CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroAna_CAF1_left   GCAGCAGCG-GATGCGGCT-GGCAGATGC--AGCAT-AGAACTAACTA---GATGCT-GCAGAGCTGCACCTGCCCGACAGATGGGTTTTAATC-TATTTTAAATGTATGTAACGG-TAA
DroEre_CAF1_left   ATGCGGCTG-GATGCGGCT-GGCAGCTGC--AGCAA-ATGATGCTGCA---TAGAAC-TAACCCGTTCACCTGCGACGATTTTTAATCTATTTT-AAATGTGATACGAGACCATGG-TAA
DroGri_CAF1_left   GAGGTGAAG-G--G----T-GGCTGCTGC--TGCAT-CAGGTGCAGCA---AATGAACTGGCATGGATAA-AACAAAAACTAAAACCAAAATGT-TCAATCTATTTGAAATGTGGTCTGA
DroMel_CAF1_left   AAGTGGCAG-GATGCGGCT-GGCAGCTGC--AGCAA-ATGATGCTGCA---TAGAAC-TAACCCGTTCACCTGCGACAATTTTTAATCTATTTT-AAATGTGATACGAGACCATGG-TAA
DroPer_CAF1_left   TGCAGCAAATGATTCTGCA-TAGAACTAG--CCCTC-TTGCTCCCTTC---CTGCCG-GCAATCCAGCAGTCCCACCTG-CGGCGACTTTTAAT-CTATTTTAAATG-TGCAACGG-TAA
DroPse_CAF1_left   CGCTCTCTC-ATATTTTCATCTGCCCCTC--AGCGC-ATTAACCAACA---GTTTTT-CATTTACTTCTCTTGTTCGCA-GGTCGACTTTTAAT-CTATTTTAAATG-TGCAACGG-TAA
DroSec_CAF1_left   AAGTGGCAG-GATGCGGCT-GGCAGCTGC--AGCAA-ATGATGCTGCA---TAGAAC-TAACCCGGTCACCTGCGACGACTTTTAATCTATTTT-AAATGTGATACGAGACCATAG-TAA
DroSim_CAF1_left   AAGTGGCAG-GATGCGGCT-GGCAGCTGC--AGCAA-ATGATGCTGCA---TAGAAC-TAACCCGTTCACCTGCGACGACTTTTAATCTATTTT-AAATGTGATACGAGACCATGG-TAA
DroVir_CAF1_left   CTGCATAAA--AATAAAAA-AATAACAAA-----AA-AAAAAAAAATA---AATAAA--AACTCTTTCTCTCCCTCCCTGGCGGCGTA-AATTTTTAATC-TATTTTAAATGTGGT-TTA
DroWil_CAF1_left   TTGTTTAAC-CAACCC-GA-CTCAACCCAACCGCCC-ACAGAACAGAT---TTTTAA-TCTATTTTAAATGTGTAACGAGTTAAAAAA-AAATA-AGGGGAGATCCCCCATAATGG-TAA
DroYak_CAF1_left   TGGC---AG-GATGCGGCT-GGCAGCTGC--AGCAA-ATGATGCTGCAGAATAGAAC-TAACCCGTTCACCTGCGACGATTTTTAATCTATTTT-AAATGTGATACGACACCATGG-TAA
DroMoj_CAF1_left   CAGAGGA-G-ATTTTTCGA-GCCGTCATC--AGGTGCAGCTGCTTGAT---AAAAAA-AAAAGATAGAAGCACGAAA-AAAAAGAAATTTTAAT-CTATTTTAAAT-----GTGGT-TTA

DroAna_CAF1_left   TGGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGT---GTC--CTTCGAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTTGTCAGCGATTTATCATCCGG-CGAGCGGA
DroEre_CAF1_left   TGGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGT---GTC--CTTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTTGTCAACGATTTATCAGTGTC-CGTT-CGA
DroGri_CAF1_left   TGGTACGGTGCGACCGGATGACGGTTCACAACGACCGT---GCTTATTTTTAACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTTGTCAGCGATTTATC-AAATCAGT-T-TAA
DroMel_CAF1_left   TGGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGT---GTC--ATTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTTGTCAACGATTTATCAGTGTC-CGTTTCGA
DroPer_CAF1_left   TGGTACGGTGCGACCGGACGATGGTTCACAACGACCGT---GTC--TCTTAAACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTTGTCAGCGATTTATCATCATC-GTCGCGCC
DroPse_CAF1_left   TGGTACGGTGCGACCGGACGATGGTTCACAACGACCGT---GTC--TCTTAAACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTTGTCAGCGATTTATCATCATC-GTCGCGCC
