CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroMel_CAF1_left   GCTTAATAATTTTCCAATT--AG-TAA-AAAATCAATTGC--CGAAAGTGGAGCTCAAAAAATGTTTATTAATTGTATAT-TAATT---TTGAATTAAAATAAAAAACATCGCCCAACGT
DroPer_CAF1_left   CTGGAGCGTTTA--AGCTTTAGG-GCA-AAGGTCACAGAC--TATAATTAGGAAACATTCGAAAGGAAAAACGTGAAAAT-AAGAG---GGAAACAAAAACAAAAAGCTGGGCCCAACGT
DroPse_CAF1_left   CTGGAGCGTTTA--AGCCTTAGG-GCA-AAGGTCACAGAC--TATAATTAGGAAACATTCGAAAGGAAAAACGTGAAAAT-AAGAG---GGAAACAAAAACAAAAAGCTGCGCCCAACGT
DroSec_CAF1_left   TTTCCCAACTAT--TTGTAAATTAGTAAAATATCAATTGC--TGAAAGTGGATCTCAAAAAATGTTTATTAATTGTATATTAATTT---GGAATCATA---AAAAAGCATCGCCCAACGT
DroSim_CAF1_left   TTTCCCAACTAT--TTGTAAATTAGTAAAAGATCAATTGC--TGAAAGTGGAGCTCAAAAAATGTTTATTAATTGTATATTAATTT---GGAATCATA---AAAAAGCATCGCCCAACGT
DroYak_CAF1_left   ATATATTTTTTA--TAATTTATA-AAT-TAAT--AAATATAAAATCAATTTAAAAGC--GTAGATCTAGAAATAATCTAT-TTATTTTAATAGA-TAAAAAAAAATGCATCGCCCAACGT
DroAna_CAF1_left   ATATAAAGCGAA--GCATTAATT-GAA-ATGCAAAAATAA--AACAATAAGAACAGAGCAACAAAAAAAAAAAAAAAATA-AATAA---AAAAAAGCAAAAAATTATGATCGCCCAACGT

DroMel_CAF1_left   GGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGCATGTGTTCTTG------ACATCTGACTGTCAAAATCATCGAAATCGTAATAGTTTTA
DroPer_CAF1_left   GGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGCACCTGAGAACGGTGAAATCCAATGGCTAGCAAGGAGATAAGAACCTTATGTACTACC
DroPse_CAF1_left   GGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGCACCTGAGAACGGTGAAATCCAATGGCTAGCAAGGAGATAAGAACCTTATGTACTACC
DroSec_CAF1_left   GGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGCATGTGTAATTG------GCCACGGACTCTCAAAATCATCGAAATCCTAATAGTTTTG
DroSim_CAF1_left   GGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGCATGTGTACTTG------GCCACGGACTCTCAAAATCATCGAAATCCTAATAGTTTTG
DroYak_CAF1_left   GGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGCATGTGAAAATG------GTCGCTGGCTATCAAAACGATCGAAAACTGAATAATTTTA
DroAna_CAF1_left   GGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGCATGTGGAAAGGGGGGTGCCAGGAGGCCCCCAAGACGATTCTAGCCCCAATTGGGTGC

DroMel_CAF1_left   AATTTAAACTTATA-CTATAAGCTTAAAGAAT-AATGGTGGT-ATAAAAACC---CTGTGGTGCTAAAAACAAGACGAAAGCGTATTGACTAGTCC
DroPer_CAF1_left   ATAT-GTACTATACATAATTATATGCATCAAC-ATTTGATTC-TCGATAGAA-GACAGGAAAACTCTTCTA--CGCATTAAATTATGCTATGTTAT
DroPse_CAF1_left   ATAT-GTACTATACATAATTATATGCATCAAC-ATTTGATTC-TCGATAGAA-GACAGGAAAACTCTTCTA--CGCATTAAATTATGCTATGTTAT
DroSec_CAF1_left   AATTTAAACTTATA-CGATAAAGTCTGGTCAA-GTTAAAAAC-ACATTTGCA-TTTAGATTAAGATCAAAC--CAGATTATCCCTTACATGCAGTT
DroSim_CAF1_left   AATTTTAACTTATA-CGATAAAGTCTGGTCAA-GATAAAAAC-ACATTTGCA-TTTAGATTAAGATCAAAC--CAGATTATCCCTTACATGCAGTT
DroYak_CAF1_left   GAATTAAACCTATA-AAATAAGTTTATGAAAG-TATTGGTTC-TACAACATA---TAAAACATTTTCAGTCAAAAATAAGATCAAATGATATTGTC
DroAna_CAF1_left   --TT-TTCAAAGAAAAAAGCATAGAATTCTATTAAAAGCACGAGCGAG-CATAGAAT-TTTATTAACAATTA-AAAAGTAAACATGCCTGTGTGGA