CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroAna_CAF1_left   -AATTTATT-TTTAAAATAAAGCTTG-ACATT-TCAAACCCT------GA--TA-TA---TTACTACTCT-TTTAAAAATATTAATAAAT-----CA-ATCCTACA-T-------TTATT
DroEre_CAF1_left   -GTTA--TCAACTAATTGTAAATGTA-ACTCG-TTACGAGTA------TT--TC-GAT--GTAAAGTTC---GAA-----TGCAATACTATTCTTCA-ATTATATA-A-------AAAAA
DroMel_CAF1_left   -TATCAATAAT-TATAT----GCACGAAAATT------GAATTTTGGACT--TAAATTCAAATGCAGTT--GTAA-----AAACATTTTTTTAAAT-TATATAAAT-A-------AATTC
DroMoj_CAF1_left   -TACAAAACAATTTCCATCATAGGCA-ACAAA-ATGATCAAA------TT--TA-TTT--TATTTTTTTTACTAT-----ATTTCTGATTATTAAAA-AAAAATAA-AAATATTATATCA
DroSec_CAF1_left   ATGCACGAAAA-CTTAATTTTGGGCTTAAATT--AAAATGCGATTATGTA--ATAATT--TTTTTTAAT--TATA-----TAAATAAATGTATAATA-AAATTTTA-A-------AATAA
DroSim_CAF1_left   -TGCACGAAAA-TTGAATTTTGTGCTTAAATT--CAAATGCAATTATGTA--ATAATT--TTTTTTAAT--TATA-----TAAATAAATGTATAATACAAATTTTA-A-------AATAA
DroVir_CAF1_left   -TTAATTAAATGTATGTTTTCATGCGTTTTTA--AACTTACATGTAGTCA--ACAAATATTAAAAAAAA--AAAG-----TTAAAATTAACTTTTTA-GAAAATAA-A-------AACAA
DroYak_CAF1_left   -GCTT-CCCTAGGAAGTGCATATGCACTTATAATAACATAAA------AT--TC-TA---ATTTAATAATATTAT-----AATACCTTCAAATATAT-AATAAATA-A-------TTCAA
DroGri_CAF1_left   -ATTAATTTCC-ATTTCGATTTAAATATATAT--ATTTCTTAAGAAT-ATGCAGTTTT--ATTTTTAAT--TTAG-----TTGTTAACAAAAATATTCAAAATAAATA-------GATAA

DroAna_CAF1_left   -TTAAGAA-----AAA-AACGTAATTTAAGGTTCTACCGAGATTTGAACTCGGATCGCTGGATTCAAAGTCCAGAGTGCTAACCATTACACCATAGAACCTCTTAA--ATTTCCTCTTCC
DroEre_CAF1_left   -TCCAAAATGCAATAG-ATGT------TAGGTTCTACCGAGATTTGAACTCGGATCGCTGGATTCAAAGTCCAGAGTGCTAACCATTACACCATAGAACCTCTAAAATTTTTTTG--TCC
DroMel_CAF1_left   -AAAATAA-----AATAGGAAAGATGCAAGGTTCTACCGAGATTTGAACTCGGATCGCTGGATTCAAAGTCCAGAGTGCTAACCATTACACCATAGAACCTCTAAC--AATTCTTTGTCC
DroMoj_CAF1_left   -TCAAAAA----GAGT-TTTGAATCAACAGGTTCTACCGAGATTTGAACTCGGATCGCTGGATTCAAAGTCCAGAGTGCTAACCATTACACCATAGAACCGCACA--CTTCGCCC--ACG
DroSec_CAF1_left   -AATATGA-----AAG-ATGCTAATGCTAGGTTCTACCGAGACTTGAACTCGGATCGCTGGATTCAAAGTCCAGAGTGCTAACCATTACACCATAGAACCTCTAAT--AATTCTTTGTCC
DroSim_CAF1_left   -AATATGA-----AAG-ATGCTATTGCTAGGTTCTACCGAGATTTGAACTCGGATCGCTGGATTCAAAGTCCAGAGTGCTAACCATTACACCATAGAACCTCTAAT--AATTCTTTGTCC
DroVir_CAF1_left   TCGAAAAA-----AGA-ATATTACCGACAGGTTCTACCGAGATTTGAACTCGGATCGCTGGATTCAAAGTCCAGAGTGCTAACCATTACACCATAGAACCGCTCGT--A---TCTTGCCT
DroYak_CAF1_left   -AATAAAAT----AGA-GAAGAT--ATTAGGTTCTACCGAGATTTGAACTCGGATCGCTGGATTCAAAGTCCAGAGTGCTAACCATTACACCATAGAACCTCTAAA--AATACACCGTCA
DroGri_CAF1_left   AGTAA-AA-----AGT-AAATGAACAACAGGTTCTACCGAGATTTGAACTCGGATCGCTGGATTCAAAGTCCAGAGTGCTAACCATTACACCATAGAACCTCACAT--TTTTCGC--CCG

