CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroEre_CAF1_left   CACTAATAATTCCCAAATAGTTCTGGCTTCCCTTGAGTGGAGTAGGGACTGATTTGGGATTGGAAGTTATCTTTGCGCAGAGGCGATATCGTAACCAATGAAGTTCTACTGAGGTGCGAT
DroSim_CAF1_left   CGCTTATAATTCCCAATTAGTTCTATCTTACTATGGATAGAATAGGGACTGATTTGGATTTGAAAGTTATCTTTGCGCAGAGGCGATATCGTAACCAATGAAGTTCTACTGAGGTGCGAT
DroYak_CAF1_left   CACTTATAATTCCCAAATAGTTCTGGCTTCCTTTGAGTGGAATAAGGACTGATTTGGGGTTGAAAGTTATCTTTGCGCAGAGGCGATATCGTAACCAATGAAGTTCTACTGAGGTGCGAT
DroMel_CAF1_left   CGCCTGTAATTCCCAAATGGTTCTGGCTTGCTGTGAATGGAATAAGGACTGATTTGGGTTTGAAAGTTATCTTTGCGCAGAGGCGATATCGTAACCAATGAAGTTCTACTGAGGTGCGAT
DroSec_CAF1_left   CGCTTATAATTCCCAATTTGTTCTGGCCTACTCTGGATGGAATAGGGACTGATTTGGGTTTGGAAGTTATCTTTGCGCAGAGGCGATATCGTAACCAATGAAGTTCTACTGAGGTGCGAT

DroEre_CAF1_left   TATTGCTAGTTGAAAACTTTAACCAATACCCCGCCATGGGGACGTGAAACACCGTCCACTACGGCAATTTTTGGAAGCCCGAGAGGGCCATTAAAAATAAATTCGAACATTAGTCTATAG
DroSim_CAF1_left   TATTGCTAGTTGAAAACTTTAACCAATACCCCGCCATGGGGACGTGAAATACCGTCCACTACGGCAATTTTTGGAAGCCCGAGAGGGCCATTAAAAATACATTCAAATATTAGTCTTTAG
DroYak_CAF1_left   TATTGCTAGTTGAAAACTTTAACCAATACCCCGCCATGGGGACGTGAAATACCGTCCACTACGGCAATTTTTGGGAGCCCGAGAGGGCCATTAAAAATACATTCGAATATTAGTCTTTAG
DroMel_CAF1_left   TATTGCTAGTTGAAAACTTTAACCAATACCCCGCCATGGGGACGTGAAATACCGTCCACTACGGCAATTTTTGGAAGCCCGAGAGGGCCATTAAAAATACATTCGAAAATTAGTCTTTAG
DroSec_CAF1_left   TATTGCTAGTTGAAAACTTTAACCAATACCCCGCCATGGGGACGTGAAATACCGTCCACTACGGCAATTTTTGGAAGCCCGAGAGGGCCATTAAAAATACATTCGAATATTAGTTTTAAG

DroEre_CAF1_left   --TCTCTGTTGG---GCACCGC----TTCGGTGCTGAGCTCAGCA--TCATTAATGAGAGTTAATGAAAG--GACACT--AAACTCAAATCTTAATGGGTCATAATCGTTAAATGGCCAT
DroSim_CAF1_left   TT--AATAATGAGTAGGCTCTCTTAAAACAGTGCTGAGCTCATCATCTCATTAATGTGAGTTAATGAAAG--GACACT--AAACTCTAATCTTGATGGGTCATAATCGTTAAATGGCCAT
DroYak_CAF1_left   TTGGTTTTAGAG---CCTACTTGAAAAACGGAGCTGAGCTCAGCA--TCATTAAT--GAGTTAATGAAAG--GATACT--TAACTCAAATCTTAATGGTCCATAATCGTAAAATGACCAA
DroMel_CAF1_left   TT--AATAATGAGCT----CTCTTAAAACAGTGCTGAGCTCATCCTCGCATTAATCTGAGTTAATGAAAGAAGACACTATAAACTCCAATCTTGATGGGTCATAATCGTTAAATGTCCAT
DroSec_CAF1_left   TT--AATAATGAGCATGCTCTCTTAAAACATTGCTGAGCTCATCATCTCATTAATGTGAGTTAATGAAAG--GACACT--AAACTCTAATCTTGATGGGTCATAATCGTTAAATGGCCAT

DroEre_CAF1_left   ATAACAAAGATCCTTCG---GATAACCCTGTGCCGGTTTAAAGAGG-C
DroSim_CAF1_left   TCTTGGGATAACTGGGATCTGAAGGCTTAAAGA-GGCTATGAGA---T
DroYak_CAF1_left   ATAACCAAGATTCCTGT---GCATGCTTAAAGA-GGCTATGATACCCA
DroMel_CAF1_left   TCCTGGGATAACTG-------CCCGCTTAAAGA-GGCTATGATATTCC
DroSec_CAF1_left   TCTTGGGATAACTAACT---ACAGGCTTAAAGA-GGCTATGAGATTCC