CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA DroAna_CAF1_left CTTATATTTTAAAAAGGTTAAATGTGGGGTTAGCTGTGA-TTTT--TGGTGCGCACGCTTGTTAAAACTGGCATTTGGCCGGGCGCAAATAACAACCCGACGTAGCCGTGATCGTCTAGT DroEre_CAF1_left CGTAATCACAAATTGGTATGCGCGAACTTTGATTTGCTGTGATT--TTCTGCGCACGGCGCTAAAAATAAGCATTTGGCAATGACCTTGCATC-ATCCGACGTAGCCGTGATCGTCTAGT DroMel_CAF1_left TTAAACAGATTTATTTACGACTTGCTTGCTTACTTGCTATGATT--TTCTGCGCACTTTGCTAAAATTAGTCATTTGGCATAGACCTCGCATC-ACCCGATGTAGCCGTGATCGTCTAGT DroPer_CAF1_left TAAAGTAAACTGCACTTGAACTCCAATTGTAAACAACAATCAATAAAATGTTGGTCGATAACGTT---TCGTTTTTGGCCGCGACCTTCCAACAACCCGACATAGCCGTGATCGTCTAGT DroPse_CAF1_left TAAAGTAAACTGCACTTGAACTCCAATTGTAAACAACAATCAATAAAATGTTGGTCGATAACGTT---TCGTTTTTGGCCGCGACCTTCCAACAACCCGACGTAGCCGTGATCGTCTAGT DroSec_CAF1_left TTACGACTTGGTATCCATTACTTGCTTGCTTACTTGCTATGATT--TTCTGCGCACTGTGCTGAAACCAGTCATTTGACAGCAGCCCCGTATC-ACCCGATGTAGCCGTGATCGTCTAGT DroSim_CAF1_left ATAGATTTATTTACCCATTACTTGCTTGCTTACTTGCTATGACT--TTCTGCGCACTGTGCTGAAACCAGTCATTTGACAGCGGCCTTGCATC-ACCCGATGTAGCCGTGATCGTCTAGT DroYak_CAF1_left GTAATCATAAATTGGGTATGCGCAAACTTTGATTTGCTAAGATT--ATCTGCGCACGGCGGTGAAAACAATCATTTGGCAGCGACCTTGGAAC-GCCTGACATAGCCGTGATCGTCTAGT DroWil_CAF1_left CAAAAATGCTTGAAGTTGCCGAAATTTGGTCACATTAGTGGCAC--AAAAAATGGTGATTTGTTTGTACGTCATTTGTCGGCCTTTGCAAACA-AGCCGACGTAGCCGTGATCGTCTAGT DroAna_CAF1_left GGTTAGGACCCCACGTTGTGGCCGTGGTAACCCAGGTTCGAATCCTGGTCACGGCAATGTTG-AAATAAACATTGTCACGGAGTTGGGTTTATTTTTTAATTTATTTT-TAT-TTTA-TT DroEre_CAF1_left GGTTAGGACCCCACGTTGTGGCCGTGGTAACCCAGGTTCGAATCCTGGTCACGGCAATGTTG-AAATAAACATTGTCACGGAGTCGGGTTTTCTTTTTTTTTCTAAGATTTTGG-ATAGT DroMel_CAF1_left GGTTAGGACCCCACGTTGTGGCCGTGGTAACCCAGGTTCGAATCCTGGTCACGGCAATGTTG-AAACAAACATTGTCACGGAGTTGGGTATTTTTTTACACTCTAATTATTTTG-ATGAA DroPer_CAF1_left GGTTAGGACCCCACGTTGTGGCCGTGGTAACCCAGGTTCGAATCCTGGTCACGGCAATGCTGCAAATATGCATTGTCACGGAGTTGGGTTTTCTTTTTTTTCCTTTAAAT---C-TTATT DroPse_CAF1_left GGTTAGGACCCCACGTTGTGGCCGTGGTAACCCAGGTTCGAATCCTGGTCACGGCAATGCTGCAAATATGCATTGTCACGGAGTTGGGTTTCCTTTTTTTTCCTTAAAAT---C-TTATT DroSec_CAF1_left