CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroPer_CAF1_left   A-AGCCT-TCA---TATTGCCCAAATGCATGATAATTACATAATTCACAAAATACTAAAAACCTGTC---GAAGAAAGAACAATTTGTTCAATTATTGAAAGATAACAAGA---AGAAAA
DroPse_CAF1_left   CAAGCCT-TCA---TATTGCCCAAATGCATGATAATTACATAATTCACAAAATACTAAAAACCTGTC---GAAGAAAGAAAAA-TTGTTCAATTATTGAAAGATAACAAGA---AGAAAA
DroEre_CAF1_left   T--------CCGCTCG-TCGTCAACATGGCCACGCCTTCATGATGCCCATTCGCTTTAAATCACATAATTCCCCAGCGACTGA-ACTGAAAAAAAAGAGTGGATTCAGTAAGTAGTAAAA
DroMel_CAF1_left   TGTTGTTGTCCACTCG-TCGTCAACATGGCCGCGCCTTCATGATGCCCACTCGCTTAAAATCACATCATTTCCTAGCAACTGA-GCTGAAA-AAAATTCAGTAAAAAATTC---AGTAAA
DroSec_CAF1_left   GG------TCCGCTCG-TCGTCAACATGGCCACGCCTTCATGATGCCCATTTGCTTAAAATCACATCATCTCCCAGCGAC--A-GCTGGAAAAGAATAGTGGATTCAGTAA---A-AAAA
DroSim_CAF1_left   T--------CCGCTCG-TCGTCAACATGGCCACGCCTTCATGATGCCCATTTGCTTAAAATCACATCATTTCCCAGCGACTGA-GCTGGAAATGAATAGTGGATTCAGTAA---AAAAAA

DroPer_CAF1_left   AAATG--T-AAAAAAGTTGTGCCGCCCCCGGGTGGACTCGAACCACCAACCTTTCGGTTAACAGCCGAACGCGCTAACCAATTGCGCCACGGAGGCCGTTGCCGCTTTCACTTCATATGG
DroPse_CAF1_left   AAATG--T-AAAAAAATTGTGCCGCCCCCGGGTGGACTCGAACCACCAACCTTTCGGTTAACAGCCGAACGCGCTAACCAATTGCGCCACGGAGGCCGTTGCCGCTTTCACTTCAAATGG
DroEre_CAF1_left   ATTGGATCAAAAAATTGTTTTTCGCCCCCGGGTGGACTCGAACCACCAACCTTTCGGTTAACAGCCGAACGCGCTAACCAATTGCGCCACGGAGGCTGACATAAGTTCTTGGTCTAATGT
DroMel_CAF1_left   ATTGCATCAAAAT-AAAAAAGTCGCCCCCGGGTGGACTCGAACCACCAACCTTTCGGTTAACAGCCGAACGCGCTAACCAATTGCGCCACGGAGGCTTCTACATTTTGATGGACTAATGT
DroSec_CAF1_left   ATTGCGTCTAAAAAATCAAATTCGCCCCCGGGTGGACTCGAACCACCAACCTTTCGGTTAACAGCCGAACGCGCTAACCAATTGCGCCACGGAGGCTCGTACATTCTGTTAGACTAATGT
DroSim_CAF1_left   ATTGCATCTAAAAAAGTAAATTCGCCCCCGGGTGGACTCGAACCACCAACCTTTCGGTTAACAGCCGAACGCGCTAACCAATTGCGCCACGGAGGCTTATGCATTTCATTCGACTAATGT

DroPer_CAF1_left   CGATTAAAAGAGAATCTGCTGCGTATAATTCTGGAATCTTGCAAAAACA--GGAAGAAC-TGATCAACGCCCCTTCGTTATCTAATCGGG-ATTGCA-GTT---TTATGGGATGCATCAG
DroPse_CAF1_left   CGATTAAAAGAGAATCTGCTGCGTATAATTCTGGAATCTTGCAAAAACA--GGAAGAAC-TGATCAACGCCCCTTCGTTATCTAATCGGG-ATTGCA-GTT---CTATGTGATGCTTCAG
DroEre_CAF1_left   CAAGGGTAAGCCAAGCCAAAAGTTTCTATTATTAATACAAGTAAATCTTAAGTTATCCTGGAGGTTAAGTTTTTTTTTTTTGGAATTGAACATATTT-TTTTTTTAAATACTACTTTTAT
DroMel_CAF1_left   CGATTGTCAGCCAAGCCAAAAGCTTTTGTTTTCAAAACAAGTTAAATTTTACGTAAATC-TGATTTAAAGAAGTGTTCAAGTTATTCTTAGTAATAAAACAGAAAAAACTCATTGATCCA
DroSec_CAF1_left   CGAGTGTAAGCCAAGCCAAAAACTTTTGTTTTCAAAACAAGTTAATTCGTACGTAAATC-TGAATTAAAGTACTGTTATAAGAAGTTGAAGTTATTCTTAGTTATAAAAAAGAAAAAACT
DroSim_CAF1_left   CGAGTGTAAGCCAAGCCAAAAGCTTTTGTTTTCAAAACAAGTTAATTCGTACGTAAATC-TGAATTAGAGTACTGTTACAAAAAGTTGAAGTTATTCTTAGTTATAAAAAAGAAAAAACT

DroPer_CAF1_left   TGT
DroPse_CAF1_left   TGT
DroEre_CAF1_left   CAA
DroMel_CAF1_left   TAT
DroSec_CAF1_left   CAT
DroSim_CAF1_left   CAT