CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA DroEre_CAF1_left CAAACA-AACAGGTTTTAACAATCTCAATGTAATTTTATTAA---TGTG--A-----------GCAAATAGAGAACAAATGATTAGAATAATGCCATAATTAAAAA---AATAAAATTAT DroMel_CAF1_left TTGGGTGAGCAGGTTTGAAGTTTATGTTTGTAAAGCAATTTC---GGATGAT-----------GGTAAAT---CAAAAATAAACAGAAAAATGTCATAATTAAAATA--ACGCAGGTATT DroSim_CAF1_left TTGGGCAAACAGGTTTGAAGATTATGTTTGTAATACGATTTT---GAATGAT-----------GGAAAAC---CAAAAATAAACAGAAAAATGTCATAATTAAAATA--ATACAGGTATT DroYak_CAF1_left TAAACAG-----GTTTCAACTAACGATTCCGTTGTGATTTTTATTAGTGTTA-----------GCAAATA---A-ACAATAAATATAAAAATATTGCAGTAAATATAAAAATAAAGTTAT DroSec_CAF1_left TTC---ATATAGTTTGGTTAACCTGGTGTGAATTAATGATAC---GAAATACGGTTCGATTAGGGGACTA---CTTTCCATGAGCGACTAACGGCATTATTCAAGTAC--TCGTGCATGA DroEre_CAF1_left TA----AAAATTTC-----------------GTTTGCATCGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCGCCCGCGTGGCAGGCGAGCATTCTACCACTGAACCACCGATGCTGCTTATTTTAGTCC DroMel_CAF1_left AA----AATACTTGTT------------------TGCATCGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCGCCCGCGTGGCAGGCGAGCATTCTACCACTGAACCACCGATGCTTCTTAATTTGATCC DroSim_CAF1_left AATAATAATACAGGTATTAATAAAAATATTGGTTTGCATCGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCGCCCGCGTGGCAGGCGAGCATTCTACCACTGAACCACCGATGCTGCTTAAATTGATCC DroYak_CAF1_left AA----AAAATTGTG-----------------TTTGCATCGGCCGGGAATCGAACCCGGGCCGCCCGCGTGGCAGGCGAGCATTCTACCACTGAACCACCGATGCTGCTTAATTTGATCC DroSec_CAF1_left AT----TCAACCATG---------------GTTTGGC---TCCGGCCGCGCAGATGGCG-GAGGTCGTGCTGGAGAGGGACATTCTACCACTGAACCACCGATGCTGCTTAAATTGATCC DroEre_CAF1_left GCCAAAATACTGAAAATTAACTTCAGGTCAAACGAATTCATGTATGTG-GATACAAAAATCGACAAGAGATTATAGATTATATGATCAACTTAAGCTGT----T DroMel_CAF1_left GCCAAAATATACAAAATTAAGCTTATGTCGGACGGATTGAATGGTGTT-TA----AAAATAGACAAGAGATTATGAATGAATTCATAAACTAAAACTCTAAGTT DroSim_CAF1_left GCCAAAATACACAAAAGTAAGCTTAGGTCGGACGTATTGAACGTTGTTTTA----AAAATAGACTAGAGATTATGAATGAATTGATAAACTTAAGCTCTTAG-T DroYak_CAF1_left GCCAATATACTAAAATTTAAGCTTTGGTCAAACAAATTAATTATAGTGCTA----AAAATAGACAGGAGATTGTAAATTAATTGATCGACTTAAGCGATTAG-T DroSec_CAF1_left GCCAAAATACACAAAAGTAAGCTTAGGTCGGACGTATTGAACGTTGTTTTA----AAAATAGACTAGAGATTATGAATGAATTGATACTCTTAAGCTCTTAG-T