CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroMel_CAF1_left   CTACATGTTTATAATTGCATACT-ATTTTATATATTTTTTATGG-GGTACGGGTGCTACTATAAAAACAAAAACGAATTGGATATTACAAAAAATTACAAAAAATCCTTCGAGCCGGATT
DroSec_CAF1_left   TA-CATGTTTTTAATACCATCCTATTTT-AGATATTTCTTACCTTAAAAACTGTTAAAAAATTAATTCTAAAACTAATTGGAAATTTTACAAAATTACAAAAAATCCTTCGAGCCGGATT
DroSim_CAF1_left   TA-CATGTTTTTAATACCATCCTATTTT-AGATATTTCTTATCTTAAAAAGTGTTAAAAATTTAATTCTAAAACTAATTGGAAATTTTGCAAAATTACAAAAAATCCTTCGAGCCGGATT
DroYak_CAF1_left   AATATATAATATATATATATATT-TTGTACTGGATACGGGTCTT-AAAAAATATAAAATATTTAATTCTAATATAAAAGGAATATTAAAAAAATCGACAAAAAATCCTTCGAGCCGGATT
DroEre_CAF1_left   AAATTATTTTGCCGTACTTTTTTAAATG-AGTTGTTAGGGGTCTTAAAAATTATAAAAAATGGTTTTCTAAAATTAATTGGAAATTAAA-AAAATTCCAAAAAATCCTTCGAGCCGGATT

DroMel_CAF1_left   TGAACCAGCGACCTATGGATTTCTA-TTGCATAATTTTCCAACTACAGTCCACCGCTCTACCAACTGAGCTATCGAAGGTTGAGTTCAAACTTGGCCGTTGTTCGTTTTATGCATGCGCA
DroSec_CAF1_left   TGAACCAGCGACCTATGGATATCTATTTGCACGTTTTTCCAACTACAGTCCACCGCTCTACCAACTGAGCTATCGAAGGTTGAGTTCATACTTGGCCAATGTTCGTTTTATGCATGCGCA
DroSim_CAF1_left   TGAACCAGCGACCTATGGATATCTA-TTGCACGTTTTTCCAACTACAGTCCACCGCTCTACCAACTGAGCTATCGAAGGTTGAGTTCTTACATGGCCAATGTTCGTTTTATGCATGCGCA
DroYak_CAF1_left   TGAACCAGCGACCTATGGATTTCTA-TTGCACATTTTTCCAACTACAGTCCACCGCTCTACCAACTGAGCTATCGAAGGTTGAGTTTAGAGTCGGCCAATGCGCGTTTTCTGCATGGGCA
DroEre_CAF1_left   TGAACCAGCGACCTATGGATATCTA-TTGCACGTTT-TCCAACTACAGTCCACCGCTCTACCAACTGAGCTATCGAAGGTTAAGTTTAGCTTCGGTCAATGTGCGTTTTCTGCATGCGCA

DroMel_CAF1_left   CAAACGAAATGCACCGTATTTGGTTATTTATTTTTGATTTTTACTTATTTAGGTCAAACAAAATTGATCAACTTTCTC
DroSec_CAF1_left   CAAACGAAATGCACCATGAATGGTTATTTATTTTTGGTTTTTACTTATTTAGGTCAAACAAAATTGATCAACTTTCTC
DroSim_CAF1_left   CAAACGAAATGCACCGTGAATGGTTATTTATTTTTGCTTTTTACTTATTTATGTCAAACAAAATTGATCAACTTTCTC
DroYak_CAF1_left   CAAGCAAAATGTACTATGTTTTGGTATTTCTTTTTCTTTCGCTTACTACTTATTTGGGTGAAATAAAAGTGGTCAGCT
DroEre_CAF1_left   CAAACAAAATGTACCGTGTTTGGGTATTTATTTTTATTTCTTTTTCTTACTTATGTATTTGGGTCAAACAAAAGTGGT