Reference sequence (1): Cdif_B_G_7_X_F7
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 1 Cdif_B_G_7_X_F7    100.0%     -tgaaatgtaaggt-attgatagtga-----ttgataaacattatcatttgcactactgttcgctcactgcaaatttaagagaattgcatatgtgtga-----------------------gtattggaaattctacgtttattttagg---------------------    
 2 Cdif1_A_G_6_X_F7    76.5%     -tgagatatgaggc-attgagggtat-----gtgataaatcttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagagttgtatatgtgtag-----------------------atattgaaaatacttagtttattttgag---------------------    
 3 Cdif_C_G_15_X_F7    79.8%     -tgcaatgtaaggg-attgagggtgt-----atgataaatgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagagttgtatgtgtgtaa-----------------------gtactgaaaatacttagtttattttggg---------------------    
 4 Cdif_D_G_15_X_F7    79.8%     -tgcaatgtaaggg-attgagggtgt-----atgataaatgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagagttgtatgtgtgtaa-----------------------gtactgaaaatacttagtttattttggg---------------------    
 5 Cdif_F_G_15_X_F7    79.8%     -tgcaatgtaaggg-attgagggtgt-----atgataaatgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagagttgtatgtgtgtaa-----------------------gtactgaaaatacttagtttattttggg---------------------    
 6 Cdif_E_G_15_X_F7    79.8%     -tgcaatgtaaggg-attgagggtgt-----atgataaatgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagagttgtatgtgtgtaa-----------------------gtactgaaaatacttagtttattttggg---------------------    
 7 Cdif_A_G_9_X_F7     79.8%     -tgcaatgtaaggg-attgagggtgt-----gtgataaatgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagagttgtatgtgtgtaa-----------------------gtactgaaaatacttagtttattttggg---------------------    
 8 Cdif_G_G_10_X_F7    79.0%     -tgcaatgtaaggg-attgagggtat-----gtgataaatgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagagttgtatgtgtgtaa-----------------------gtactgaaaatacttagtttattttggg---------------------    
 9 Cdif_B_G_5_X_F7     79.0%     -tgcaatgtaaggc-gttgagggtgt-----atgataaatgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttaagaaagttgtatgtgtgtaa-----------------------gtactgaaaatacttagtttattttggg---------------------    
10 Cdif_F_G_13_X_F2    78.2%     -tgcaatataaggc-gttgagggtgt-----gtgataaatgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttaagagagttgtatatgtgtag-----------------------gtattgaaaatactcaacttattttggg---------------------    
11 Cdif_D_G_13_X_F2    78.2%     -tgcaatataaggc-gttgagggtgt-----gtgataaatgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttaagagagttgtatatgtgtag-----------------------gtattgaaaatactcaacttattttggg---------------------    
12 Cdif_E_G_13_X_F2    78.2%     -tgcaatataaggc-gttgagggtgt-----gtgataaatgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttaagagagttgtatatgtgtag-----------------------gtattgaaaatactcaacttattttggg---------------------    
13 Cdif1_A_G_7_X_F2    79.0%     -tggaatacaaggc-attgagggtgt-----gtgataaatgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagaggtgtgtatgtgtag-----------------------gtattggaaatgctaagtttattttggg---------------------    
14 Cdif_A_G_3_X_F2     79.0%     -tggaatacaaggt-attgagggtgt-----gtgataaatgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagaggtgtgtatgtgtag-----------------------atattggaaatactaagtttattttggg---------------------    
