CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroEre_CAF1_left   TTTCTATACAGTTTTTTAATGATCTTTTGAACAAAAATA-TA-ACTTTGATATTTTGTACGACATTGA-TGCGTGTTTTCGAATGGTTTTGATGAGTTTAGACGCTCATTCTTCACAGCC
DroMel_CAF1_left   ACATATTGTGTAT-TATATTTCCTTTTGGCTTAAAATGTAACTCTAAGATTGTTGAAATAATTTTAG--TGCGAGTTCTCGATTATTTTTGTTGAGTTTAGACACTTGCCTGACACAGCC
DroSim_CAF1_left   ATTTGACTTGAAA-TAATTGTAGTGCAATTTATAAAAAT-AT-AACTATTTAACTTGAAATAATTTTAGTGCGAGTTCTCGATTATTTTTATTGAGCTTAGACGCTCGCCTCACATAGCC
DroYak_CAF1_left   ATACAATTTTTAA-AATGATCTTTTGGACAAAAATATAA-CC-AGACGTGTTGTTATGAAGACGTTTTCCTCTTGTTCTCGAAAGGTTTTCTTGAGTTTAGACACTATTCTTGCACAGCC
DroSec_CAF1_left   ATATTTTCTTCTT-AACAACGGGGGTCATTTAGGCCCCAAACTTCTTA--AAAGTTTATTAAAACCATTTTCGTCTCCGCAAATAGGCCCCCCGAGTTGGGCCCCTTCAATAACCCGGCC

DroEre_CAF1_left   CGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGATGCTTT----TTT-GTTTACT-TTTAAATAGC-GTGCCT-TAGTG--TT
DroMel_CAF1_left   CGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGAATTATTTTTTAGT-TCACACA-GAAGCTCAGGGATTTTGCAATTG-T-T
DroSim_CAF1_left   CGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGAATTATA----TTTTATTTCAATTAAATAATT----TTTT-TATATGC--
DroYak_CAF1_left   CGGCTAGCTCAGTCGGTAGAGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTGGGCGAAACTTT----TTTTTTGTATACTTTACGTTTT-AATTAA-CGGTTTAAG
DroSec_CAF1_left   CGGTTAGCTCAGTGGGTAGGGCATGAGACTCTTAATCTCAGGGTCGTGGGTTCGAGCCCCACGTTAGGCGTTTTACT----TTTTTGGTAAT-TATTCTATCC-----TT-TAAAAAATA

DroEre_CAF1_left   CAAACTCCG-AGACTCCATTGTTTTCGTATTGATG---ATTTC-----TAGGAGT--ATGCCAGTCTCAA-AATTAAGAATTA-CATA---TTT
DroMel_CAF1_left   CTT-GCTTAACAT-A--TTTTA--AAAATATAAGTTAGATATT-----TTCATGT--TCATA-TATT-TCAAAGGT-ACGCCAGC---CAAATA
DroSim_CAF1_left   CCTGAGGCC-TGA----TAACA--GTAAATGGCTT---TGTTAAATCTAAATAAG--AAAATGG----ATGTCT-TAAAGAATTCTT---CTTA
DroYak_CAF1_left   CAAAGACAT-TAAAAGATTAATTAGAATTATTCTA---ATTAG-----AATTATTCTAATGTCTTTGGTT-TAAGTTTTTAAA-CAACTCCACC
DroSec_CAF1_left   TAAA--TTT-TTC----GCCCA--TGTTAATATTA---AATGTAAATAAATAAAT--CCTTCAT----ATGTTCACATGAAAATAT--TTAACA