CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA DroAna_CAF1_left CGGCAAGAAGAGCATCGAGAACGATTTCCGTAAGATGCTGCGCTACTGCAAGGTCATCCGTGTGATCGCCCACTCTCAGGTAATTACTTATA--------T--TAAAT---GA-----T- DroEre_CAF1_left -GGCAAGAAGAGCATCGAGAATGACTTCCGCAAGATGCTGCGCTACTGCAAGGTGATCCGTGTGATTGCCCACTCGCAGGTAAATATCAATTTCA-CT-------TTG---ATTCCA--- DroGri_CAF1_left --------AGAGCATTGAGAACGATTTCCGCAAAATGCTCCGCTACTGCAAGGTCATCCGTGTGATTGCCCACTCCCAGGTAAATAATTTCTTTA-TTTATCATATCC---ACTCCA--- DroMel_CAF1_left ---CAAGAAGAGCATCGAGAATGACTTCCGCAAGATGCTGCGCTACTGCAAGGTGATCCGTGTGATTGCCCACTCGCAGGTAAATATCAATTTCA-AT-----TATGT---ATTCCA--- DroPer_CAF1_left --------AGAGCATCGAGAATGACTTCCGCAAGATGCTGCGTTACTGCAAGGTCATCCGTGTGATTGCCCACTCGCAGGTAAATATCACCCTTT-TATTG--TATTG---ACACTCTT- DroPse_CAF1_left --------AGAGCATCGAGAATGACTTCCGCAAGATGCTGCGTTACTGCAAGGTTATCCGTGTGATTGCCCACTCGCAGGTAAATATCACCCTTT-TATTG--TATTG---ACACTCTT- DroSec_CAF1_left ---CAAGAAGAGCATCGAGAATGACTTCCGCAAGATGCTGCGCTACTGCAAGGTGATCCGTGTGATTGCCCACTCGCAGGTAAATATCAATTGCA-TT-----TATGT---ATTCCA--- DroSim_CAF1_left ---CAAGAAGAGCATCGAGAATGACTTCCGCAAGATGCTGCGCTACTGCAAGGTGATCCGTGTGATTGCCCACTCGCAGGTAAATATCAATTGCA-TT-----TATGT---ATTCCA--- DroYak_CAF1_left ------GAAGAGCATCGAGAATGACTTCCGCAAGATGCTGCGTTACTGCAAGGTGATCCGTGTGATTGCCCACTCGCAGGTAAATATCAATTCTA-ATTGT--TTCCC---ATTCCATTG DroMoj_CAF1_left ------GAAGAGCATCGAGAACGATTTCCGCAAGATGTTGCGCTACTGCAAGGTCATCCGTGTGATTGCCCATTCGCAGGTAAATATATATATATAAT-----TTTGTTGAATTCTT--- DroVir_CAF1_left --GCAAGAAGAGCATCGAGAACGATTTCCGTAAGATGCTCCGCTACTGCAAGGTCATCCGCGTGATTGCCCACTCGCAGGTAATTATGCTCAATA-TG-----GATTAGTCT---AT--- DroAna_CAF1_left --TTAAAATGC--GAT----GTCC-TTGGCCTTGTTGCGCCATTGG--TGTTGGGTCCTCGGACTCGGCG-CCTTTGGTGCGCCTGGCCTAAAAAGCATTCGTGCTGGGC--T--CTCAA DroEre_CAF1_left ---TATTTCCC--GAC----GTCC-TTGGCCTTGTTGCGCCACTGG--TGCTGGGTCCTCGGGCTCGGTG-CCTTTGGTGCGCCTGGCCTAAAAAGCATTCGCGCTGTGAT-T--TTCAA DroGri_CAF1_left ---TAACGTCCTCTACAAGCGCGCGACGTCCTTGGTCTTGTTGCGC--CGACTGTGCCTCGGTGTGGTCG-GTGCGACCTGGC-----TTAAAAGGCATTTATGCTGTGTT-TATCTCAA DroMel_CAF1_left ---TATTTCCC--GAC----GTCC-TTGGCCTTGTTGCGCCACTGG--TGCTGGGTCCTCGGGCTCGGTG-CCTTTGGTGCGCCTGGCCTAAAAAGCATTCGCGCTGTGGT-T--TTCAA DroPer_CAF1_left --TGATCGTAC--GAC----GTCC-TTGGCCTTGTTGCGCCATCTGTGCTGGGTCCTTTCGGGGGCTTGGCCGTTTGGTGCGCCTGGCCTAAAAAGCATTCACGCTGTGTC-T--CTCGA DroPse_CAF1_left --TGATCGTAC--GAC----GTCC-TTGGCCTTGTTGCGCCATCTGTGCTGGGTTCTTTCGGGGGCTTGGCCGTTTGGTGCGCCTGGCCTAAAAAGCATTCACGCTGTGTC-T--CTCGA DroSec_CAF1_left ---TATTTCCC--GAC----GTCC-TTGGCCTTGTTGCACCAATGG--TGCTGGGTCCTCGGACTCGGTG-CCTTTGGTGCGCCTGGCCTAAAAAGCATTCGCGCTGTGGT-T--TTCAA DroSim_CAF1_left ---TATTTCCC--GAC----GTCC-TTGGCCTTGTTGCGCCACTGG--TGCTGGGTCCTCGGGCTCGGTG-CCTTTGGTGCGCCTGGCCTAAAAAGCATTCGCGCTGTGGT-T--TTCAA DroYak_CAF1_left TATTTCATTAC--GAC----GTCC-TTGGCCTTGTTGCGCCACTGG--TGCTGGGTCCTCGGGCTCGGTG-CCTTTGGTGCGCCTGGCCTAAAAAGCATTCGCGCCGTGAT-T--TTCGA DroMoj_CAF1_left ---AAATGGAC--GAC----GTCC-TTGGTCTTGTTGCGCCGGCTG--TGCC----TCAC------GGC--CGGCCGGTGCGCCTGGCCTAAAAAGCATTCGCGCTGTGATTT--GTCGA DroVir_CAF1_left ---TACTGCGC--GAC----GTCC-TTGGTCTTGTTGTGCCGACTG--TGCT----TCGC------GGC--CGGTCGGTGCGCCTGGCCTAAAAAGCATTCGCGCTGTGCC-C--CTCAA DroAna_CAF1_left TGTCCGGTTAAGGAGTGCAACGTCGCAGATAAAACTGCCCCTCGGGTGGCGGA-GCTTGATATATTCCAGTAACGGTGCGAAGCCGCTCAGGCTATGATCGCTCGGTTAAACCATATTAC DroEre_CAF1_left TGCACGGTTTAGGGATGCAACGTCGCAGAGCAAACTGCCCCTCGGGTGGCGGG-GCTTGATATATTCCAGTAACGGTGCGGAGCCGTTTAGGCGATGATAGCGCGGTTAAACCATATCAC DroGri_CAF1_left TGCACAGTTTAGGAATGCAACGTCGCAGATCAAATTGCCCTTCGGGTGGCGAT-GCTTGATATATTCCAGTAACGGTGCGCAGCCGTTCAGGCGATGATCGCTCGGTTAAACCATATCAC DroMel_CAF1_left TGCACGGTTTAGGGATGCAACGTCGCAGAGCAATCTGCCCCTCGGGTGGCGGG-ACTTGATATATTCCAGTAACGGTGCGGAGCCGTTCAGGCGATGATAGCGCGGTTAAACCATATCAC DroPer_CAF1_left TGCACAGTTAAGGAATGCAACGTCGCAGATGAACCTGCCCCTCGGGTGGCGGGCGCTTGATATATTCCAGTAACGGTGCGCAGCCGCTCAGGCTATGATCGCTCGGTTAAACCATATCAC DroPse_CAF1_left TGCACAGTTAAGGAATGCAACGTCGCAGATGAACCTGCCCCTCGGGTGGCGGGCGCTTGATATATTCCAGTAACGGTGCGCAGCCGCTCAGGCTATGATCGCTCGGTTAAACCATATCAC DroSec_CAF1_left TGCACGGTTTAGGGATGCAACGTCGAAGAGCAATCTGCCCCTCGGGTGGCGGG-ACTTGATATATTCCAGTAACGGTGCGGAGCCGTTCAGGCGATGATAGCGCGGTTAAACCATATCAC DroSim_CAF1_left TGCACGGTTTAGGGATGCAACGTCGAAGAGCAATCTGCCCCTCGGGTGGCGGG-ACTTGATATATTCCAGTAACGGTGCGGAGCCGTTCAGGCGATGATAGCGCGGTTAAACCATATCAC DroYak_CAF1_left TTCACGGTTTAGGGATGCAACGTCGCAGAGCAAACTGCCCCTCGGGTGGCGGG-ACTTGATATATTCCAGTAACGGTGCGGAGCCGTTTAGGCGATGATAGCGCGGTTAAACCATATCAC DroMoj_CAF1_left TGCACAGTTTATGGATGCAACGTCGTAGATTAAATTGCCCTTCGGGTGGCGAT-GCTTGATATATTCCAGTAACGGTGCGCAGCCGTTCAGGCGATGAGCGCGCGGTTAAACCATATCAC DroVir_CAF1_left TGCACAGTTCATGAATGCAACGTCGCAGATTAAATCGCCCTTCGGGTGGCGAT-GCTTGATATATTCCAGTAACGGTGCGCAGCCGCTCAGGCGATGAACGCACGGTTAAACCATATCAC DroAna_CAF1_left GCAC DroEre_CAF1_left GTAC DroGri_CAF1_left GCAC DroMel_CAF1_left GTAC DroPer_CAF1_left GTA- DroPse_CAF1_left GTA- DroSec_CAF1_left GTAC DroSim_CAF1_left GTAC DroYak_CAF1_left GTAC DroMoj_CAF1_left GCAC DroVir_CAF1_left GCAC