15 Cdif_A_G_16_X_F2    79.0%     -tggaatacaaggt-attgagggtgt-----gtgataaatgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagaggtgtgtatgtgtag-----------------------atattggaaatactaagtttattttggg---------------------    
16 Cdif_A_G_12_X_F2    76.5%     -tgaaatataaggc-attgaggactt-----gtgataagtgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagatttgtatatgtgtag-----------------------gcattggaaatactcaatttattttggg---------------------    
17 Cdif1_A_G_14_X_F2   76.5%     -tgaaatataaggc-attgaggactt-----gtgataagtgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagatttgtatatgtgtag-----------------------gcattggaaatactcaatttattttggg---------------------    
18 Cdif1_B_G_12_X_F2   74.8%     -tgagatataaggc-attgaggactt-----gtgataagtgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagatttgtatatgtgtag-----------------------gcattggaaatattcaatttattttggg---------------------    
19 Cdif_G_G_12_X_F2    74.8%     -tgagatataaggc-attgaggactt-----gtgataagtgttatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttgagagatttgtatatgtgtag-----------------------gcattggaaatattcaatttattttggg---------------------    
20 Cdif_A_G_6_X_F7     79.8%     -tgaaacataaggc-attgagggtat-----atgataaatattatcatttgcactactcgtggttcactgcaaatttgagagaattgtatagatgtaa-----------------------gtgttggaaatactcaatttattttggg---------------------    
21 Cdif_D_G_10_X_F7    79.8%     -tgaaatataaggc-attgagggtat-----gtgataaatgttatcatttgcactactcatggttcactgcaaatttgagagaattgtatagatgtaa-----------------------gtgttggaaatactcaatttattttggg---------------------    
22 Cdif_F_G_10_X_F7    79.8%     -tgaaatataaggc-attgagggtat-----gtgataaatgttatcatttgcactactcatggttcactgcaaatttgagagaattgtatagatgtaa-----------------------gtgttggaaatactcaatttattttggg---------------------    
23 Cdif_C_G_10_X_F7    79.8%     -tgaaatataaggc-attgagggtat-----gtgataaatgttatcatttgcactactcatggttcactgcaaatttgagagaattgtatagatgtaa-----------------------gtgttggaaatactcaatttattttggg---------------------    
24 Cdif_B_G_3_X_F7     77.3%     -tggaatataatgc-attgaagatgt-----gtgataagtattatcaattgcactactcatggttcactgcaaatttaagagagttgtatagatgtaa-----------------------gtattggaaatactcaatttgttttggg---------------------    
25 Cdif_G_G_8_X_F2     78.2%     -tggaatacaaggc-attgagggtat-----gtgataagtgttatcatttgcactactacccgctcactgcaaatttaagagagttgtatatgtgtag-----------------------gtattgaaaatactcaacttattttggg---------------------    
26 Cdif_A_G_7_X_F7     79.0%     -tgaaatataaggt-gttgagggcat-----gtgataagctttatcatttgcactactcatggttcgctgcaaatttaagagagttgcacatgtgtaa-----------------------gcattgaaaatgcccagtttattttggg---------------------    
27 Cdif1_A_G_10_X_F7   82.4%     -tgaaatataaggt-gttgagggtat-----atgataagctttatcatttgcactactcatggttcactgcaaatttaagagagttgcatatgtgtaa-----------------------gtattgaaaatgcccagtttattttggg---------------------    
28 Cdif_G_G_5_X_F7     82.4%     -tgaaatataaggt-gttgagggtat-----atgataaactttatcatttgcactactcatggttcactgcaaatttaagagagttgcacatgtgtaa-----------------------gtattgaaaatgcccagtttattttggg---------------------    
29 Cdif_E_G_11_X_F7    79.0%     -tgaaatataaggt-gttgagggtat-----atgataaactttatcatttgcactactcatggttcactgcaaatttaagagagttgcacatgtgtaa-----------------------gtattgaaaatgcccagtttattttggggtaaa----------------    
