CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroAna_CAF1_left   AAAATAA-TAATTCATT-TATATCCTTATA-GTTTTTTGCTTTAAAAT-GTATAATTTATTTATGAGTTGCTCTTTTGTTTGCACATTATTTGTTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTG
DroEre_CAF1_left   AGGCCCTGCTTATTCAT-TGTTATTAATAA-TTACACTAATTGTTT-T-ATTTGTTTAACTTATCAGTTGCTCTTTTGTTTGCATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTG
DroGri_CAF1_left   TATATAT-ATGTGTGTG-TGCAATAGTTTA-TAAGATTTATGCTATTT-ATTTGCTGCCCTTTGTTTGCCCTTTTGAGTTTGCATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTCTATGGTG
DroMel_CAF1_left   AAGATATGCTTGTTTAT-TGTTATTTATTA-TTACAATTATTCTTA-A-ATTTGTTTAACTTATATGTTGCTCTTTTGTTTGCATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTG
DroMoj_CAF1_left   CGAACTT-GTGAAATAA-TCGAACATGCAT-GTACATATATATTATTT-TTATAATATAATTTGGTTTGGCTTTTTATTTTGCATATTATTTGTTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTG
DroPer_CAF1_left   GTGTGCA-TCTAATTAT-ATTTTGCTTGCA-GCTTTTGTTTACTTTGG-CCATGTTTTCTTTATGAGTTGATCTTTTGTTTGCACATTATTTGATCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTG
DroPse_CAF1_left   GTGTGCA-CTTAATTAT-ATTTCGTTTGCA-GCTTTTGTTTACTTTGG-CCATGTTTTCTTTATGAGTTGATCTTTTGTTTGCACATTATTTGATCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTG
DroSec_CAF1_left   AG-CCATGTTTATTTAT-TGCTATTTATTA-TTACATTTATTGTTA-AATTTGTTTAAACTTATATGTTGCTCTTTTGTTTGCATATTATTTGGTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTG
DroVir_CAF1_left   AAACGAT-TTACAT-AATTT-AACTAATAGTTAATAGTTGTACCTGAT-AAATATTAGTTTATTTGTTGCCTTTTTATTTTGCATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTG
DroYak_CAF1_left   ATTAGGCCATGCTTAGT-TTTTATTAATTA-TTTCATTAATTTTTA-T-ATTTGTTTAACTTATCGGTTGCTCTTTTGTTTGCATATTATTTGCTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTG
DroWil_CAF1_left   GTTTTTT-TTGTGTTTC-GTTTTTGTTTTA-CTGCTTTTGCGCTTTAT-TGTTATATGAGTTGTAATTGATTTTGATTTTCGCATATTATTTGGTCTTTGGTGATTTTAGCTGTATGGTG

DroAna_CAF1_left   TC--TCA--TATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTGCATTTTTTCTGAGTTGCTTTT--G------TTGTGGTT----ATGATTTTTTA-AGATTTTTATAC--TT
DroEre_CAF1_left   TG-TATG--TGTTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTGCATTATGCTTGAGTTGATTTT--TTTTC-GTTTTGTTA---CATTTTTCTAACGTTACTTGTTCTT--AA
DroGri_CAF1_left   TG-CGCA--TAATCCACAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTGCATTTGCTTTCTTTTTTTCCTTCGTTA--TTTTGATTTCGGTATTTTGCTTTTGCAACATTTGATT--TT
DroMel_CAF1_left   TT-TATGTATATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTCTGCATTATGTTTGAGTTGATTTT--ATTT--GGTATTCTT---TACTTTTCTCGCGTTACTTGTTCTC--AA
