CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroEre_CAF1_left   GAA-ACAACTC-AGGTTATT-TAATATTAG-GGGAACATTTTTATA-AAGATCGGTACCCA-CTATTATTGTAGATCTCTT-ATCTAAAAATAAGTATTACCGAAAATCCT-AATATC-A
DroMel_CAF1_left   GAA-GGAACTC-AGATTATT-CAAAATAAA-GGTGAAAGTATTACA-AAGATCGGTAAAAA-CTGTTATTGTAGATCTCTC-ATCTAAATATAGGGATTACCGTAACTCGT-AACAAG-C
DroSec_CAF1_left   ACTCTTATTATTAAAATAAA-GGTGAA-AG-TATCACAAAGATCGATAAAAACTGTTA-TT-GTAT-ATCTCTCATCTAAA-TATAGGGATACGTAATATCCGTAACTCGA-CACAAC-C
DroYak_CAF1_left   GAA-AAAACTC-AGGTTTTT-TAATATTAA-GGAACAACTTTTACA-AAGATCGGTATCAA-CTATTGTCGTAGATCTCTT-ATCTAAAAATAAGTAGTACCGAAACTCGA-AATAAT-A
DroAna_CAF1_left   TAT-TAAATTA--TATTTTTTTGGGCAGAAAATTAAAATTCTATGA-GAAATTTTATTAAAATTCTTTCCAA-AAATAAAAATTTAGAAAGGATATTTTTTTTAATCCTTTTGC-AACAC

DroEre_CAF1_left   TTTAT-GATAATCAAACACAACTCCCATATTGTCTAGTGGTTAGGATATCCGGCTCTCACCCGGAAGGCCCGGGTTCAATTCCCGGTATGGGAAATATGGATGCTCATTTTTTT-ATCGC
DroMel_CAF1_left   TTTAC-GATAAGCATACACAAGTCCCATATTGTCTAGTGGTTAGGATATCCGGCTCTCACCCGGAAGGCCCGGGTTCAATTCCCGGTATGGGAAATATGGTTTCAGATCTTTTT-TCAAC
DroSec_CAF1_left   TTTAC-GATAAGGAAACACAAGTCCCATATTGTCTAGTGGTTAGGATATCCGGCTCTCACCCGGAAGGCCCGGGTTCAATTCCCGGTATGGGAAATATGGTTTCAGATTATTTTTTTAAA
DroYak_CAF1_left   TTTTT-GATAAACAAACACAACTCCCATATTGTCTAGTGGTTAGGATATCCGGCTCTCACCCGGAAGGCCCGGGTTCAATTCCCGGTATGGGAAATATGAATGCACAATTTTTT-TTATC
DroAna_CAF1_left   TGTTTGAGACGCCATTTTCAAGTCCCATATTGTCTAGTGGTTAGGATATCCGGCTCTCACCCGGAAGGCCCGGGTTCGATTCCCGGTATGGGAAACCTTTTTTATAACAT-TTT------

DroEre_CAF1_left   GTATATTTTTAAATTTATACACGCATTCTTAAATAAATCCAA---TAATGCAGTT--TTTTTTA-TTTTGTGCTTTTAATATTAATGGATTTTGCAACTATCT-AAAATGGAA-ATTAAG
DroMel_CAF1_left   A-TTATTTTAAAATGAATACACATATTCTAATA-AAACTCAATGATACAGGTTTT--TGATGT--TCAGGATACTACTTCTGTA--TTCGTTATAATAATGGA-TTCTGCAAATATCTGC
DroSec_CAF1_left   A-TTATTTTAAAATTTATACACACTGTTGGGTCAT-GCAGCCGCCAAAACTG-TGCAGTAG--ACTAAT-CTTATATTCTTTAATATTATAAGCCAA-ATTA--GTCAGTGGTAGCAGTT
DroYak_CAF1_left   G-GTATTTTAAAATTTATACACGCAATTTAAAAACCAAATAG---TACAGGATTT--TGATGT--TCAGGATAATACTTTTGTGCTTTTAAATAATTTGATTTTGCAAATATC-TTAAAT
DroAna_CAF1_left   ---AAATTAATAATGAAGTTAG-AAATTATGGTAAATA--A-----TGTTTATAA--GATTCGGTACAT-TTAAATTTAAATT-AAAATCCATTCAA-AATA--TTCATTTCAGATATAG

DroEre_CAF1_left   TTTTAA
DroMel_CAF1_left   ATGTTA
DroSec_CAF1_left   GCGATG
DroYak_CAF1_left   CGAAAT
DroAna_CAF1_left   TTTTAA