CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA DroMoj_CAF1_left -------CGGGA-GATGTG-CA-ATATG-CTGAATAAATTGATTTCAA--TAATTCATATTGTCACAAATACCGTCCT-GCAAACGCAGCTGAAAATTT--GAC-ATTTTTC-GTTTTTT DroVir_CAF1_left TTTAGGCCGGGA-GATGTG-CA-ATATG-CTAAACAAATTGA-TTTAA--CTGCACATATTGTCACAAATACCGTCCT-TAAAATGGTCATGCGGACGCACTAG-TTTTTCCAGCTTTAA DroAna_CAF1_left G-------TGCA-ATACGA-TT-CAAAA-TACG--CATTGCAACCTTC--CGCGACCTACAA---ATAAAATCGAAGTTCTAAACAC---TTTTTA-GC--TCC-TGAAAAC-TTTTCGG DroEre_CAF1_left T-------AACA-AGGAAATAT-TGACG--CAGATACCGTCCGAAAAACTATCTAG--GGTT---A-GGGGTTTCAAC--TGTTTTTA-CCGCCTA-TA--ACAGTATTAGT-TTTTATT DroMel_CAF1_left A-------CCGTCCGAAAAATGATCTAGAAATT--TCG---ATTTTTC--ACCGTCTTGCCG---C-CTATTGCAAGG-AGTTTAAAA-ACACAAC-AA--AAC-TAATTAC-TTTGCTC DroSec_CAF1_left A-------AAAG-AAAACATTG-ACTCA--TATACCGTCCGAAAAATT--ATCTAGAAATTT---C-CAGTCTTGCCG-CCTATTGCAA-GGAAAA-AA--AAC-TAATTAC-TTTGCTC DroSim_CAF1_left A-------TATT-GACTCATAT-ACCGT--CCGAAAAATGATCTAGAA--ATTTCGATTTTT---CACTGTCTTGCCG-CCTATTGCAA-GGAAA--AA--AAC-TAATTAC-TTTGCTC DroYak_CAF1_left G-------TGCA-ATATATTCTAACAAG---GAAATATTGACGCAGAT--ACCGTCCGCAAA---ACTATCTAGAAAG-TGAGATATTTTTAAA---CT--GTT-TTTTAAT-GCGTTGT DroMoj_CAF1_left C-TTTTGAAA-CTTACTTGGGAATATGATAGCAAA-------G-AAG-CTTAAATTGCAGACTACACAT--TATAATATCTGCGAATTAAGACGTGTTAAATATTTT--ATCCTTTTTCC DroVir_CAF1_left C-TTTTCATG-GCGGGAATTGAACAACACTAGACACGGCCTGAAAAATAT-AGCTTGCACA-TATTAAT--TGAATTGTGCGCAATCTTGTG-TTTTAAATGGAATC--TCAATTTTTCC DroAna_CAF1_left T-TATAGCCGCTTAGATCCACTATATTTCGG-----------CCGTCTCAAGTGCAATACT-TGTATAA--AAAACCAAGAGTTGCACTAGA-GACGCA-CCGGAAAATTGTAGATGTTT DroEre_CAF1_left T-AAAATGT--TTTGTTTAAAAGTAATCCGG-----------CCGTCTCAAGTGCAATACT-AGCTTAAAAAAAATGCAGAATTGCTCCTGG-TACGAA-CCGAAGCGCTTCAAACTTAA DroMel_CAF1_left ATAAAATGA--TTCGTTTTAAAGTAATCAGG-----------CCGTCTCAAGTGCAATACT-AGTTAA---AAAATGCAGAATTGCCCTTGT-GACGAA-CCAAATCGCTTCAAACTTAA DroSec_CAF1_left A-ATGATGA--TTCTTTTTAAAGTAATTCGG-----------CCGTCTCAAGTGCAATACA-AGTTTA---AAAATGCAGAATTGCCCTTGT-GACGAA-CCAAAACGCTTTAAACTTAA DroSim_CAF1_left A-ATGATGA--TTCTTTTTAAAGTAATTCGG-----------CCGTCTCAAGTGCAATACA-AGTTTA---AAAATGCAGAATTGCCCTTGT-GACGAA-CCAAAACGCTTTAAACTTAA DroYak_CAF1_left T-TAAATGA--TTCGTTTAAAAGTAATCCGG-----------CCGTCTCAAGTGCAATACT-AGCTTTA--ATAGTGCAGAATTGCTCCTGG-GACGAA-CCGAAGCGCTTCAAACGCAA DroMoj_CAF1_left GGCC-G-TGAAAA----GTGCAATACTT-GTAAAAT------AAAAAGAATTGACACAATTCA----CAA-------CCGGAAAACGAATGCAAAAAAGCTTG--GCT--------AAA DroVir_CAF1_left GGCC-G-TGAAAA----GTGCAATACTT-GT-AAAAATAAAAAAAAAGAATTGACACTGACCA----CAG-------CCGA-----AAAACTAGCGATACTTT--TGA---------CA DroAna_CAF1_left TTTT---TAAAAAGCACAAACACTATTATTT-ATTTTT------TATTAAATTGAAGAGGTCTGTCGCAAGCGTTTCCAGGCTGG-GGAATGTGCAATACTGATCCTAA-------AAT DroEre_CAF1_left TTCA---CATAAT----CAATTATATAAATA-TGGTAA------TTTTTA---ATATTTGGCAAATGCAAACACTTTCAGGCTGG-GGAATGTGCAATACTCAATGTTAAAATCACAGT DroMel_CAF1_left TTCA---CATTTC-------TAATAATTTAA-AAATGC------TAATTGTTAGTATAAGGCAGTTGCTAACATTTTCGGGCTGT-GAAAAGTGCAATACTCAATGTTAAAAAAACAGT DroSec_CAF1_left TTCC---CATTAT----TTATAATAATTTAA-AAATTT------AAATTGTTAGTATTAGGCAGTTGCTAACATTTTAAGGCTGT-GAAAAGTGCAATACTCAATTAAAAAAA---AAC DroSim_CAF1_left TTCA---CATTAT----TTATAATAATTTAA-AAATTT------AAATTGTTAGTATTAGGCAGTTGCTAACATTTTAAGGCTGT-GAAAAGTGCAATACTCAATTTAAAAAA---AAC DroYak_CAF1_left TTTGTAACTTTAT----TTATAATAATATAA-ATATGG------TAATTGTTATTAGTTGGCAGTTACTAACACTTTCAGGCTGG-GGAATGTGCAATACTTAATGCTAA------AAT