DroMoj_CAF1_left   TG-CGCG--TATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTCTTTGCATTGCTTTCTTTTCGTTTAT--TCAGTTAATTGCGTT----TTTATTTTTGT-TCATGCAATCTTTCTG
DroPer_CAF1_left   TATATCA-AAGATCCATAGAGCTTTATCACCAAAACCCAAATGGTTTTTGCATTTTTTCGCTTGAGTTGCT--T------ATGTTTTT----AAAATGTTTTT-TGTCAACAAAAT--CT
DroPse_CAF1_left   TATATCA-AAGATCCATAGAGCTTTATCACCAAAACCCAAATGGTTTTTGCATTTTTTCGCTTGAGTTGCT--T------ATGTTTTT----AAAATGTTTTT-TGTCAACAAAAT--CT
DroSec_CAF1_left   TA-TAAG--TATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTCTGCATTATGCTTGAGTTGATTTT--ATTT--GGTATAATT---TACTTTTCTAGTGTTACTTTTTCTT--AA
DroVir_CAF1_left   TG-CGCG--TATTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTGCATTGCTTTCTTTTATTGTTC--ACTTGTCATTATTAT----TATTATTATAT-TTTTTTTTTTTTTCAA
DroYak_CAF1_left   TG-TTTATGTGTTCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTCTGCATTATGCTTGAGTTGATTTT--TTTT---CATTTT------------CTAACTTTATTTGTTTTT--AA
DroWil_CAF1_left   TA-TGAGCATAATCCATAGAGCTTTATTACCAAAAACCAAATGGTTTTTGCATTTTGCTTGAGTTGTTTTC--TT------TCGTATT----G-ATTTTGATT-TAATTACAT-TT--TT

DroAna_CAF1_left   TGTTTTCATTAAAAAGTGTAA-TTTATT-CTA--A-AATATAACTCTTCTCCCCCTTAGAACGCTC-TATCGACCTG-GTGGACTCTGCTGCCGCCTTGGAGATCTGTTC--CCCG
DroEre_CAF1_left   -TCTTATTGTTGCTTAAGAGC-TTTT-G-ATTATCGAAGTTGTAATGTCTAAACAATTTTCCTCTTTTGTAGAACGT-TCCTATGACCTGGTGGACTCGGCG-GCTGCCCTGGAGA
DroGri_CAF1_left   -GATTGAATGCTCAATTTCGA-CTGA-A-TTGAATTAATGA----TGGTTGTTCACCCCTCCCCTCTTGCAGATCGT-TCCTATGATTTGGTTGACTCGGCG-GCCGCC-----AT
DroMel_CAF1_left   -TGTCATTTTTATTTAAGAGT-TTTA-G-ATTATTGAATTTTTAATGTTAAACAAAATTTTCTTTTTCTCAGAACGT-TCCTATGACCTGGTGGACTCGGCG-GCTGCCCTGGAGA
DroMoj_CAF1_left   ---TGTGTTCGTTTT-CGATTAC-TTCT-AAT--G-GCGTTGACGCGTCTCTTTTGCAGATCGTTC-CTATGATATA-GTTGACTCCGCCGCTGCTTTGGAGATTTGC------TC
DroPer_CAF1_left   ---GAAGAAATCAAGATTATG-CTTACT-AAA--A-AACTTTTCTTCTCCCACACAAAGATCGCTC-TTTTGACTTG-GTGGATTCGGCGGCTGCGTTGGAGATCT-------GCT
DroPse_CAF1_left   ---GAAGAAATCAAGATTATG-CTTACT-AAA--A-AACTTTTCTTCTCCCACCCAAAGATCGCTC-TTTTGACTTG-GTGGATTCGGCGGCTGCGTTGGAGATCT-------GCT
DroSec_CAF1_left   -TGTTATTATTATTTAAGAGC-TTTA-G-ACTATTACATTTTTAATGCTAAACAACATTTTCTTTTCCTCAGAACGT-TCCTATGACCTGGTGGACTCGGCA-GCTGCCCTGGAGA
DroVir_CAF1_left   ---TATTTCTTAGTT-TACTTTCAATCG-ACT--TTAACGGGCTTCACCTTTCTTGCAGATCGTTC-CTATGATTTG-GTTGACTCGGCGGCTGCCTTGGAGATTTGCTCGCCCAA
DroYak_CAF1_left   -TGGTATTAGTATTTAAGATT-GTTTCA-ATTATCGAAATTGTAATGTTTCAACAATGTTTCTCTTTTGTAGAACGT-TCCTATGACCTGGTGGACTCGGCG-GCTGCTCTGGA-G
DroWil_CAF1_left   -T-TTTTTTTTCAATTATTGC-AAT-TACACT--T--TTTT-TATTAAAATAATGCTAAAATGTTT-AATTATTGTGGCTTTTAGATCGTTCC-----TTTG-ACTTGGTGGATTC