CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroEre_CAF1_left   ATAAGATCTATTTTTAAACTCAGCCAACATGGGTGAAGAATGATCAGTT--CATCACCATAGCACATATTTGCATTCCGACACCCAACTTCCAAGCATCGGTGGTTCAGTGGTAGAATGC
DroSec_CAF1_left   C--GAATCTATTTTTAAACACAGCCCACATGTTTGAAAAGTGATCAGTTCAGATCACCATAATATATATTTACAATTTGACATATTAAACACAAGCATCGGTGGTTCAGTGGTAGAATGC
DroSim_CAF1_left   TTCGAATCTATTTTTAAACACAGCCCACATGTGTGAAAAGTGATCAGTT--GATCACCATAGCATATATTTACAATTCGACACGCTACACACAAGCATCGGTGGTTCAGTGGTAGAATGC
DroYak_CAF1_left   TTAGAATCTATTTATAAACTGAGCCCATATGTGTGAAGAATGATCAGTT--CGTCAGCATAACACATATTTACAATTTGACTGCCAACTCCCAAGCATCGGTGGTTCAGTGGTAGAATGC
DroMel_CAF1_left   ATAGAATCTATTTTTAAACACAGCCAACATGTGTGAAAAGTGATCAGTT--CACCAACATACCACATACATACGATTTGACACGCAATGGATAAGCATCGGTGGTTCAGTGGTAGAATGC

DroEre_CAF1_left   TCGCCTGCCACGCGGGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGCCGATGCAACGTTTTTTTT--TGACGCTTGACTAAATACTTAACTAAGTATAACGTTTAATTTTCAAGCTATTTTTATAAAGC
DroSec_CAF1_left   TCGCCTGCCACGCGGGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGCCGATGCAACGTTTTTTTT--TCACAATTATCTAAATACCTAACTAACTACAATGTTAAATTTCCA------TTTCATAAGGC
DroSim_CAF1_left   TCGCCTGCCACGCGGGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGCCGATGCAACGTTTTTTTT--TCACAATTAACTAAATACCTAACTAACTACATTGTTAAATTTCCATGTTATTTTCATAAGGC
DroYak_CAF1_left   TCGCCTGCCACGCGGGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGCCGATGCAACGTTTTTTT----------TTACTAAATACTTAACTGTCTACAACCTTAAATTTTCAAGTTATTT---------
DroMel_CAF1_left   TCGCCTGCCACGCGGGCGGCCCGGGTTCGATTCCCGGCCGATGCAACGTTTTTTTTTTTTACAATTAACTAAATACCTA----ACAACAATATTAAATTTTCATGTTATTTTTATAAGGT

DroEre_CAF1_left   TCGCGTAAATCACATTTATTAATACTTGCAAATTTGTAGCTCATTTAACCACTGTGAACTCGGTACATTAG---------
DroSec_CAF1_left   TCGCGTAAATCACATTTATTAATACTTGCAAATTTGTAGCACTCTTAACCATTGTGAACTCGGTACATTTGCACTC---A
DroSim_CAF1_left   TCCCGTAAATCACATTTATTAATACTTGCAAATTTGTAGCACTCTTGACCAGTGTGAACTCGGTACATTTG---------
DroYak_CAF1_left   TCGCGTAAATCACATTTATTAATACTTGCAAATTTGTAGCACTGTTAACCAGAGAGAACACGGTACATTCGCACTCACTT
DroMel_CAF1_left   TCGCGTAAATCACATTTATTAATACTTGCAAATTTGTAGCACTGTTAACCAGTGTGAACTCGGTACATTTG---------