CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroEre_CAF1_left   CTATGTA-CGATTAAAAGA-TAGAAAATGTA---G--ACTTTCGCATGCGGGTTTTAGGTGTGAC-TTCGCTTAGC---AT---GTTGGTTTCAAAAA-GCCCTATGCAAT-A--TTACA
DroMel_CAF1_left   GAAAGAA-------AGTAAACACATTCTT----TATCATTCGTTAATTGTCG----TGATCTTAG-AAGGGAGAAGATATGGAAAATAAATGTAGACTTAG--CATGCGGGCTTGAGACA
DroSec_CAF1_left   TT---AA-CTCCGATTTTAACAGGCACATTTTTTATCATTCGGCAATTGTCG----AGATCTTAG-AAAATTTTGA---CTTAACATGCGGGTTTATC-TG---AGACTTG-AG-TTACA
DroSim_CAF1_left   CAATGAA-CTCCGATTTTAACAGGCACATTC---TTCATCCGTTAATTGTCT----AGATCTTAG-AAAATTTTGA---CTTAGCATGCGGGTTTAGC-TG---AGACTGG-AG-TTACA
DroPer_CAF1_left   TTTATTTAAAAATGA--TATTTGTGAGTTAG---AATATCAACATAACTATTCG--TA-TAT-ATGA--ACAATAT---TATATCAAATAATCAAACA-AA---A--TATC-AACAAACA
DroPse_CAF1_left   TTTG-TGAGTTAGAA---TAT-CAACATAAC---TATATGTATGTATGAACAAT--AAATAT-TATATCAAATAAT---CAAACTTAATTATCAAAAA-AA---A--TATC-AACAAACG

DroEre_CAF1_left   TCTAAAAAAATATGTCGCCCAACGTGGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGCTGTGCTGGTAAG-AGGAATAATTAACTTTTTG
DroMel_CAF1_left   TTTAAAAATATAAGCCGCCCAACGTGGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGCTGTTTTTGCAAG-AGGTGTAACTAGCTTTAAG
DroSec_CAF1_left   TTTAAAAAAGTAATTCGCCCAACGTGGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGCTGCTTTTGATCT-AAGTGTAACTAGCTTTAAC
DroSim_CAF1_left   TTTAAAAAAGTAATTCGCCCAACGTGGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGCTGTTTTCGGTTC-AGGTGTAACTAGCTTTAAC
DroPer_CAF1_left   -AAAAAATGTACTTTCGCCCAACGTGGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGCATTTGAGCGTACTATGGCAAAGTTTATTTCTG
DroPse_CAF1_left   -AAAAAATTTATTTTCGCCCAACGTGGGGCTCGAACCCACGACCCTGAGATTAAGAGTCTCATGCTCTACCGACTGAGCTAGCCGGGCATTTGAGCGTACTATGGCAAAGTTTATTTCTG

DroEre_CAF1_left   AGAGTGCGCGGTTCTTGCCG-TCTCGGAATAGCTTTTTAACTGAGGGAATTTAGATCTTCATGGCATTTACAATTAAA
DroMel_CAF1_left   AGTATGTTCGATTGCTACCC-TTTCGGAAAAGCTTTCTAACTGTGACAAGTCAGATCTTGATGGCATTCACGGTGTAA
DroSec_CAF1_left   AGTATGTTTGATTGGTACAT-TTTCGGAAAAGCTTTTTAACTAAGACAAGTTAGATCTTGATGCCATTTACGGTTAAG
DroSim_CAF1_left   AGTATGTTTGATTGGTACAT-TTTTGGAAAAGCTTTTTAACTAAGACAAGTTAGATCTTGATGCCATTTACGGTTAAG
DroPer_CAF1_left   ACATTCTTTGGATGCTATGGCTTTCGGTGTATCTTGCCAT-----TGATTTTGTATTGACTCGATACTTTGTTCTTGT
DroPse_CAF1_left   ACATTCTTTGGATGCTATGGCTTTCGGTGTATCTTGCCAT-----TGATTTTGTATTGACTCGATACTTTGTTCTTGT