CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA DroMel_CAF1_left GATAAATATTAGGGTCACGTCATCGAT--GTTAAAAGCTATGCATGCAAATTA-ATTA-ATATTTAAAATAAACTTAATCTTATTGCTTTTCTTCGTT-TCTGAGACTGATATAAATTAG DroSec_CAF1_left TGTAAATTTAAGGGTCACCGCATCAAT--GTTTAAGGATATGCATGCAAATTT-ATTA-ATATTTAAAATAAACTTAATCTTATTGTATTTGTTTGTT-TCTGAAAGTGATATAAATTAG DroSim_CAF1_left TGTAAATATAAGGGTCACCGCATCGAT--GTTTAAAGCTATGCATGCACATTT-ATTA-ATATTTAAAATAAACTTAATCTTATTGTATTTGTTTGTT-TCTGAAACTGATATAAATTAG DroYak_CAF1_left TATTAAGGTCACTTTTATATTAA--GCCTTTGCTTA--TGCTTATGCAAATTAGATAA-TGTTTCAAAATAAACTTGATTATATTGTTTTGGTTTGTTTTCCAAAACTGATAAAGACTAG DroEre_CAF1_left CACTT--TTAAGTTACTTCTTTTTTAT--GTTTAAAGATGCGCATACAAATTA-GAAAACATATTCAAATAAACTTTATCATATCGTTTTAGTTTGTTGTCTAAAATTTATATAGACTAG DroMel_CAF1_left TGTGGTC-TGCGTTTCACAACTGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTTCCGCTTAGGGTGCGGGAGGTCCCGGGTTCAAATCCCGGACGAGCCCAAG-GAA-ACCAATATTTTGTA-CTT DroSec_CAF1_left TGTGGTATTTTGACTTCCAACTGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTTCCGCTTAGGGTGCGGGAGGTTCCGGGTTCAAATCCCGGACGAGCCCAAGGAAA-TTAG-TATTTTGCAGCGT DroSim_CAF1_left TGTGGTCTTTCGATTTTCAACTGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTTCCGCTTAGGGTGCGGGAGGTCCCGGGTTCAAATCCCGGACGAGCCCAAGGAAA-TTAA-TATTTTGCAGCGT DroYak_CAF1_left TTTTGCC-TCTGATTTTCAACTGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTTCCGCTTAGGGTGCGGGAGGTCCCGGGTTCAAATCCCGGACGAGCCCAAGGAAA-TAAA-TATTTTTTAGCGT DroEre_CAF1_left TTTTGCC-TGCGATTTCCAACCGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTTCCGCTTAGGGTGCGGGAGGTCCCGGGTTCAAATCCCGGACGAGCCCAAG-AAGAATAC-AATTTTTTG-AAG DroMel_CAF1_left A--ATATAAATGAATGGATTAACTAGTTTT-TT---ATATCATATCAG---AA--TAT-CAGCATATTA-TAAGTTTCAAAATGTATGAAAGGGATGCATA DroSec_CAF1_left AATATATCA--GCCTATTAATAGTATTCAA-AATATATGTA---TTAC---GAAGAAA-AGTTATAATT-TATAATTTAATCAGAACCAAATGAATT---T DroSim_CAF1_left AATATATCA--GCCTATTAATAGTT-TCAT-AATATATGTA---TTAC---GAAGAAA-AGTTATAATT-TATCAATTAATCAGATCTAAATGAATT--TA DroYak_CAF1_left AATATATTT--TACAATAAAAGCTTACTATTTGTTCATAAT---TTAT---GAAAGA--ATACATTAAT--GTGTATTTGCTATAAAGAATAATATA--TA DroEre_CAF1_left TG--TAGTTGTTATTTTAAAGCACAATAG-CAG---CTTTC---TATTTTTTT--CATAATTCATGAAAGCATTTTAATTTTAATTAATTAAGAAGT--AA