30 Cdif_F_G_11_X_F7    79.0%     -tgaaatataaggt-gttgagggtat-----atgataaactttatcatttgcactactcatggttcactgcaaatttaagagagttgcacatgtgtaa-----------------------gtattgaaaatgcccagtttattttggggtaaa----------------    
31 Cdif_D_G_11_X_F7    79.0%     -tgaaatataaggt-gttgagggtat-----atgataaactttatcatttgcactactcatggttcactgcaaatttaagagagttgcacatgtgtaa-----------------------gtattgaaaatgcccagtttattttggggtaaa----------------    
32 Cdif_C_G_11_X_F7    79.0%     -tgaaatataaggt-gttgagggtat-----atgataaactttatcatttgcactactcatggttcactgcaaatttaagagagttgcacatgtgtaa-----------------------gtattgaaaatgcccagtttattttggggtaaa----------------    
33 Cdif_C_G_12_X_F2    82.4%     -tgaaatataaggt-gttgagagtgc-----atgataagcgttatcaattgcactattgctcgttcactgcaaatttaggagagttgtatacgtgtaa-----------------------gtgttgaaaatactaagtttattttggg---------------------    
34 Cdif_D_G_12_X_F2    82.4%     -tgaaatataaggt-gttgagagtgc-----atgataagcgttatcaattgcactattgctcgttcactgcaaatttaggagagttgtatacgtgtaa-----------------------gtgttgaaaatactaagtttattttggg---------------------    
35 Cdif_E_G_12_X_F2    82.4%     -tgaaatataaggt-gttgagagtgc-----atgataagcgttatcaattgcactattgctcgttcactgcaaatttaggagagttgtatacgtgtaa-----------------------gtgttgaaaatactaagtttattttggg---------------------    
36 Cdif_F_G_12_X_F2    82.4%     -tgaaatataaggt-gttgagagtgc-----atgataagcgttatcaattgcactattgctcgttcactgcaaatttaggagagttgtatacgtgtaa-----------------------gtgttgaaaatactaagtttattttggg---------------------    
37 Cdif1_A_G_11_X_F2   80.7%     -tgaaatataaggc-gttgagagtgc-----atgataagcgttatcaattgcactattgctcgttcactgcaaatttaggagagttgtatacgtgtaa-----------------------gtgttgaaaatactaagtttattttggt---------------------    
38 Cdif1_B_G_6_X_F2    84.0%     -tgaaatataaggt-gttgagagtgc-----atgataagcgttatcaattgcactattgctcgttcactgcaaatttaagagagttgtatacgtgtaa-----------------------gtattgaaaatactaagtttattttggg---------------------    
39 Cdif_A_G_8_X_F2     83.2%     -tgaaatataaggc-gttgagagtgt-----atgataagcgttatcaattgcactattgctcgttcactgcaaatttaagagagttgtatacgtgtaa-----------------------gtattgaaaatactaagtttattttggg---------------------    
40 Cdif_F_G_16_X_F2    80.7%     -tgaaatataaagc-gttgagagtgt-----atgataactgttatcaattgcactattgctcgctcactgcaagtttaggagaattgtatatgtataa-----------------------gtattggaaatacttaatttattttggg---------------------    
41 Cdif_D_G_16_X_F2    80.7%     -tgaaatataaagc-gttgagagtgt-----atgataactgttatcaattgcactattgctcgctcactgcaagtttaggagaattgtatatgtataa-----------------------gtattggaaatacttaatttattttggg---------------------    
42 Cdif_E_G_16_X_F2    80.7%     -tgaaatataaagc-gttgagagtgt-----atgataactgttatcaattgcactattgctcgctcactgcaagtttaggagaattgtatatgtataa-----------------------gtattggaaatacttaatttattttggg---------------------    
43 Cdif_G_G_7_X_F2     80.7%     -tgaaatctaagat-gttgagggtgt-----gtgataagtgttatcaattgcactattgcccgctcactgcaattttaagagtattgtatatatgtag-----------------------gtattggaaatgctaagtttattttggg---------------------    
44 Cdif_A_G_11_X_F2    80.7%     -tgaaatctaagat-gttgagggtgc-----gtgataagtgttatcaattgcactattgcccgctcactgcaattttaagagtattgtatatatgtag-----------------------gtattggaaatgctaagtttattttggg---------------------    
