CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroMel_CAF1_left   ATAGAG-ATTTATTCGATCAA-TTCATTTTATG--CTTATATTTTTCTATTTATTTAGCATGCTATCTTAATATTTAAAGTCGTATATTAACCTCTGATTTCGGAGTCGAATGCACCTAT
DroSec_CAF1_left   TATAAATTATAATAATAGCAC-AGCAG-ATTTG--CTTATATTATTCGATTTAGTTAGCATGCTATCTTAAAATTCAACGTTGTATATTAACCTTTGATTTCAGAGTCGAATGCACCTAT
DroSim_CAF1_left   TATAATTTATAATAATAGCAC-AGCAG-ATTTG--CTTATATAATTCGATTTAGTTAGCATGCTATCTTAAAATTCAAAGTTGTATATTAACCTTTGATTTTAGAGTCGAATGCACCTAT
DroYak_CAF1_left   TCAATG-TAGACAATTCTGA--AGTTA-AATTGTGTAGTTCGTATTGGATTTATTTAACGTGCTATCTTAAAATTCATAGTTGTATATTTACCTGTGATTTCGGAGACGAATGCACCTAT
DroEre_CAF1_left   TTGTATCGATA-GTACAGCAGGATTT-CTTCTA--TTGTTCGTATTGGATTTAGTTAGCGTGCTATCTTGAAATTCTTAGTTGTATATTTACCTGTGATTTCAGATTCGAATGCACCTAT

DroMel_CAF1_left   CTTATCAGTATTATCAATGATATTTGTGATTTATACTTAGATTTAATTAATTTAAAATCACAAATAGGCAGTGGGATTTTCAATTGACTCCGTGGCGCAACGGTAGCGCGTCTGACTCCA
DroSec_CAF1_left   CTTATCAGTTTTTCCAATGATATTTGTGATTTATACTTAGATTTAAGTAATTTAAAATCACAAATAGCCAG------------TTGACTCCGTGGCGCAACGGTAGCGCGTCTGACTCCA
DroSim_CAF1_left   CTTATCAGTTTTTCGAATGATATTTGTGATTTATACTTAGATTTTAGTAATTTAAAATCACAAATAGCCAGTGGGATTCTCAATTGACTCCGTGGCGCAACGGTAGCGCGTCTGACTCCA
DroYak_CAF1_left   CTTATCAGTATTTCTAATAATATTTTTGATTTATACTCAAACTCAAACCATTTAAAATCGGATATAGGCGGTGCAATTCTCAATTGACTCCGTGGCGCAACGGTAGCGCGTCTGACTCCA
DroEre_CAF1_left   CTTATCAGTATTTCTAATAATATTTTTGAACTATACTTGGATGTAACTAATTTAAAATCACGTATAGGCAGTGGAATCTTCAATTGACTCCGTGGCGCAACGGTAGCGCGTCTGACTCCA

DroMel_CAF1_left   GATCAGAAGGTTGCGTGTTCAAATCACGTCGGGGTCAGAGGTAACATATTTTGCACTCTAAATATTCTGTTTAAAAATCATATT
DroSec_CAF1_left   GATCAGAAGGTTGCGTGTTCAAATCACGTCGGGGTCAGAGTTCATGTATTTTGCACTCCTCTAAGAAAATATCTAAAGATTTTT
DroSim_CAF1_left   GATCAGAAGGTTGCGTGTTCAAATCACGTCGGGGTCAGAGGTCGCATATTTTGCAAGATTTTGTGCAACTCATATATTGAAAAT
DroYak_CAF1_left   GATCAGAAGGTTGCGTGTTCAAATCACGTCGGGGTCAAANNNNNNNNNNTATATGACTTTTGACCCCGACGTGATTTGAACACG
DroEre_CAF1_left   GATCAGAAGGTTGCGTGTTCAAATCACGTCGGGGTCAAAAAGTTGATCATTTTTTGTAGAAACGCATAGCATAGGAATATGAAT