CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroMel_CAF1_left   -GAGCGGATCATTCCTAAAAGTATACAATGGTATTTGTTGTTTTCTTACAGGTCTGAACATAGTAATTCTCAACTGATT-TTAGCTGCAGTCGCATGAAGTCCTTTGTCCTGGGAAGGAG
DroSec_CAF1_left   -GAGTGGATCATCCCTTAAAGTATACAGTAGTATTTGTTGTTTTGTTACAGATCTGAACATAGTAATTCCCAACTGATT-TTAACTGCAGTCGCATGAAGTCCTTTGTCCTAGGAAGGAG
DroSim_CAF1_left   --AGTGGATCATCCCTTAAAGTATACAGCAGTATTTGTTGTGTTCTTACAGATCTGAATACAGTAATTCCCAACTGGTCTTGGGCTGCAATTTCATGAAGTCCTTTGTCCTAGGAAGGAG
DroEre_CAF1_left   TGAGGAAATCCTCCCCTAAAATATGCAATACCGATTTTGGATTCTGAACTCTACA-TATATTGTAATTCCTAACTGGCT-TTAGCTGCAATTGCATGAAGTCCTTCCTTTTGAAAAGGAG
DroYak_CAF1_left   TGAGAATATCCTCCCCTAAAATATGCAATAACGATTTTGGATTCTGGACCCTGCA-AATATAGTAATTCCTAACGGGTT-TTAGCTGCATTTGCAAGAACTCCTTCGTTTTAGGACTGAT

DroMel_CAF1_left   TAGTTATCGCTTCTCGGCCTTATGGCTAAGATCAAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGC-TAACATCTGATAGTTCCTCCATTGGAGGACAACAAATGTTAAACTGATTTTTGGAATCAG
DroSec_CAF1_left   TAGTTATCGCTTCTCGGCCTTATGGCTAAGATCAAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGCTTAACATCTGATAGTTCCTCCATTGGAGGACAACAAATGTTAAACTGATTTTTGGAATCAG
DroSim_CAF1_left   TAGTTATCGCTTCTCGGCCTTATGGCTAAGATCAAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGCTTAACATCTGATAGTTCCTCCATTGGAGGACAACAAATGTTAAACTGATTTTTGGAACCAG
DroEre_CAF1_left   TAGTTATCGCTTCTCGGCCTTATGGCTAAGATCAAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGCTTAACATCTGATAGTTCCTCCATTGGAGGACAACAAATGTTAAACTGATTTTTGGAATCAG
DroYak_CAF1_left   TAGTTATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCA-AGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGCTTAACATCTGATAGTTCCTCCATTGGAGGACAACAAATGTTAAACTGATTTTTGGGATCAG

DroMel_CAF1_left   ACGGAGTGCTAGGGGCTTGCTCCACCTCTGTCACGGGTTGGCCCGGTATTGCAGTACCGCCGGGATTTCGGCCCAACTGAATAATAAATATTTAATTATAAACATT--AGTGAAGAATGC
DroSec_CAF1_left   ACGGAGTGCTAGGGGCTTGCTCCACCTCTGTCACGGGTTGGCCCGGTATTGCAGTACCGCCGGGATTTCGGCCCAACTGAATAATAAATATTTAAT-ATTAACATT--GGTGTAGAAACC
DroSim_CAF1_left   ACGGAGTGCTAGGGGCTTGCTCCACCTCTGTCACGGGTTGGCCCGGTATTGCAGTACCGCCGGGATTTCGGCCCAACTGAATAATAAATATTAAAT-ATTATCATT--AGTGGAGAATCC
DroEre_CAF1_left   ACGGAGTGCTAGGGGCTTGCTCCACCTCTGTCGCGGGTTGGCCCGGTATTGCAGTACCGCCGGGATTTCGGCCCAACTGAATAATGAATATTAACA-TTTGTGAAAAATACACAGCCCCA
DroYak_CAF1_left   ACGGAGTGCTAGGGGCTTGCTCCACCTCTGTCGCGGGTTGCCCCGGTATTGCAGTACCGCCGGGATTTCGGCCCAATTGAATAATTAATTTTAACA-TTTGTGAGAAATGCACAGTCCCC

DroMel_CAF1_left   TCTCTTTACAACCTTCTTTATTGGGAAAAGTCTTACACGCTTG--A
DroSec_CAF1_left   TCTCTCTAGAACCTC-TTTATTGGGAAACTCCATTCAAGTTAAAAA
DroSim_CAF1_left   TCTCTCTAGAACCTT-TTTATTGGAAAGACTCTTTCGCGTTTGACT
DroEre_CAF1_left   TTATCGAGCGAATGGCTTCACG---TTTGACGTTGAAAACAATCTC
DroYak_CAF1_left   TTTTTGAGCGAATGGCTGCATA---CTTGACGCCAAAAACAATCTC