CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroEre_CAF1_left   G-CAACGG--AATAT--TGAATCA-TTAATT-TAGTAAA-TAAACACCAA--CAAATGTGCAATTGTG-TTAGCTTTCGGA-CTTGCGTACTTGGTAATAAA--TT----TAG-A----A
DroGri_CAF1_left   G---GTTA--GACAT--GTAAAGT-TAAATA-GTTATTT-CTATTATTTAC-CAAACTAAATGTGGTT-AATTTCACGGCTCATTGTTTACATTATAATGCA--AAAT--AAACT----A
DroMel_CAF1_left   G-CAACGG--AATAA--TGAATCA-TTAATT-TATCAAA-TAAACACTAA--CAAATGTGCAATAGTG-TTAACATTTTGA-TTTGCGTACTTGGTAATATC--TA----TAC-A----A
DroMoj_CAF1_left   A---CCATATATAAA--TATTGTAATTTCAA-TACCAAC-TAAATTAAAT--TTCTTG---A--AAGTCTTAAATTTTACTTAAAGCAAAA-AAATTAAAAA--TTTAAGCATTTTAAAA
DroSec_CAF1_left   A---ACGG--TGTAA--TGAATCA-TTAATT-TGGCAAA-TAAACACTAA--CAAATGTGCAATTGTG-TTAACTTTCTGA-TTTGCGTACTTGGTAATACA--TATA--TAA-A----A
DroSim_CAF1_left   A---ACGG--TATAA--TGAATCA-TTAATT-TAGCAAA-TAAACACTAA--CAAATGTGCAATTGTG-TTAACTTTCTGA-TTTGCGTACTTGGTAATACA--TTTA--TAA-A----A
DroVir_CAF1_left   G---GAGC--TTAGG--GTATAAA-AAAATG-TTTCATTCACTTGCTTATT-TCTTTGTTTTTATCGA--AGTACACGTCGTAATATGAATATATACACTTTTATACT--TTCGA----A
DroYak_CAF1_left   TGCAATGG--AATAT--TGAATCA-TTAA-T-TAGTAAA-TAAACACCAG--CAAATGTGCAATTGTT-TTAGCTTTCGGA-TTTGCGTACTTGGTAATATT--TA----TAA-A----A
DroAna_CAF1_left   A---GCTA--GCTAATGAA--TCA-TAATTATTT-CGTA-CGAGTGGAAATGGGATTGTACAAGTACT-TGTTCGTGTGGA-GCTTCGCGCC--AGCAATTT--TT----CAA-A----T

DroEre_CAF1_left   TGGAAAAATAAATAAAC-AAAAAAGAACGGACGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCACGTGA-
DroGri_CAF1_left   CAAAAAAAGTATATAATAAAAACAGTTGTTGCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCTGCTCC-
DroMel_CAF1_left   GTGAA----------------AAAAAAGGATCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCATGTGA-
DroMoj_CAF1_left   AATAAGTTTTAGTATAA-T--AAAAAGCTCTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCGCTTGCA
DroSec_CAF1_left   GTGAAAAATAAATAAAC-AAAAAAAAAGCATCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCATGTGA-
DroSim_CAF1_left   TTGAAAAATAAATAAAC-AAA--AAAAGGAGCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCATTTGA-
DroVir_CAF1_left   AATTAAATAAACTG----AAAAAATAAACCTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCATGTGT-
DroYak_CAF1_left   TTGAAAAATAAATAAAC-AAAAAAGTACCGTCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCACGTGA-
DroAna_CAF1_left   AAAATAATAATAATAAT-GCAAAATAAGGCCCGACGAGGATGGGATTCGAACCCACGCGTGCAGAGCACATTGGATTAGCAGTCCAACGCCTTAACCTCTCGGCCACCTCGTCCTGTGG-

DroEre_CAF1_left   TTT-ATTGCCG-TATAAAAGGGTAAATATTAGCATCGATTGCGGA-AGTCACTGAAATCAACAGCTCTAAGTCATAA--AAGTTAAACTAC-GACA-G------ATAA-TA
DroGri_CAF1_left   GTCGAGCAGCT-CTCAGAAC-C-CAACATAAACTAAGCGTTTTCGGCTGCTAATCAGCACAACGCCAACAAAGTTAC--GTACTTACCTAT-CC-T-A------TGTATGT
DroMel_CAF1_left   TTT-ATCGCCA-TATAAAAGGGTTAATATTAACATAGAAGT--------CATTTAAATCACCAGCTTAAAGCCATAA--AAGTTTAAATTC-GGCA-AATAATAAATGCGT
DroMoj_CAF1_left   GCC-AGCGACT-CTCGGAAC-T-AAACTTCAACTCAAT---CATT-TTTCGTTATGCTTATCAACGTAATGTTTCAAAAAACTAAATGTAC-TATAAA------GATAAAT
DroSec_CAF1_left   TTT-ATTGGCA-TATAAAAGGGT-TATATTACCAAAAATGGCAGA-AGTCACTTAAATCGCCAGCTCTAAGCAATAA--AAGTTAAAATAC-GGCA-G------ATAATAA
DroSim_CAF1_left   TTT-ATTGGCA-TATAAAAGGGT-TATATTTTCATAAATGGCAGA-AGTCACTTAAATTGCCAGCTTTAAGCAATAA--AAGTTAAAATAC-GGCA-G------ATAATAA
DroVir_CAF1_left   TTAAAGCAGCT-CTCAGAAC-G-AAACCTCAACCAAACGGTTTCA-ATGCTTATCAACTAGAAGCTAATAAAACGAA--GCAAGCACTGAC-GTGA-A------AAGATAA
DroYak_CAF1_left   TTT-ATTGCCG-TATAAAAGGGTAAATAATACCATAGATGGCAGA-AGACACTAGAATCAACAGCTCTAAGCCATAA--AACTTAAATTTT-GACA-G------ATAA-TA
DroAna_CAF1_left   GGG-CAGCTCGGCTGAGATG-C-GTACTAGGTCTGTGAAGTTGGC-ACCCCAAATTTCGAATTTCAAGAAAATAATA--ACTGACCATTATTGA-C-C------ATCGTTT