATTTTTTATATACTCTAAAAC-AGAGTAATAAA--T
DroYak_CAF1_left   TGTGGCGTCGGTGGTGTAATGGTTAGCATAGTTGCCTTCCAAGCAGTTGACCCGGGTTCGATTCCCGGCCGACGCACATTGATTATTTTTTAATGCTTT--GAATATGATTTCTTAT--C

DroAna_CAF1_left   A-ATTTTT--TTTATAA-ACTAATGAGA----AAAATATATACTGTAAAT--GTTTTTAGCGCCAAGTCCTTACCAAAATATGGTTTATGG
DroEre_CAF1_left   GCTTCC--TGATCTCATTTTTGAAGATA----ATGAAACCTACTTTAAAA--CGACTA---GGCTCAATTGTGAATTGCGC-TTACTGACC
DroMel_CAF1_left   ATTTTCAATAAATGTTAACTGTATATTT----CTTTAATTCTTGTTGAAGA-TAATGA---AATAATCCCATAG-TAAATT-CTCATTTTC
DroSec_CAF1_left   ATTTTCAATCAA--TCTATAATTCTTCT----TGAAGATAAAATTCTCAATTCTATAA---TTCTATCTATAATTCTTCTT-GAAGATAAA
DroSim_CAF1_left   ATTTTCAATCAT--TCTATAATTCTTCT----TGAAGATAATGAAAAAATCCCTTAGT---AAATTCTCATTTTCCCACTT-CGAAATGAC
DroYak_CAF1_left   TTATTTTTGAAG--ACAATAAAATTATCAGTTGGGAAATTCTCATTTTCC----T--A-----CTTTAAAATGACCATTGA--GGGGCCCA