Reference sequence (1): Hpyl_17C_G_2_X_X
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                              1 [        .         .         .         .         :         .         .         .         .         1         .         .         .         .         :         .         .         .         .         2         .         .         .         .         :         .         .         .         .         3         .         .         .         .         :         .         .         .         .         4         .         .         .         .         :         .         .         .         .         5] 501
1 Hpyl_17C_G_2_X_X   100.0%     ctaagttttgagcgtctttaaggatagtggggttactgctttgagtgtagcttgtatcattgcttgcgatcgtgttatcgctagtcacaccccttaaagcgttttgggaatgagctacatcctcttgataggtttgttgggcttgttgttgtaaatcgtctcctaaaaattgggtaatgatggattgtttgtcaaaggtttcttgtaaggtttcatcttgcccgttaatgtcaaaggttacatcataagtgttgttacccacttcaacatggctaatggctttatcgcccttatagttgattagatcccacaaatagctttgataaaccccatactggatcgccccgtttgtagtgagaatgtcataggtttgattaccgctaagggtttgattgaggttaaagatcgcattagaattaaaagacacactgcctttaaggctagcaaaaggcgaacttgaatttaaagtgttagcgcctgagaaactcaccttgct--gct    
2 Hpyl_J_G_2_X_X     100.0%     ctaagttttgagcgtctttaaggatagtggggttactgctttgagtgtagcttgtatcattgcttgcgatcgtgttatcgctagtcacaccccttaaagcgttttgggaatgagctacatcctcttgataggtttgttgggcttgttgttgtaaatcgtctcctaaaaattgggtaatgatggattgtttgtcaaaggtttcttgtaaggtttcatcttgcccgttaatgtcaaaggttacatcataagtgttgttacccacttcaacatggctaatggctttatcgcccttatagttgattagatcccacaaatagctttgataaaccccatactggatcgccccgtttgtagtgagaatgtcataggtttgattaccgctaagggtttgattgaggttaaagatcgcattagaattaaaagacacactgcctttaaggctagcaaaaggcgaacttgaatttaaagtgttagcgcctgagaaactcaccttgct--gct    
3 Hpyl_X_G_1_X_X      84.0%     ctaaactttgagcgtcttttttgatagtggtgttttgattgttggtgtagcctgtatcagcgcttgcgatcttattatcactagtagcgttatttaaagcggtttgtgaattgctcaagtcttgttggtaggttgctttagctttggcttgtaaatcgtcccctaaaaattgggtggtaatggactgattgttaaaggtttcttgtaaggtttcatcttgcccgttaatgtcaaaggttacatcataagtgttactacccacttcaacatggcttatagctttatcgcccttatagttgatcaaatcccacaaatagctttgataaaccccatattggatagtcccgtttgtggtgagaatgtcataggtttgattggcattaagggtttgattgaggttaaagatcgcgccagaaccaaaggatacactgcctttaaggctagcaaaaggcgaacttgaatttaaagtgttagcgcctgaaaaactcaccttgcttgcat    
4 Hpyl_169Sh_G_2_X_X  84.4%     ctaaactttgagcgtcttttttaatagtggtgttttgattgttggtgtagtctgtatcactgcttgcgatcttattatcactagtagcgttctttaaagcggtttgggagttactcaagtcttgttggtaggttgcttgagctttggcttgtaaatcgtcccctaaaaattgggtggtaatggactgattgttaaaggtttcttgtaaggtttcatcttgcccgttaatgtcaaaggttacatcataagtgttactacccacttcaacatggctaatagctttatcgcccttatagttgatcaaatcccacaaatagctttgataaaccccatattggatggtctcatttgtggtgagaatgtcataggtttgattggcattaagggtttgattgaggttaaaaatcgcaccagaaccaaaagacacactgcctttaaggttagcaaaaggcgaacttgaatttaaagtgttagcgcctgaaaaactcaccttgcttgtat    
  consensus/90%                 CTAAusTTTGAGCGTCTTTsssuATAGTGGsGTTsssusTsTsuGTGTAGssTGTATCAssGCTTGCGATCsTuTTATCuCTAGTsuCussssTTAAAGCGsTTTGsGAuTsusssAsuTCsTsTTGuTAGGTTssTTsuGCTTssssTTGTAAATCGTCsCCTAAAAATTGGGTuuTuATGGAsTGsTTGTsAAAGGTTTCTTGTAAGGTTTCATCTTGCCCGTTAATGTCAAAGGTTACATCATAAGTGTTusTACCCACTTCAACATGGCTsATuGCTTTATCGCCCTTATAGTTGATsAuATCCCACAAATAGCTTTGATAAACCCCATAsTGGATsGsCsCuTTTGTuGTGAGAATGTCATAGGTTTGATTusCusTAAGGGTTTGATTGAGGTTAAAuATCGCussAGAAssAAAuGAsACACTGCCTTTAAGGsTAGCAAAAGGCGAACTTGAATTTAAAGTGTTAGCGCCTGAuAAACTCACCTTGCT..ssT    

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