CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroAna_CAF1_left   ACGGAATAAATATATAGGATT-GGAAATAAGTTAAGA-TTAG-TT-ATCAG-ATTAGATTGTA---TTAGCCATAGAGCCGCGACGGTCT--CAA--GAAGTGAAAAATTCAGCGGCGCC
DroEre_CAF1_left   AAATGTA--GATAAAATA-AG-AACTAAAGAAAATAACACATAAG-TAAATGAATACTAAAAC---GCTATACCACTAATCGTTCATAGG--TAC--GCCCCAAAAAAGATAGCGCCGCT
DroMel_CAF1_left   AAAACCCAAAATTAAATT-AA-AACTAAAGCAAAGATTGCCA-AA-TTTAT-CTAATTAAAAC---GCTAAACCACTATTTCTTTATACA--TAC--AGTCCAAAATAGTTAGCGGCGCT
DroSec_CAF1_left   AAAATATCTTTCGATAAA-AA-AACTAAAGCAAACAATGCCA-AA-TGTAT-ATTATTATAAC---GCTAAACCACTAATTCTTTATACA--TGC--ACTGCAAAATAGTTAGTGGCGCT
DroSim_CAF1_left   ATAACTTTTGATAAAATT-AA-AACTAAAGCAAACAATACCA-AA-TGTAT-TTAAATAAAAA---GCTAAACCACTAATACTTCATACA--TGG--AGTCCAAAATAGAGAATGGCGCT
DroYak_CAF1_left   TTGTTTTTTTTAAAAAATTAA-AACTAGAGCAAATAA-ACTA-AA-TAAAT-TTAAATTAAAC---TCTATACCACTAAGGCTTCAAACA--TAC--GCTCCAAAAAAGATGTGGCCGCC
DroWil_CAF1_left   CATATATTGCTTTTACTT-TGCATGTACTTTCTGCAT-ACCA-AATAGTGT-ATTTTCTCTACATGGCCATTGCTTGCTTTGAGTG-TCAGTCACAAAATGCACATTGGGCGCGAGCTAA

DroAna_CAF1_left   CTCATCGGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGTGAGAGGTACGGGGATCGATACCCCGCATCTCCAAGTATTTA-ATTTTTTAT--TTTTATAAACCATTGTT--TA
DroEre_CAF1_left   CACATCGGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGTGAGAGGTACGGGGATCGATGCCCCGCATCTCCAGAAGGATTTTTTTTT-AT--TTGG----TGAAATAATTAGC
DroMel_CAF1_left   CACATCGGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGTGAGAGGTACGGGGATCGATGCCCCGCATCTCCAGAAGGTTTATTTTTA-TT--TTAT----ATTTCCGGAATTT
DroSec_CAF1_left   CACATCGGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGTGAGAGGTACGGGGATCGATGCCCCGCATCTCCAGAAGGATTATTTTTT-AT-GTTTCC-GGATTTTCATAGTGG
DroSim_CAF1_left   CACATCGGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGTGAGAGGTACGGGGATCGATGCCCCGCATCTCCAGAGTGATTATTTTTT-TATGTTTCC-AGATTTTCATAGTGG
DroYak_CAF1_left   CACATCGGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGTGAGAGGTACGGGGATCGATGCCCCGCATCTCCAGAAGGGTTATTTTTG-TATGTTGGCGGAATTATTCGA--AA
DroWil_CAF1_left   CACATCGGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGCGCTCGCTTAGCATGTGAGAGGTACGGGGATCGATGCCCCGCATCTCCAGTTGGAAGTTTCTTT-TT-TTTGCCTATGTCTTTTTA--AT

DroAna_CAF1_left   GCA---T------TT-TTTATAAAACATGATAATAATTTT-TTGAGTTCTTTATAGAACCGTT-CATTTTCGGTA-CTGGC--------AC--GTGCCAG
DroEre_CAF1_left   AG-CTAATGTATGTT-AAAAAACATTTTAAGAAATGT----AAATAAAGTATACAAAATATTT-TTAGATTG-CTGTTG-C--------AG--TGAT-TT
DroMel_CAF1_left   ACATATTGGTTTAAA-AAAATTTAAAAATAGGTATAA------AAAAAAGTTGCAGTGATTTCCCAAGTATG-CATCCCTA--------AA--AATG-TT
DroSec_CAF1_left   TTAAAAGATAAAATAGGTAAAATAAAAATATTTTTAG------ACAGAAGTGGCAGTGATTTCCTAGGTATG-CCTCC-----------------AT-AC
DroSim_CAF1_left   TTA---A------GA-GATATTTAAAAATAGGTAAAATAAAAATATTGTTAGACAGAAGTGGC-AGTGA-----TTTCCTA--------GGTATGCA-TC
DroYak_CAF1_left   CTT---A------TG-TACACACAGCTGCGAAAAAAAATA-GCTCTTGCCCAGTAAAACTTTA-AATAAGTCTCC-TACCT--------AC--AATT-TA
DroWil_CAF1_left   TTT---A------TT-TTTTTATGACTTTAATTTATTTAATTGAATTTTAATTCTAATTTTTT-TTTGT-----GTAATTGTTTTTAAAGC--CCTT-TA