CLUSTAL W --- LocARNA 1.4.8 - Local Alignment of RNA


DroEre_CAF1_left   CGGAAAA-CAT-TTCAAAGTGAAAAAATAATAATAAATA--TCTGGTTTAA-------TCTA--ACACGAATAGAAT-ATATTT--AATAGA--ACCAAAATAGTACTTA----TTTAAT
DroMel_CAF1_left   TATGCTTAGTG-GAACAATATTATTAATATATGAAACTA--ATAAAAAAAA-------ACAAA-TACC---TTGTTA-AATTTT--ACGTGA--TCCATAACCAATAGTATTTTAATTCA
DroPer_CAF1_left   ATACTTT-TAT-GATTTGATGACCTTTGGTTTAACATCA--TCTCCCG--G-------ATATT-CTAC---GTATTTGATTCAC--ATTCTTA-GTAGAAACAAACAAAA-----CAAAA
DroPse_CAF1_left   ACACTTT-TAT-GATTTTATGACTTTTGGTTTAACATCA--TCTCCCG--G-------ATATT-CTAC---GTATTTGATTCAC--ATTCTTA-GTAGAAACAAACAAAA-----CAAAA
DroSec_CAF1_left   ATTATAAGCTTAGTGGAACAATATCAACAAATACCTTGA--AAATAATAAA-------AAACA-AAAT---CCTTT--ATTTAT--ACGTGA--TCCATAACCAATATTATTTTAATTCA
DroSim_CAF1_left   NNNNNNNNNNNNNNNNAACAATATCAACAAATACCTTGA--AAATAATTAA-------AAACA-AAAA---GTTTT--AATTAT--ACGCGA--TCCATAATCAATATTATTTTAATTCA
DroYak_CAF1_left   TTAGAAAAAAA-AAATAATTCAA--CGCAGAACATCTGTTAAGCTAAA--A-------ATATAATAAT---ATAAATCTAATTT--AATTTAACGTAAATAGAACCAAAA-----TTAAA
DroAna_CAF1_left   NNNNGAGTGGCATAATATATTTTTCCCTTTTCAGATAAA--ACGATATTAATTGCATAAAATA-AATA---ATTT---AAAATCATAAAGAA--TATTAAAGAAATAATT------TACA

DroEre_CAF1_left   TACAAAAAT---AAAAAAAAATGCTTTCACATTCTCCCCGACGGGGAATTGAACCCCGGTCTCCCGCGTGACAGGCGGGGATACTAACCACTATACTATCGAGGACGGTGAACGAGGGAA
DroMel_CAF1_left   AATACTT------AAAAAAAATGCTTTCGCATTCTCCCCGACGGGGAATTGAACCCCGGTCTCCCGCGTGACAGGCGGGGATACTAACCACTATACTATCGAGGACGTTGATACTTTTGA
DroPer_CAF1_left   AAGAATAAAAATATAAAAAGAAGTTTACA-TTCCTCCCCGACGGGGAATTGAACCCCGGTCTCCCGCGTGACAGGCGGGGATACTAACCACTATACTATCGAGGATTTGCTTCTTCTGCC
DroPse_CAF1_left   AAGAATA-AAATATAAAAAGAAATCTACA-TTCCTCCCCGACGGGGAATTGAACCCCGGTCTCCCGCGTGACAGGCGGGGATACTAACCACTATACTATCGAGGATTTTCTTCTTCTGCC
DroSec_CAF1_left   TATATGTAC--GAAAAAAATGTGCTTTCACATTCTCCCCGACGGGGAATTGAACCCCGGTCTCCCGCGTGACAGGCGGGGATACTAACCACTATACTATCGAGGATGTTGAGCAAGGTGA
DroSim_CAF1_left   TATATGTAC---GAAAAAAAACGCTTTCACATTCTCCCCGACGGGGAATTGAACCCCGGTCTCCCGCGTGACAGGCGGGGATACTAACCACTATACTATCGAGGATGTTGAGCAACGTGA
DroYak_CAF1_left   AATAAAATTAAAAAAAAAAAATGTTTTCACATTCTCCCCGACGGGGAATTGAACCCCGGTCTCCCGCGTGACAGGCGGGGATACTAACCACTATACTATCGAGGACGGTGGACGACCTTA
DroAna_CAF1_left   AAAAATAAAAAAAAAATTGAACGTTTTCACATTCTCCCCGACGGGGAATTGAACCCCGGTCTCCCGCGTGACAGGCGGGGATACTAACCACTATACTATCGAGGACGGTGATGGACGAGC

DroEre_CAF1_left   CTCAAATATCAAACAAG-ATATAAGTGGGT-AAATTCGCCAGTAGTAAGTGAGTATCAAAAAATAGTAAGCTATGGTGTGTC--ATT----G-TTAATATAGCGAT-TATA--AAACTA
DroMel_CAF1_left   GTCAAATATAATACAAG-TTATGAGTGGTT-AAATTTACCAACATCAAAGGT--CTCAAAAAATAGTAAGAAATGCATGTACCTATT----AATC-TTGCGATAAT--AACA-ATATTA
DroPer_CAF1_left   GTCAAACTGCTATTTTA-CCACTATACTATCGAGGACTCTGACACTAGGGCC--AAGATATAAAAATAAGGAACCAATCTTAAGCAG----AGAA-ATTCTTCTTG--AAC--ATATTT
DroPse_CAF1_left   GTCAAACTGCTATTTTA-CCACTATACTATCGAGGACTCTGACAGTAGGGCC--AAGATATAAAAATAAGGAACCAATTTTAAGCAG----AGAA-ATTCTTCTTG--AAC--ATATTT
DroSec_CAF1_left   GTCAAATAAAA-ACAAG-TTATAAGTGGCT-GAATTTACCAACATCAAAGGT--ATCAAAAAATAGTAGGTAATGTATGTACTTATT----AATC-TTGCGATAGT--AACAATATATA
DroSim_CAF1_left   GTCAAATAAAAAACAAG-TTATAAGTGGTT-GAATTTACCAACATCAAAGGT--ATCAAAAAATAGTAGGTAATGTATGTACTTATT----AATC-TTGCGATAAT--AACA-ATATAT
DroYak_CAF1_left   GTCAAATAATAAACAAC-CATTAAGTGGTT-GAATTGGCCAACGGTT-AGGT--ATGAGAAAGTAGTAAGCTATGTATGTCGACATC----TTGC-GATAATAATACTAAT--AACTCA
DroAna_CAF1_left   GCCTATTTTGAAACATATACAAACT--CA-CCTTGAATCGGTCCGCCTTTCC--ATAGGGGATGTCGAGGAATTGCTTTATCTTTTTGCCCGACC-AATCGGTT----ATA--AGTGTA