CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroMel_CAF1_left   AATTCTTACTGAGCAACAGCTACGTTGAGTCATTTTTCGTGTGCGCACACTTAGAATTCCCAACTGCTTCTGGCCGTTTGGTCATGGAGAGCCTGTTCGTTTTCCGTTTCAAGTTATCGC
DroYak_CAF1_left   AATTCTTACTGAACAACTGCTGCGTTGAGTTATTTTTCGAGTGCGCGTATTTATAATTCCCAACTATTTCTGGTCGTTTGCTCATGGAGACCCTGCTT-GTTTTCGTTTAAAGTTATCGC
DroEre_CAF1_left   TATTCTTATTGAACAACCGCTGCGTTGAGTCACATTTCGAGTGCGCATACTTATAATTCCCAACTGGTTCTGGCTGGTTGCTCATGGAGACCCTGTTCGTTTTCCCTTACAATTTATCGC
DroSec_CAF1_left   TATTCTTACTGAACAACAGCTGCGTTGAGTCAGTTTTCGTGTGCGCACACTTATAATTCCCAACTGGTTCTGGCTGTTTGCTCACCGAGACCCTGTTCGTTTTTCGTTTCAAGTTATCGC

DroMel_CAF1_left   TTCTCGGCCTTATGGCTAAGATCAAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGCTTAACATCTGATAGTTCCTCCATTGGAGGACAACAAATGTTAAACTGATTTTTGGAATCAGACGGAGTGCT
DroYak_CAF1_left   TTCTCGGCCTTATGGCTAAGATCAAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGCTTAACATCTGATAGTTCCTCCATTGGAGGACAACAAATGTTAAACTGATTTTTGGAATCAGACGGAGTGCT
DroEre_CAF1_left   TTCTCGGCCTTATGGCTAAGATCAAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGCTTAACATCTGATAGTTCCTCCATTGGAGGACAACAAATGTTAAACTGATTTTTGGAATCAGACGGAGTGCT
DroSec_CAF1_left   TTCTCGGCCTTATGGCTAAGATCAAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGCTTAACATCTGATAGTTCCTCCATTGGAGGACAACAAATGTTAAACTGATTTTTGGAATCAGACGGAGTGCT

DroMel_CAF1_left   AGGAGCTTGCTCCACCTCTGTCGCGGGTTGGCCCGGTATTGCAGTACCGCCGGGATTTCGGCCCAACTTAATAATAAATATAAAACCAATTTGAAATGACTTGTGCTAAAACTAGAC-TG
DroYak_CAF1_left   AGGAGCTTGCTCCACCTCTGTCGCGGGTTGGCCCGGTATTGCAGTACCGCCGGGATTTCGGCCCAACTGAATAATAAATATAAAAGAAAATTTAAATAGATAAAACTGATATA-GTT-CT
DroEre_CAF1_left   AGGAGCTTGCTCCACCTCTGTCGCGGGTTGGCCCGGTATTGCAGTACCGCCGGGATTTCGGCCCAACTGAAAAATAAATATAAAACTAATTTCAAAT----TGTGTGGTGTTGTGAT-GG
DroSec_CAF1_left   AGGAGCTTGCTCCACCTCTGTCGCGGGTTGGCCCGGTATTGCAGTACCGCCGGGATTTCGGCCCAACTGAATAATAAATATAAAGCTAATTTTAAAT-GACTTAAATGACTTAAAACTTA

DroMel_CAF1_left   -AGTTTTATCAT-AA-ACAAGTT-AAAAACT-TAGATTTCA-AGATTTAAAAAATCTT----TACCCCAAACAGTTAAAC
DroYak_CAF1_left   -AAAATCAGTTG-G--TTAATAG-AAACTAAAATTAAGTCAAACTGTGTTTTCAAAAA----AAAAAATGTTTTTTTTCA
DroEre_CAF1_left   ACAGAACCATAT-GGACCTT-CCGATGACCTACTGCGTCC----AGATATGGGGTACGGCCTCCGATTCGCCAACATTCA
DroSec_CAF1_left   ACTGTGTGTTTGAAATTCTA-TTTCAAACCGATTT-TTAA----TTTGATTTAATTTG----TTTGGTTTGCGGCTTTTC