CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroAna_CAF1_left   ATGCC-----AAGATG--TCT-CTAAAAAATTAGGTGCTCTTTAAAAGGATATATGT-AAAAGT--AATTC-CTAAT-AGAATTATAAAATTACATAAATAATAAAG-GAATAA-AAA-A
DroEre_CAF1_left   CAAACAGCTTAAATAG--CTG-TACAAA-ATTAAAGTTAAACTTAAGGTAAAATATTCCATAAA--TTGAT--CACA-CATTGATTT--ATTAATATCCTAATTGAAAAAACAA-ATTGC
DroGri_CAF1_left   CCGG---T--TTGTTG--CCAATTGATG-T---GGCCAGGTGTC-ACATTTAAAAT--CCTATG--GATCC--TATA-TGGATGTAGATAGGTGAAAA-AAAAAACAAATTGGA-GAAGA
DroMel_CAF1_left   AG-----TTTAAATAG--TTA-TATAAA-ATAAGAGTTAAATTCAAGTTAAAATATTCCATAAA--GTAAT-TCACA-CATGGTTTT--TTTGCGTTAATATTCCAA-TG---------G
DroMoj_CAF1_left   GGAG--GC--AAAAGT---GT-CTGCTG-T---CATAAATAAAT-CCGGCAGAGGC--TGCATCTAAACAA--TTCT-CTTGGCCAGGTGCAACATTT-AAAGAGAAAACGTAA-AAAAA
DroSec_CAF1_left   AC--CAGTTTAAATAG--ATA-TATAAA-ATGAAAGTTAAATTCAAGTTAAAATATTCCATAAA--GTAAT-TCACA-CATTGCTTGTCATTAATATTCTAATCGAA-AAACAA-ATTGC
DroSim_CAF1_left   AC--CAGTTTAAATAG--ATA-TATAAA-ATGAAAGTTAAATTCAAGTTAAAATATTCCATAAA--GTAAT-TCACA-CATTGCTCGTCATTAATATTCTAATCGAA-AAACAA-ATTGC
DroVir_CAF1_left   GCCAC-----AGTTCTTGGCT-TCCAGT-CCAATTGGCCATATATAGCTCGAAAGCTTGTTGGC--AATTG-ATTTAGCCAGGTGCCAGGAATGTAGCCATTTAAAA-AAGCAA-AAA-A
DroWil_CAF1_left   ATATA-----TTAAAAGAGTA-TACAAA-CTTT-TGGCTCCT------TCCAGACCTTTGTCTT--TCTTT-TCCCA-TATCTCTCTCAATAAGGTTTAGAAATTCT-TAATTT-AAA-A
DroYak_CAF1_left   T---------AAATAG--CTA-CATAAA-ATGACAGTTAAACTT-AGCTAAAATATTCCATAAC--GTAAT-TCACA-CATTGATTT--ATTAATATTATTATTTAT-AT---------T
DroPer_CAF1_left   AAGTC-----TTATGGATTTA-CTTTAA-ATTA-TTTTGCTATAAACTAAGAATATCTTAAGCC--TC-TAGACTT--CAAAATAAAAAAAAAATAAAATAATAATA-AAATAGCGTACA
DroPse_CAF1_left   TAGTC-----TTATGGTTTTA-CTTTAA-ATTA-TTTTGCTATAAGCTAAGAATATCTTAAGCC--TC-TAGACTT--CTAAATAAAAAAAAAGTAAAATAATAATA-AA-----ATAGA

DroAna_CAF1_left   ----TGTATAAAATAAAAAA-TG-TACCATCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCACTTTCTT
DroEre_CAF1_left   -TGGATGGAG-CA---AAAAATT-CCA-CTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCACTTTCTT
DroGri_CAF1_left   AAAGAAAACCAAATGAAATA-GGATTC-GTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCACTTTCTT
DroMel_CAF1_left   -A--AAAAA--CAA--AAAAATT-CCA-CTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCACTTTCTT
DroMoj_CAF1_left   TAAAAATAATAATAAAATAA-CTCCCA-CTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCGCTGTGAT
DroSec_CAF1_left   -TTGATGGAGACAAA-AAAAATT-CCA-TTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCACTTTCTT
DroSim_CAF1_left   -TTGATGGAGACAAA-AAAAATT-CCA-TTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCACTTTCTT
DroVir_CAF1_left   ----TATAATAAAAC-AAAAAAC-ACG-CTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCGCTTTGAA
DroWil_CAF1_left   --AAAAAAAAATGAA-AAGGACT-CTC-GTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCACTATATC
DroYak_CAF1_left   -CTAATTGAA--A---AAAAATT-CCA-CTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCACTTTCTT
DroPer_CAF1_left   -TCATAATACGTA-T-AAAAACG-ATT-ATCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCACTTTCTC
DroPse_CAF1_left   -TCATAATACATATT-AAAAACG-ATT-TTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCACTTTCTC

DroAna_CAF1_left   TTC-GAACAACTTTTTTGGGTTCTTCACTTT-ACC--GGCATCTTTTTCGCATT-CTCGCATA-GCCCATATTTGC-ACT-TTCTTCGCTG-GCCAAAACTA
DroEre_CAF1_left   TTCGGCGATTTCGAAGACCGTTTCGTACACT-CCG--TACTCCCACTTTCTTCG-CTCGACCA---ACTATCTATCTGTA-TCTGAAGAAG-TGAGATGAGT
DroGri_CAF1_left   TCC--GCTCGCCAAACGTTGCTGCTTCTTGAAATA--GAACCAGTTACGAGCGT-TACTTCTT---ATTGTTGTGGTTTA-GCTATGGTTATTTCTCTGGCA
DroMel_CAF1_left   TTCCACGAAATCGATGACAATTTCGTACACT-CCAT-AACTACCACTTTCTTCG-CACGACCA---ACTACCAATCTACGTATGA--GTAT-CTAAAGAAGT
DroMoj_CAF1_left   TTG--CGGCGCCGAACGACGCTTCTTCAGCCACAA--GAGAGAGCGGGAGAGCT-AGACAGAG---AGTTATAATGCGCC-AAATGTGTTGCTGTATGCAAA
DroSec_CAF1_left   CTCCGCGAAATCGAAGACCATTTTGTACACT-CCG--TACTACCACTTTCTTCG-CTTTACCTTTACCTATCTATG-AGA-GTATCTAAAG-ATGTT--AGC
DroSim_CAF1_left   CTCCGCGAAATCGAAGACCATTTTGTACACT-CCG--TACTACCACTTTCTTCG-CTTTACCA---ACTATCTATGAAGA-GTATCTAAAG-AAGTTAGCGC
DroVir_CAF1_left   CTT--CATCGTCAAATTGCTTAACTTAAGCTTTGAGCTGATTCGTAAGTTAAGT-TAA-ATAA---GTTAACTTTC-ATA-ACTTGCCAAATTTTTGCTGAC
DroWil_CAF1_left   CTC-ACCTCGCCTGAAACCCTTCTTATCATT-ATA--CAAAGCAATAACCCCATTTTTCAAGA---GGGTAGATCAAAGA-A-TTTAGAAGTTGTATTATCA
DroYak_CAF1_left   TTCGACGAATTCGAACCCCTTTTCGTACACT-CCG--TACTCCCACTTTCTTCG-CTCGACCA---ACTAACTATCTATC-TGTAAC-CCGAAGAAAAGAGA
DroPer_CAF1_left   TCT-GTGAATCTTTTGGTGG-TTCTTCTGTAAGGCCCAACTTCTTTAATTCTAC-CCGCTTGT---ACTTTCTTCTCT-C-TCTGCTCTTG-CTGTCAGTTC
DroPse_CAF1_left   TCT-GTGAATCTTTTGGTGG-TTCTTCTGTACGGCCCAACTTCTTTAATTCTAC-CCGCTTGT---ACTTTCTTCTCT-C-TCTGCTCTTG-CTGTCAGTTC