45 Cdif_D_G_14_X_F2    74.8%     -tggaatacaaggc-attgagaaggt-----ttgataagtgttatcaattgcactattacccgctcactgcaaatttgagaaagttatatgtgtgtaa-----------------------gtcttggaaatacacaatttattttggg---------------------    
46 Cdif_F_G_14_X_F2    74.8%     -tggaatacaaggc-attgagaaggt-----ttgataagtgttatcaattgcactattacccgctcactgcaaatttgagaaagttatatgtgtgtaa-----------------------gtcttggaaatacacaatttattttggg---------------------    
47 Cdif_C_G_14_X_F2    74.8%     -tggaatacaaggc-attgagaaggt-----ttgataagtgttatcaattgcactattacccgctcactgcaaatttgagaaagttatatgtgtgtaa-----------------------gtcttggaaatacacaatttattttggg---------------------    
48 Cdif_F_G_19_X_F7    52.9%     -tggaatataaggg-attgaaggtgt-----atgataactgttatcaattgcactactgctcgctcactgcaaattttgatgtttttattgaattataattgcttgattgaagt-------attttcaatgtattcaattatacctattttggg----------------    
49 Cdif_E_G_19_X_F7    52.9%     -tggaatataaggg-attgaaggtgt-----atgataactgttatcaattgcactactgctcgctcactgcaaattttgatgtttttattgaattataattgcttgattgaagt-------attttcaatgtattcaattatacctattttggg----------------    
50 Cdif1_A_G_18_X_F7   52.9%     -tggaatataaggg-attgaaggtgt-----atgataactgttatcaattgcactactgctcgctcactgcaaattttgatgtttttattgaattataattgcttgattgaagt-------attttcaatgtattcaattatacctattttggg----------------    
51 Cdif_D_G_19_X_F7    52.9%     -tggaatataaggg-attgaaggtgt-----atgataactgttatcaattgcactactgctcgctcactgcaaattttgatgtttttattgaattataattgcttgattgaagt-------attttcaatgtattcaattatacctattttggg----------------    
52 Cdif_C_G_19_X_F7    52.9%     -tggaatataaggg-attgaaggtgt-----atgataactgttatcaattgcactactgctcgctcactgcaaattttgatgtttttattgaattataattgcttgattgaagt-------attttcaatgtattcaattatacctattttggg----------------    
53 Cdif_B_G_12_X_F7    53.6%     -tggaatataaggg-attgaaggtgt-----atgataactgttatcaattgcactactgttcgctcactgcaaattttgatgtttttattgaattataattgcttgattgaagt-------attttcaatgtattcaattacacctattttggg----------------    
54 Cdif_A_G_17_X_F7    52.9%     -tggaatataaggg-attgaaggtgt-----atgataactgttatcaattgcactactgctcgctcactgcaaattttgatgtttttattgaattataattgcttgattgaagt-------gttttcaatgtattcaaatatacctattttggg----------------    
55 Cper2_D_G_3_X_F2    38.1%     ---taatatcaatg-gttagaaggaga----tttttattgatacactaaaacattactgatggtctactgcaaaattttaatatttatgataaaattaacaatagagaatgagt-------ctattactagcttttagcattttgaaatttggg----------------    
56 Csac1_N_G_14_X_F2   37.8%     ---ataaattctag-ctttagagtaataatatctataaaca----ctatttccatactaaaggtttaccgcaagaatataaaaattaaatcaaatttatcagcgataaatggct-------aatttactagagttatggtatactttttttagg----------------    
57 GEOB3_G_7_M13_F2    32.4%     ------gatatatcaaataaaaaccacttaattttttaactaaagtaaaaacacaattgccgctttactgcaaaaacctatatattgatgtaatcaaggtttgaagaaaaacattgat---acatcaatattttgccgttgtttgaaaataggg----------------    
58 Gthe2_A_G_5_M13_F2  32.4%     -----tgatatatcaaataaaaaccacttaattttttaactaaagtaaaaacacaattgccgctttactgcaaaaacctatatattgatgtaatcaaggtttgaagaaaaacattgat---acatcaatattttgccgttgtttgaaaatagg-----------------    
59 GEOB5_G_6_M13_F2    33.8%     -----tgatatatc-aacagaaatcacttattttttttactagatcaaaaacacaactgccgctttactgcaaaacctaatgtactggtgtgatcaatgtttgaagaaaaacattgat---acatcaatattttgtcgttgtttgaaaataggg----------------    
60 Afla_A_G_2_M13_F2   32.4%     -----tgatatatc-aacgaaaaatgcggtatttttgaagaagaagaaaaacacaactggcactttactgcaaaacgcagaagattgtcatatcaacgctttccaaaaa------------tcgttgatatgacagcactttttgcttttggattttaggggg-------    
