CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroMel_CAF1_left   TTGTTAATAGGGTAATTA-GGTATTA---TGATATGCATGATTTGAAAAAAATAACATTAGTCTAATGATCT-TAAAAATATAGGAAAATCTACATATGTGCACGTTAT------AA---
DroSec_CAF1_left   CCTGTTGTTAATTAGGTATTATGAAT---GGTATCATAAAAATAAAATTAGTCTAATGCTATTAAAATATAT-GCAAATATCTATATAAAATACAAGTGCTAAGTTAAA------AA---
DroSim_CAF1_left   CCTGTTCTTAATTAGGTATTATGCGG---GGTATCATAAAAATAAAATTAGTCTAATGCTATTAAAATATAT-GCAAATATCTATATAAAATACAAGTGATAAGTTATAAGTTATGA---
DroEre_CAF1_left   AATAAGG-----TAAGTTAATGA--------TGTG-TATTGATATGAACGATACATA--A-AACTACATTTGACT-ATTGCTAAAAT-TTGTTTTTTATTAAACTATTTTCTG-ATAGAC
DroYak_CAF1_left   TGTTATGATATGAATGATAAATATAATAACAGTTCACTTTGCCATCTGCAGACGAATCTA-TTTAAATTTTGTTT-ATTTTTATAACTATTTTCTCTTAGATAGCTTAAAGTA-GAGCA-

DroMel_CAF1_left   -GTTATAAGTTATACGGTAGGTAACGTGTTGCGTAACTTAAAAAGGGCAAAAAAGGCCAAAAATAGACGATCCTGCCAGGAGTCGAACCTGGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTT
DroSec_CAF1_left   -GTTATAAGTTATACGATA----ACGTGTTGTGTGACTTAAAAC-CGCAAAAAAGACAAAAAAGACTCGATCCTGCCAGGAGTCGAACCTGGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTT
DroSim_CAF1_left   -GTTATAAGTTATACGATA----ACGTGTTGTGTGACTTAAAAC-CGCAAAAAAG--AACTATTACTCGATCCTGCCAGGAGTCGAACCTGGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTT
DroEre_CAF1_left   AAGTAAAAGTAGTGTGATT----TTAAA-TACGCAAAATACAA-----ATAAAATATTAGTTATTTCCGATCCTGCCAGGAGTCGAACCTGGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTT
DroYak_CAF1_left   -ATAAGAGT-TGTGTGATT----TAAAA-TACGCAAAATAGAT--AAAACAAAATATTACTTATTTCCGATCCTGCCAGGAGTCGAACCTGGAATCTTCTGATCCGTAGTCAGACGCGTT

DroMel_CAF1_left   ATCCATTGCGCCACAGGACCGTTGATTCGTAATGGAAAAAACTATTTTTTATTAATTAAAATAAATAACAAATGATCTATATGAAAGAAA--AACGAATA-GGTAAAATGGATAA---AA
DroSec_CAF1_left   ATCCATTGCGCCACAGGACCGTTGAATTCTAACGGAAAAAACTACTTTTTATTAATTAAAGTAGATAACAAAAGATCTATATGAAAGAAA--AACGAAAT-CAAATCTGGAATAAATAAA
DroSim_CAF1_left   ATCCATTGCGCCACAGGACCGTTGAATTATAACGGAAAAAAATACTTTTTATTAATTAAAGTAGATAACAAAAGATCTATATGAAAGAAA--AACGAAAT-CAAATCTGGAAAAAATAAA
DroEre_CAF1_left   ATCCATTGCGCCACAGGACCGTTGAAATGTAACGGAAAAAATTTTTTTTTATTAATTTTAATCGATAACAAAAGCTATGTAAAAAAAGAAAACAATTTGTCTCGATTAATTTAAA---TA
DroYak_CAF1_left   ATCCATTGCGCCACAGGACCGTTGAAATCTCACGAAAATAACTTTTCTTCATAAATTAAAATCGATTACTTTATGTAAAAATAACCATTTGTCTCGATTA-ATTAAAATGGTTAA---CA

DroMel_CAF1_left   AACGATAAACTATGACTAATAAAAATTTAAAAAATACAA-A
DroSec_CAF1_left   ATGGATAACTAACGATTAGCTGCAGC---TAAAGGAAAC-G
DroSim_CAF1_left   ATGGATAACTAACGATTAGCTGCAGC---TAAAGGAAAC-G
DroEre_CAF1_left   GATAACTAACTAAAGATACGCTATAT---CTTACGGAAA-C
DroYak_CAF1_left   AGAGATTATCTACAAGTAAACGATTT---AAAATAAAACGA