CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroEre_CAF1_left   ACTTT--CTTCCAA-ACCGATCTAATTATCGAACTAAAGTCGAACTAAATCACT-ACTGTCCAGAAA-AAGTACTATTTACT----ATACCAT-ACCATATC-TGCTATTCATTTTCAAA
DroMel_CAF1_left   ATTAA--AATAATT-GTAAAAATCGAGAATAGTCACAAACTT--CGTGTTTTCA-ACTACCCTAAACGCCTGATTAAAACAG----TTATCTT-TGCATATGTACATATTTATTTACGAA
DroSec_CAF1_left   AAATA--AAATAATTGCTAAAATCAAAAATAAT--CGAACGG--CCTATTTTC--ACTACCTAAACG-CGTCATTTGAGAAGGACAAGAGTTT-TCTTT-TCCACATATTTATTTACGAA
DroSim_CAF1_left   TAAAATAAAAAAATTGCTAAAATCAAAAATAAT--CGAACGG--CCTATTTTC--ACTACCTAGACG-CTTCATTTGAGAAGGA--AGAGTTT-TCTTT-TCCACATATTTATTTACGAA
DroYak_CAF1_left   ATAGT--TGCTTCT-ACTTGTAACGGGTATAAATACAAATTA--TCATAAATAATCCATATCACATT-TTTAAAACCTTTAG----ATGGTTT-TAATTAGGTACGTATTTATTTACCAT
DroAna_CAF1_left   ATACA--GATTGTA-TTTTGAACCAAGTTCACTCA-GTATGG--TTTTTGCCT--TGGAATTAAATT-TGAAAATGTTTATATA--TATGTAAGTTGTA-GATTTTAAATGTATTTCTTA

DroEre_CAF1_left   TGTCGGGACGGCGCGAACGCCATTCCCGGCTACCAAAAATTACACGCACGAGTTATTCACATTAGGAATAATCGCAGAGGTCAACTCAGCCGAGGTGCAATGGCCAAGCCTCACTCCGGA
DroMel_CAF1_left   TGTCGGGACGGCGCGAACGCCATTCCCGGCTAACAAAAATTACACGCACGAGTTATTCACATTAGGAATAATCGCAGAGGTCAACTCAGCCGAGGTACAATGGCCAAGCCTCACTCCGGA
DroSec_CAF1_left   TGTCGGGACGGCGCGAACGCCATTCCCGGCTAACAAAAATTACACGCACGAGTTATTCACATTAGGAATAATCGCAGAGGTCAACTCAGCCGAGGTGCAATGACCAAGCCTCACTCCGGA
DroSim_CAF1_left   TGTCGGGACGGCGCGAACGCCATTCCCGGCTAACAAAAATTACACGCACGAGTTATTCACATTAGGAATAATCGCAGAGGTCAACTCAGCCGAGGTGCAATGGCCAAGCCTCACTCCGGA
DroYak_CAF1_left   TGTCGGGACGGCGCGAACGCCATTCCCGGCTACCAAAAATTACACGCACGAGTTATTCACATTAGGAATAATCGCAGAGGTCAACTCAGCCGAGGTGCAATGGCCAAGCCTCACTCCGGA
DroAna_CAF1_left   TGTCGGGACGGCGCGAACGCCATTCCCGGCTACCAAAAATTACACGCACGAGTTATTCACATTAGGAATAATCGCAGAGGTCAACCCAACCGAGGTGCAATGGCCAGGTCTCACTCCGGA

DroEre_CAF1_left   GGAACCGCCTTCATGATCACGGTTAACCTCTACGCCAGGTAAGTATGCCTTACTCAGCTTGGCAAGGAGGTTTCCATGAGGGCGCACCTAGAACTAGTTAGGAATTATAGTGCTGGATA
DroMel_CAF1_left   GGAACCGCCTTCGTGATCACGGTTAACCTCTACGCCAGGTAAGTATGCTTTGCTTAGCTCGGCATAGGAATTTCCATGAGGGCGCAACTAGAACTAGTTGGGAATTATTGTGGTGGGTA
DroSec_CAF1_left   GGAACCGCCTTCGTGATCACGGTTAACCTCTACGCCAGGTAAGTATGCTTTGCTCAGCTCAGCATAGGGGTTTCCATGAGGGTACAACTAGAACTAGTTGGGAATTATTGTGGTGGATA
DroSim_CAF1_left   GGAACCGCCTTCGTGATCACGGTTAACCTCTACGCCAGGTAAGTATGCTTTGCTCATCTCAGCATAGGGGTTTCCATGAGGGTGCAACTAGAACTAGTTGGGAATTATTGTGGATATGA
DroYak_CAF1_left   GGAACCGCCTTCGTGATCACGGTTAACCTCTACGCCAGGTAAGTATGCCTTGCTCAACTAGGCAAGGGAGTATCCATGAGGACGAACCTAAAACAAGTTGGGAATTATTTTGCTGAATA
DroAna_CAF1_left   GGAACCGCCTTCGTGATCACGGTTAACCTCTACGCCAGGTAAGTATGCTTTCTCTGGCTCTCGACAAGGGTCTTCCTGTATCTGTAGACAGAACCAGTTTGGAATTTTTATCGTATGCT