GGTTAGGACCCCACGTTGTGGCCGTGGTAACCCAGGTTCGAATCCTGGTCACGGCAATGTTG-AAACAAACATTGTCACGGAATTGGGCTTTTTTTAT---ACTAATTATTTTC-ATAAA DroSim_CAF1_left GGTTAGGACCCCACGTTGTGGCCGTGGTAACCCAGGTTCGAATCCTGGTCACGGCAATGTTG-AAACAAACATTGTCACGGAATTGGGTTTTTTTTTAT--ACTAATTATTTTG-ATAAA DroYak_CAF1_left GGTTAGGACCCCACGTTGTGGCCGTGGTAACCCAGGTTCGAATCCTGGTCACGGCAATGTTG-AAACAAACATTGTCACGGAGTCGGGCTTTCTTTTTATTACAATTATCTAAG-ATAAA DroWil_CAF1_left GGTTAGGACCCCACGTTGTGGCCGTGGTAACCCAGGTTCGAATCCTGGTCACGGCAATGCTG-CAATATGCATTGTCACGGAGCCGGCAGTTTTTTTTTTTT---ATTTTTTTT-ATTT- DroAna_CAF1_left TTATTGTATTAT--TATTTA-TTACATTTTATTATT--AAGGGCGAT--TATTAAA------TTTAAAAAATTTT-TT-GTTT-TCTCCTCAAAT-TCTAAAACCTCTTTTT-G----CC DroEre_CAF1_left AATTATTT-AGA--TATACTAATAATT-AAGTTAAAGCTAACTAACCT-TT---TC------AT-TTTTGTATAACCTTTTTTAAATTATTAAGCATAAAGTTTT----TAA-TAATATA DroMel_CAF1_left AATGAAAATAAT--TATTAA-ACAAATTGAAATGAT--ATATAAATAA-ATGA-TAAAACATGT-TTTTGCTAAT-CT-TATT-ATTTGATTTTC-TATTTGATT----TGG-GGTAGTG DroPer_CAF1_left TTCCTGTGTTTT--ATCT---GTTAACCGATTAAGA--TGTATTTT---AGCG-CAA-AGCTGG-TGAAGGATGT-CG-C------AATAATTC--TTTTTGTTA----AGT-AAAGAGG DroPse_CAF1_left TTCCTGTGTTTT--ATCT---GTTAACCGATTAAGA--TGTATTTT---AGCG-CAA-AGCTGG-TGAAGGATGT-CG-C------AATAATTC--TTCTTGTTA----AGT-AAAGAGG DroSec_CAF1_left AATTAACATAAT--TAATAA-TCAAATTGAAATGAT--ATTTATATAA-AT---TA------GT-TTTTGCTAGT-CT-TTTT-ATTTGATTTTC-TATTTAATT----TGG-GGTAGTG DroSim_CAF1_left AATGAACATAAT--TATTAA-TCAAATTGAAATGAT--ATTTATATA--AA-T-CAT-----GT-TTTTGCTAGT-CT-TTTT-ATTTGATTTTC-TATTTAATT----TGGGGTAGTGA DroYak_CAF1_left TTATCTAGATATACTTAATT-TTAAATATAGGAAAG--TTTTATCTCTTAT-T--C------TC-ATATGGAAAT-AG-TTTG-CGTCGTAATTT-TTCCCCCCA----AGT-GAGGAAG DroWil_CAF1_left AATGAAGTTAATGTTTTTCA-TGAATGCCATTCCTA--ACGGGTATTT-TT---TGT-----GA-CAATTCCAAA-AA-AGCA-TTAAAACAT---AAATTAGTT----ATA-AAAGTTA DroAna_CAF1_left AGC---TTTAAAACT DroEre_CAF1_left TTAATATCCAAATAT DroMel_CAF1_left -------TTTAC-TA DroPer_CAF1_left AAAGA-GGAG-ACTT DroPse_CAF1_left AGACT-TTTC-CAAC DroSec_CAF1_left AATAATAATTACATC DroSim_CAF1_left ATAAT-AATT-ACAT DroYak_CAF1_left TTATTTATAAATAAG DroWil_CAF1_left TAAAA-GCATACAAA