CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroEre_CAF1_left   TTG-TTGAG-TAAATATATTAAAATCGTACTTA--AATGCAATATATACATATTTTACCCTAAGTTTTTTTTTAAATAATTTA-TTTAAAA-TTTAATAAAAATATAAAACAAAAAGTTA
DroMel_CAF1_left   AAAATTAGG-GGGAAATATAAAAATTAAATTCTTTAACATCTATTACATATCCGATATACCACCGATAAGTAACGAAAAATAT-ACGCGCA-CTTATTTTAATCACAAAAAGATAATTTA
DroSim_CAF1_left   TTGCATTAA-TTAACAGAAGATTATCTATGGATTAAAATAGGAGGAAATATATTACGAGCCAAAGTTTATAAAAATTAAATTC-CTTAATA-TCTATCTTATTCACAAAAAGATAACTTA
DroYak_CAF1_left   ATCATGTACCCTAAGTTATAACTAATTATAATTTCCATTA-ATCTAATAAATGGAAAATTCAATTATTTTAATATTTGAATCCACTTAAGTGAAAATAATTCTTAAAAATAAAAAATTAA

DroEre_CAF1_left   ACCCGATCCTGCCAGGAGTCGAACCTGGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACAGGACCGATGTAAATTCGCGGAACACGACATTTTTATTAATTTAAATAAA
DroMel_CAF1_left   TCCCGATCCTGCCAGGAGTCGAACCTGGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACAGGACCGATGTTAATTAATTGAACACGATATTTTTATTTATTTAAATAAG
DroSim_CAF1_left   TCCCGATCCTGCCAGGAGTCGAACCTGGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACAGGACCGATGTTATCTTTTTGAACACAATATTTTTATTTATTTAAATAAA
DroYak_CAF1_left   ATGCGATCCTGCCAGGAGTCGAACCTGGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTTATCCATTGCGCCACAGGACCGATGTAAATACTCGGAATACAATATTTTAATTAATTTATATAGA

DroEre_CAF1_left   A-CAAAAATTTTAATTTTAAAGTTTTATATTTCCTGAGGTATAAATAGTTATAGTTTGTTTATATAGTTTAA
DroMel_CAF1_left   AACAACAACTTAAATTAAAAAGCAACATAGGCCCTTAGTTATATTTTCTATCAATTA-ATTGAATTCAATTA
DroSim_CAF1_left   AACAAAAAGTTAAATTAAAAAGCGACATAAATCCTAAGTTATATTTACTATCACTTA-ATTAAATTCAATTA
DroYak_CAF1_left   AACAAAAAGTTAAATTTAATACCATCATGTACCCTAAGTTATAACTAATTATAATTT-CCATTAATCTAATA