CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroEre_CAF1_left   TTTAAGTAACAAAACTTTCG-CTTTTTAACTTAGGACCATATGCATATCA--CGTTTTGGACAGCATTAAACTCGAAATCGAATTTCGAACTTTGCATTTATAAAAAGTAC-TTTCGCGG
DroMel_CAF1_left   TTTAAATAAGAAAACTTTCG-CTTTTTAACTTAAGACCACATGCATATCA--CGTTTTATATAGTATTTAACTCGAAATCGAATTTCGAACATTCCATTTATAAAAAGTAC-TTTCGCGG
DroSec_CAF1_left   TTTAAATAAGAAAACTTTCG-CTTTTTAACTTAAGACCACATGCATATCA--CGTTTGATACAGTATTAAACTCGAAATCGAATTTCGAACATTCCGTTTATAAAAAGTAC-TTTCGCGG
DroSim_CAF1_left   TTTAAATAAGAAAACTTTCG-CTTTTCAACTTAAGACCACATGCATATCA--CGTTTGATACAGTATTAAATTCGAAATCGAATTTCGAACATTCCGTTTATAAAAAGTAC-TTTCGCGG
DroYak_CAF1_left   TAACAAAACTTTCGCTTTTTAACTTAAGACCACCAAACGT-TGCATATCA--CGTTTTGGGCACAATTAAACTCGAAATCGAATTTCGAACATTCCATTTATAAAAAGTAC-TTTCGCGG
DroVir_CAF1_left   TATTGTGAACGGGTTTTTCG-CTAAACAAACAATAATT---TACATAATAAATTCAACAACCAGCACAACGCACAA-CTTGAAAGCCAAAATCGCTGCAATGATCTAGCAAATTATGCGA

DroEre_CAF1_left   CCGATGTTCAACTGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTTCCGCTTAGGGTGCGGGAGGTCCCGGGTTCAAATCCCGGACGAGCCCAAATGCTGTTCGTATTTTACAACTTTTTATTT-AT
DroMel_CAF1_left   CCGTCGTTCAACTGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTTCCGCTTAGGGTGCGGGAGGTCCCGGGTTCAAATCCCGGACGAGCCCAAGTGCAGTATATATTTTACCAAGTTTTATTTTAC
DroSec_CAF1_left   CCGATGGTCAACTGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTTCCGCTTAGGGTGCGGGAGGTCCCGGGTTCAAATCCCGGACGAGCCCAAGTACAGTAAATATTTTACAGTTTTATTTTACCT
DroSim_CAF1_left   CAGATGGTCAACTGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTTCCGCTTAGGGTGCGGGAGGTCCCGGGTTCAAATCCCGGACGAGCCCAAGTACAGTAAATATTTTACAAAGTTTTATTTTAC
DroYak_CAF1_left   GCGACGTTCAACTGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTTCCGCTTAGGGTGCGGGAGGTCCCGGGTTCAAATCCCGGACGAGCCCAAGTGCAGTACATATTTTGCAAGTGTTTAGTTTAC
DroVir_CAF1_left   GCTTTGTTCAACTGGCTCGTTGGTCTAGGGGTATGATTTCCGCTTAGGGTGCGGGAGGTCCCGGGTTCAAATCCCGGACGAGCCCAAGTTGTGAATACTTTTTTTTAAAATGTTTATTAA

DroEre_CAF1_left   TTATGTTTTGATTACCTTGTTTAATTAAA-AT-TGTGTGATCATTAATC-TGTTTGGTTTTTAAATAGGTATTTAAGTACGCGCAG
DroMel_CAF1_left   CTATATTTGGACTACATTGATTGATTTAA-ATCCTTGTGATCATATTTA-AGCGTGACTTCTACCCTGGCATTATTTCT--TATAA
DroSec_CAF1_left   ATATATTTGGACTACCTTGTTTGATTAAA-ATCGTTGTGATCATATTTA-AGTGTGATTTCTAGCCTGGCATTTATGTC--TTTTA
DroSim_CAF1_left   ATATATTTGGACTACCTTGTTTGATTAAA-ATCGTTGTGATCATATTTA-AGTGTCATTTCTAGCCTGTCAGTTATGTC--TTTTA
DroYak_CAF1_left   TTGTATTTTGATTACCTATTAAATTTTAA-ATTGCTGTGATCATTATTC-AGTTTGATTTTTAGCTAAGTATTTATGTA--GGTGT
DroVir_CAF1_left   TAATATGCTGCAAATGTTTGCTACCTAATCAAATTAAATAGGAGTTTTATACGCTTTTAGAATATATATTCTAGATCAA--CATCA