CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroSec_CAF1_left   ATGT-----AAACATGTATTAATATGGCATA----AAAAAATATAAACTAATTGTGTTCTTTGTTTAACGACCATAGATCTAAAATGGCTCAACCTGCAGTCGTATTAGTAATGTTTTTT
DroSim_CAF1_left   ATGT-----AAACATCTATTAATATGGCATA----AACAAATACAAACTATTTGTGTTCTTTATTTTACGACCATAGATCTAAAATGGCTTAACCTGCCGTCGTATTAGCAATGTTTTTT
DroMel_CAF1_left   TGGCATAAGAAATACAAACTAATTGTTCTTTATTTTACGACCATATATCAAAAATGGTTATAGGT-TAC-AGGTTATATCAAATAACCTG-------CAGTCCTATTAGTCGGGTGTTTT

DroSec_CAF1_left   GGCGGACGACTTTCACCTGCTCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATTGGACTTTTAATCCAAGGGTCCAGGGTTCAAGTCCCTGTTCGGGCGGTCATCTTTT----------TTGGAAGTG
DroSim_CAF1_left   GGCGGACGACTTTCACCTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATTGGACTTTTAATCCAAGGGTCCAGGGTTCAAGTCCCTGTTCGGGCGGCCATCTTTTTTTGATTTTTTTGGAAGTG
DroMel_CAF1_left   GGCGGGTGACCTTCACATGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCATTGGACTTTTAATCCAAGGGTCCAGGGTTCAAGTCCCTGTTCGGGCGGCCATCTTTTTTTGCCTTTTTTGGTA-TG

DroSec_CAF1_left   TTAATTCGAAAGGCAATATTGAAATTATAAATTTTCTTT-TTATCCATTTACATTTAAAATTATTTAAGCAATATAAAAAAAGTAAATAGCC
DroSim_CAF1_left   TTGATTCGAAAGGCAATATTGAAATGATCAATTTCCTTT-TTATCTAATATCCATTTACAT-TC-AAAATTATTCAAGCAATATAAAAAAAG
DroMel_CAF1_left   TTGATTAAAAATCCAATATTGAAATTATCAATTTCCTTGTGTATCTTAAATCCATTTATAT-TC-AAAATGATTTAAACAATATAAAAAAGT