CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroEre_CAF1_left   CTATTTGACTCCCAGCATAACATACAGTTTAATACAATTCTTAACAGTTCTATTAAAATTGCTCTTTAGT-ACAAGTCGTATTTTGGCCATCGCGCACACATGGCCCATTAGCTCAGTTG
DroMel_CAF1_left   ATACGCTCCCAACATATTATACTACTGTTAAATACAACTGTTAACAGATCTAATAGAATTGCTATTTGGT-AAAACTCGCATTTTGGCAGCTACACAAACATGGCCCATTAGCTCAGTTG
DroSec_CAF1_left   GTTAGCTCCCAACATAATATACTACTGTTAAATACAACGCTTAACAGATCTATTAGAATTGCTATTTGGC-AAAACTCGCATTTTGACAGTTGCGCACATATGGCCCATTAGCTCAGCTG
DroYak_CAF1_left   AAATTTGACTTTTAACATAGCATACTGTTAGATACAAATGTTAACAGTCATATTAGAATTGCTATTTAGT-AAAACTCGCATTTTGGCGCTCGGTCACACATGGCCCATTAGCTCAGTTG
DroAna_CAF1_left   GTTAA-ACATAACATAGAAGAGAAATGTTATAAATAACATAGAACTTCTACTGTTGCCTAACAGCTTTGTTCTAGTACCAATTTTGACCGCCAGTCTCACATGGCCCATTAGCTCAGTTG

DroEre_CAF1_left   GTTAGAGCGTCGTGCTAATAACGCGAAGGTCGCGGGTTCGATCCCCTCATGGGCCACACGATT--C-TTTTTTTTTTCTAC-ATTTCTAATGCACTTTGAAAATTAA-AAAGTTACCATA
DroMel_CAF1_left   GTTAGAGCGTCGTGCTAATAACGCGAAGGTCGCGGGTTCGATCCCCTCATGGGCCAGAATAAT----TTTTTTTTTATTAC-ATTTCTAATGCACTTTGAAAATTAA-AAAGTTAGTATA
DroSec_CAF1_left   GTTAGAGCGTCGTGCTAATAACGCGAAGGTCGCGGGTTCGATCCCCTCATGGGCCAGAATAAATACTTTTTTTTTTATTAC-ATTTCTAATGCACTTCGAAAATTAA-AAAGTTAGTATA
DroYak_CAF1_left   GTTAGAGCGTCGTGCTAATAACGCGAAGGTCGCGGGTTCGATCCCCTCATGGGCCACGACGAT-TC----TTTTTTATTACAATTTCTAATGCACTTTGGAAATTAA-AAAGATACTATA
DroAna_CAF1_left   GTTAGAGCGTCGTGCTAATAACGCGAAGGTCGCGGGTTCGATCCCCTCATGGGCCAAGAACTACCT-TTTTTTTGTCCCTTT-TATTAAATTTCCTTTTTTTATCTGCACTTTGAAAATT

DroEre_CAF1_left   GATTTG---ATGAGAACGTGTCCCGCAAG---CTTTATGTACGAACCTAGATAAGCAAAGCCCAATTATGGGCGGC
DroMel_CAF1_left   GATTTG---ATGAGAACGTGTCCCGCAAG---CTTTTTGTACAAACCTAGATAAGCGAAGCCCAATTATGGACGGC
DroSec_CAF1_left   GATTTG---ATGAGAACGTGTCCCGCAAG---CTTTATGTACAAACCTAGATAAGCAAAGCCCAATTATGGACGGC
DroYak_CAF1_left   GATTTG---ATGAGAACGTGTCCCGCAAG---CTTTTTGTACAAACCTAGATAAGCAAGGCCCAATTATGCGCGGC
DroAna_CAF1_left   AAAAAAGTGTCCATTTATTTAATGGCATCATATCGCGCAAACTTTCTCAAACAGACACAGACAAACTATTGCCAAT