DroSec_CAF1_left   TGGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGT---GTC--CTTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTTGTCAACGATTTATCAGTGTC-CGTTTCGA
DroSim_CAF1_left   TGGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGT---GTC--CTTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTTGTCAACGATTTATCAGTGTC-CGTTTCGA
DroVir_CAF1_left   TGGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGT---GCATACTTTTAACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTTGTCAACGATTTATCAAATCA-GATTGCAA
DroWil_CAF1_left   TGGTACGGTGCGACCGGATGACGGTTCACAACGACCGT---GTC--AATTTTACTGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTTGTCAACGATTTATCATAATC-TCTAGGTT
DroYak_CAF1_left   TGGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGT---GTC--CTTTAAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTTGTCAACGATTTATCAGTGTC-CGTT-CGA
DroMoj_CAF1_left   TGGTACGGTGCGACCGGATGATGGTTCACAACGACCGTACAGTT--TTTTCAACGGGTCGGTGGGACTTTCGTCCGTTTGTAACGCCATTTGTCAACGATTTATCAGCAAA-TCAGATAT

DroAna_CAF1_left   TTATTTATGATG--------------GAGA-TAT-ACACATCCGCATCTGTTCTGACTATCGAAGATAG---TTGCATTAATTG-ATTCGTAAC-GGCATCCGG-AT-CAAAGT
DroEre_CAF1_left   GAATTATTTATG--------------ATGCCGTC-TTGCACCTGCCGTCCATCGATAGTGGCATTAATTGATTCGTAATTG--C-ATCCTGTTCCGGAATTAAT-GTTAAGCCG
DroGri_CAF1_left   CCAGATAAAAAA--------------TGTATTCG-TTTATTTATGAGCCTAACGACGGCCACTTATCGTTTGCGCTATCAA--G-TAATTAATTAAGTATTAAT-ATATAAACA
DroMel_CAF1_left   GAATTATTTATG--------------ATGCTGTC-TTGCACCTGCCGTCCATCGATAGTGGCATTAATTGATTCGTAATTG--C-ATCCTGTTCCGGAATTAAT-GT-TAAGCC
DroPer_CAF1_left   CCAGTGCTCGTATTGTATTATTTATGATACCGCC-ATATCGGATGTTGTCGCCGCATCTGCTATTTATAATGTCGCCTACCG-ATAGTGGAACTAATTGATTCA--CAATTTCA
DroPse_CAF1_left   CCAGTGCTCGTATTGGATTATTTATGATACCGCC-ATATCGGATGTTGTCGCCGCATCTGCTATTTATAATGTCGCCTACCG-ATAGTGGAACTAATTGATTCA--CAATTGCA
DroSec_CAF1_left   GAATTATTTATG--------------ATGCCGTT-TTGCACCTGCCGTCCATCGATAGTGGCATTAATTGATTCGTAATTG--C-ATCCTGTTCCGGAATTAAT-GT-TAAGCC
DroSim_CAF1_left   GAATTATTTATG--------------ATGCCGTC-TTGCACCTGCCGTCCATCGATAGTGGCATTAATTGATTCGTAATTG--C-ATCCTGTTCCGGAATTAAG-GG-GGCCGC
DroVir_CAF1_left   ATATCAAATGTG--------------TTTATTTA-CGGC-CCTAACGACGGCCTACTTATCGCT---GCAACTGTTATTTTT-A-ATGTCGTCCAATTGTCGACTCATTAATTA
DroWil_CAF1_left   GTACGATTTTTT--------------ATAATAGTGAAATAAATTAAGCAGTTTGTCATGT-GACTAAATGAAAC-CAACTG--A-ACAAATAAATGTAATATTT-TATTTCATT
DroYak_CAF1_left   GAATTATTTATG--------------ATGCCTTC-TTGCACCTGCCGTCCATCGATAGTGGCATTAATTGATTCGTAATTG--C-ATCCTGTTTCGGAATTAAT-GTTAAGCCG
DroMoj_CAF1_left   CAGCAATCAAAG---GTG--------TTTATTTA-TGGCTTCAACTGTTGTTCATAATTAATTAGTTATTAATATGCG-TT--C-AAACAGTGCGGTGTTTAAT--TTAATAAA