CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroEre_CAF1_left   AAAAATGTATTTATTTATTGATCTGTATGTTGATCCAAAGGTTTATAAGAGCAAAAAGCT---CTAT--TCTCTCGAAA-TTGA-A-TTTTGTTAATTTACCGAACCATC-CTAATCGTT
DroMel_CAF1_left   AAATTTTCACTTTAATTATATTTATTTATTGGTCTATTTGTAGATCAAGAACAAAAAGGT---AAAG--CTTTATTCTT-GATG-A-AAATTTGTAATTTTTTAATTATCAATTATCGTT
DroSim_CAF1_left   TCTTTT---TAGAAATTTAAACAAAATGTATTTGTTGATCTCGTTTTAGATTCAAA-GGT---TTATAAGAGCAAGAAGCTTTTGT-TTTTGTTAAATTGTCAAACTATT-ATAATCGTT
DroAna_CAF1_left   TATCCTTAATTATAACTTTGA---CT---TCTTGGTGTTCTTTATATCGAAATATTGAGACCCTGTA--CACAAATTTTTAAATAAATAAAATAAAAATAGAAAAAGATC-TTAGCCGTT

DroEre_CAF1_left   AGTCAACACTGA--ATCCAGGGATGTCAACTCCCATATTGTCTAGTGGTTAGGATATCCGGCTCTCACCCGGAAGGCCCGGGTTCAATTCCCGGTATGGGAAATGTGGGTGCATT-----
DroMel_CAF1_left   AACCAACACTGA--ATGCAAGAATGTCATATCCCATATTGTCTAGTGGTTAGGATATCCGGCTCTCACCCGGAAGGCCCGGGTTCAATTCCCGGTATGGGAAATGTGGTTGAATTGTTTT
DroSim_CAF1_left   AACCAACACTAA--ATCAGAAAATGCCAAATCCCATATTGTCTAGTGGTTAGGATATCCGGCTCTCACCCGGAAGGCCCGGGTTCAATTCCCGGTATGGGAAATGTGGTTGAATTGCTT-
DroAna_CAF1_left   TACCAACACTAACTATCGGGGGACGTTAAGTCCCATATTGTCTAGTGGTTAGGATATCCGGCTCTCACCCGGAAGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTATGGGAAACTCTTTTT-TCA-----

DroEre_CAF1_left   ---CCT-TGTAATA--------------CAATGTAATACAAAATATAATTT-CTCTGAGTTATCTGTCGCTTATTTTATTCTTAAAATAACTAGAATCTTTGA-AATTCACTATGGAAGA
DroMel_CAF1_left   TTCTTT-TTCGAAATTATTTTAAAAATTCAATGTTGTACAAAATATAATCT-CTATGACTTATCTGTCTCATACTTT-TTCGTAAAATAAATAAAATTTGTTA-AATTGATTATGGATGA
DroSim_CAF1_left   --TTTT-TTTAAATTTATTTTAAAAATTCCATGTGATACAAAATATAAATT-CTGTGACTTATCTGTCTCTTACTTTTTTCGTAAAATAAATAGAAATTTTTA-AATTGATTATGGATGA
DroAna_CAF1_left   ---AAAAAATAATTTGCAATTAT---------------CTCAACATAGCTTTCCTAGACTTTTAAGTCTATTTTGGAGA-AAAAAATCTCACATTTATCTCGAATTGAAAATATGGGGGA

DroEre_CAF1_left   --CAGTTGTAACTCAACCGATTATATGTACAGACGAAGG-AA
DroMel_CAF1_left   --CAAAAATAAGGTATGGGATCATACGTACAGGCGAAAGAAT
DroSim_CAF1_left   --CAAAAGTAATGTATGCGATACGTACAGGCGAAAGAAT-GC
DroAna_CAF1_left   TTCAGATGATT-GGAAAAG-TGAAATGGCCTCATCGTGT-TT