Bioinformatics
Institute of Computer Science
University Freiburg
de

Programmierpraktikum Algorithmen in der Bioinformatik

Betreuer

Anke Busch und Martin Mann

Ziel

Ziel ist das selbstständige Erarbeiten und Implementieren einer überschaubaren Anzahl von Algorithmen aus einem Teilgebiet der Bioinformatik. Hierbei soll auf Basis einer Literaturrecherche für jeden Algorithmus eine umfassende Beschreibung in Html und eine Implementierung in Java erstellt werden.
Das entstehende Programm muss eine festgelegte Schnittstelle bereitstellen. Diese wird am Ende des Praktikums genutzt, um alle entstandenen Programme unter einer gemeinsamen Gui zu vereinen und dem Nutzer zusammen bereitzustellen. Somit trägt jeder Teilnehmer einen Teil zum Gesamtprogramm bei. Die Arbeit soll eigenständig erfolgen und den Umgang mit festen Rahmenbedingungen eines Projektes schulen.
In einem gemeinsamen Veranstaltung sollen die (fast) fertig gestellten Programme gegenseitig geprüft und validiert werden. Zum Ende der Veranstaltung erfolgt eine gemeinsame Vorstellung der implementierten Algorithmen.

Resultate

Es wurden 1.)-3.) der 4 Themenkomplexe bearbeitet. Die resultierenden Implementierungen und ihre Beschreibung sind als Java Programm frei verfügbar und auf Anfrage zugänglich.

Anforderungen

Termine

wöchentlich Do 14-16 Uhr im SR 02 006, Geb.106

26.10.06 Übersicht und Themenvergabe
16.11.06 Einführungsvorträge (10-20 min)
14.12.06 Zwischenstandsvorstellung
18.01.06 Erste Quellcode-Abgabe und -Überprüfung
01.02.06 Validierungstreffen
08.02.06 Endgültige Abgabe evtl. überarbeiteter Versionen
15.02.06 Endvortrag und Programmvorstellung (ca. 20 min)

Themen

1.) Algorithmen zur exakten Mustersuche

2.) Verfahren zum paarweisen Sequenz-Alignment

3.) RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage

4.) Multiples Sequenz-Alignment und Phylogenie/Clustering


Material

Literatur