61 Chyd1_A_G_5_M13_F2  30.3%     ------taatataa-ctggaacgtacagttgtttagaataatttgccaaatcgcaaccacccctttgctgcaaaacttaatattgacagagatttcgaaatttaataaaa-----------tcatagtaaagataaagcctttcagttattaaaatttggtgg-------    
62 Cowe_A_G_1_M13_F2   36.6%     -tttcctccaagct-tttcaagacca-----tttaccattttattacaaaacccaactatcccctcgctgcaatttatttttattgcgagaaatttgctgatagggtataatacagatgtaagatagaaaagaggatatttgttaataatgg------------------    
63 Ckro_A_G_1_M13_F2   34.5%     -tttcttacaagac-cttcaatactc-----tttaccaactccttacagaatccaaccgccccctcgctgcaatctatttttgttgttaaaaatttgttaataggttataatttaaatgtagcctagaaaagaggatatttattattaatgg------------------    
64 Cbes_A_G_1_M13_F2   36.6%     -tttcctacaaggc-tttcaagactc-----tttaccatctccttacaaaacccaaccatcccctcgctgcaatttatttttgttgtgaaaaatttgttaataggttataatatagatgtagcatagaaaagatgatatttattattaatgg------------------    
65 Csac_A_G_12_M13_F2  33.6%     ------------tt-ctgcaaaagaagtcgatttagtattttattccaacaacctatcacccctttgctgcaaataatattgattgcaaagtaatatgggataaggtataattgtaggta-gtaactgagttacaaggttttttataaaagtgg----------------    
66 Csac_A_G_7_M13_F2   33.6%     ------------tt-ctgcaaaagaagtcgatttagtattttattccaacaacctatcacccctttgctgcaaataatattgattgcaaagtaatatgggataaggtataattgtaggta-gtaactgagttacaaggttttttataaaagtgg----------------    
67 Bcer1_A_G_2_M13_F2  37.9%     ttgtctgttaaagg-atggagcgtat-----ttttgaaaatacttttgaaacacgactcaacatccgctgcaagatttggaagtcttaatgtaatgtgttccttg----------------atttaaaagggattatagtgtttttttataggg----------------    
68 Tamm_A_G_4_X_F2     29.9%     ttgggccgcaatcc-acttagagttt-----atattagattatcatcataaacttaatggaggtccgctgcacttaacccctttctcagaggtttgttata--------------------atggagaaagtgttgtagttctttaacttgagaatatggccaaaggttg    
69 Tamm_A_G_9_X_F2     31.2%     ttgggccgcaagct-cctcagagttt-----atattagactatcatcataaacttaatggaggtccgctgcacttaacccctcttccgccggtttgctata--------------------atgagaaaagtgttgcagttctttaacttgggaatatggccgaaggttg    
70 Dthe5_A_G_1_M13_F2  29.9%     -----tttcatacc-ggagaggataggcttttttcttaattttggcaattttcaaacaccctctttgctacaattaattactttttcacgatttgatatag--------------------ttcaaaaataagttgtggttctttgacttaaaagaatatggatttcttg    
71 Csac_A_G_9_M13_F2   25.2%     -caataataacaat-atcaagaacaaaattgtttgtttcgataacgaaa--------------tttaaagaaaccgtgagatattttgagaaaatcaaaggtatattgagaga--------gggatgtaaacaaaaaattgcaaggttctttggaacaaatattgatga-    
72 Csac_A_G_11_M13_F2  25.8%     --aataataacaat-atcaagaacaaaattgtttgtttcgataacgaaa--------------tttaaagaaaccgtgagatattttgagaaaatcaaaggtatattgagaga--------gggatgtaaacatgataagggctatctggattagtcgttccaaaaagct    
73 Csac_A_G_10_M13_F2  26.4%     -caataataacaat-atcaagaacaaaattgtttgtttcgataacgaaa--------------tttaaagaaaccgtgagatattttgagaaaatcaaaggtatattgagaga--------gggatgtaaacattgtttgggtcctccgatttagagccgattgagccg-    
74 Cobs_A_G_3_M13_F2   24.5%     --aataatagcaat-atcaagaatgatattatttgtttcgatagcgaaa--------------tttaaagaaatcgagagatattttgagaaaatcaaagatacattgagaga--------gggatgtaaactgaaaacaagaaagattttaatatcaagcctttgaaca    
   consensus/90%                 .....ssssAsuss.sTssAuuusss.....sTssTsussssssssssssussssAssssssssTsuCTGCAAssssssussssTTssssusussssu.......................usssssuAsusussssusTsssssssss.....................    

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