CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroPer_CAF1_left   TTTTT-TCGTCTTCC--CTTTTTTTTTATTCCTTATACAACAACTATT---TATTCTACGCAAGCTAGCTAACAAATGCTTAAGTATTAC-AAATGGCAGAATGTGTGCAACAGGCCCAT
DroPse_CAF1_left   TTTTTTTCGTC-TTC--CTTTTTTTTTATCCCTTATACAACTACTATT---TATTCTACGCAAGCTAGCTACCAAATGCTTTAGTATTAC-AAATGGCAGAATGTGTGCAACAGGCCCAT
DroMel_CAF1_left   C-CCC-ACGTT-GGGCGAATTATTTTTGTTTGTAATACAAATTTGGAAAAATGTTTTTATCTTCTAAGCTTCACTA-ATTTTACTAATAT-TTTTTTTCAATGCATTCCATGGGGCCCAT
DroSec_CAF1_left   TTTGT-TTGTA-ACA--AAATCTTTTTGTTTGTAATACAAATTTAGGAAAATTTTTTTATCTTTTAAGCTTTGCTA-ATTTTAATACTGTTAATTTTTCGCTGCATTCAATCGGGCCCAT
DroSim_CAF1_left   TTTGT-TTGTA-ACA--AAATCTTTTTGTTTGTAATACAAATTTAGGAAAATTTGTTTATTTTTTAAGCTTTACTA-ATTTTAATACTGTTATTTTTTCGGTGCATTCCATCGGGCCCAT

DroPer_CAF1_left   TAGCTCAGCTGGTTAGAGCGTCGTGCTAATAACGCGAAGGCCGCGGGTTCGATCCCCCCATGGGCCAGGAGTTACTTTTTGGTTTTTTTATTCAGTGCAATTTTGAATCACTAATT-GTC
DroPse_CAF1_left   TAGCTCAGCTGGTTAGAGCGTCGTGCTAATAACGCGAAGGCCGCGGGTTCGATCCCCCCATGGGCCAGGAGTTACTTTTTGGTTTTTTT-TTCAGTGTAATTTTAATTCATTAATT-TTC
DroMel_CAF1_left   TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTCGTGCTAATAACGCGAAGGTCGCGGGTTCGATCCCCTCATGGGCCAACGGTAATTATTTTAGAAAAAT-AAAAGACGCTTTTTCACACTAGAAATGTCA
DroSec_CAF1_left   TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTCGTGCTAATAACGCGAAGGTCGCGGGTTCGATCCCCTCATGGGCCATAGATTATTATTTTAGAAAAAT-AAGGTAAGCTTTTCCATATTAGAAATATCA
DroSim_CAF1_left   TAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTCGTGCTAATAACGCGAAGGTCGCGGGTTCGATCCCCTCATGGGCCACAGATTATTATTTTAGAAAAAT-AAAGTAAGCTTTTCCACATTAGAAATATCA

DroPer_CAF1_left   TATATATGTAAGT--TACTTT-TATGTTTTTGTTAGACGTCAAAGCACTTCGCTAGATCTTTTTAA
DroPse_CAF1_left   TATATAGTATGTA--GTACTTTTATGATTTTGTTTGACGTCAAAGCACTTTGCTAAATCTTTTTAA
DroMel_CAF1_left   TCTAGAAAA--ATTAATGAAACAAAAAAATGTTTATACAGTAACATGTTCCA-GAAGTCAAAGTAA
DroSec_CAF1_left   TATAAAAAA--ATTAGTGAAACCAAAGAATGTTTATACAGTAACATGTCACA-GTAAAGAGAATTT
DroSim_CAF1_left   TATAGAAAA--ATTAGTGAAACAAAAGAATGTTTATACAGTAACATGTTCCA-GAAGTCATAGTAA