DroAna_CAF1_left   GAATTACCCACCAAGAGGTTCA--ACCAAAAA-ACGATCGT---TTCAATTCGTTTTCAGT--TTCAGTCTTATT------GTAAGAACCAGA--ATCTTA-TCAGTTGAGTGT--GAAT
DroEre_CAF1_left   AAATAGGCTTATAAAAATCATA--CAATGGAA-ATATTTAA---AA-AAATCGGAAATCGT--GGCTCGAAAAAC------ATTTGTTATCAG--TTTAATGTAATCTGAAACG--GGCT
DroMel_CAF1_left   AAATAAGCCTATAAAAATCATATAATG--GAAACAT-GTTA---AA-CAAAAA--GTTGTTAAAATTCGTGCTTC------GAA--AAACGATGGTTATCAGTTTAATGTAATC--TGAA
DroMoj_CAF1_left   ATTTAGGCAACAAACAAATGCA--GACGCTAT-GCTCAGGG---CG-AGGCCGTTAACTCA--GCAGCATTAACA------CGACTCAAATCA--AACATTTTTAATGA-AGAA--AAAG
DroSec_CAF1_left   AATTAAGCCTATAAAAACAATA--TATATATA-ATATATTG---AA-AACATGTTAAACAC--AAATTGTTGTTA------AAATTTGTGCTT--CGAAAAACATTTGTTATCA--GTTT
DroSim_CAF1_left   AAATAAGCCTATAAAAATAATA--TATATATA-ATATATTG---GA-AACATGTTAAACAC--AAATTGTTGTTT------AAATTCGTGCTT--CGAAAAATATTTGTTATCA--GTTT
DroVir_CAF1_left   GAATTTAGCAACAAACAAAAGC--AAA-CACA-TTTGCTTGATGAA-AGCGTTCGATTAAG--AGCATTTTCAAG-------ACGTTTTTAAT--GGTTAAATAAATGTTTGGA--AAAA
DroYak_CAF1_left   AAATAGGCTTATAAAAACCTAA--AATT-AAA-A-----TG---TA-TTAAACAAAA--AT--TGTTTAAGATCTTTAAACATTTGTTATCAG--TATAATGTAATCTGAAACGGGCCAG
DroGri_CAF1_left   AATTCAGCAACAAATATTTACG--AACACATC-TATGCTTG---GCAACTTTTACATCAGT---TTCACAGCATT------TCATGAGGTCAA--TAACATTTTAAT-AATCAA--ACAA

DroAna_CAF1_left   GAGTTC
DroEre_CAF1_left   TGGGTC
DroMel_CAF1_left   ACGGGC
DroMoj_CAF1_left   AAAAAA
DroSec_CAF1_left   TATGTA
DroSim_CAF1_left   AATGTA
DroVir_CAF1_left   AC-CGC
DroYak_CAF1_left   GGTCAA
DroGri_CAF1_left   ATGTTT